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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7zh8 | ||||||
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Title | DYRK1a in Complex with a Bromo-Triazolo-Pyridine | ||||||
![]() | Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dammann, M. / Stahlecker, J. / Stehle, T. / Boeckler, F.M. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Screening of a Halogen-Enriched Fragment Library Leads to Unconventional Binding Modes. Authors: Dammann, M. / Stahlecker, J. / Zimmermann, M.O. / Klett, T. / Rotzinger, K. / Kramer, M. / Coles, M. / Stehle, T. / Boeckler, F.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 706.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 485.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 2vx3S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | ![]() Mass: 44553.188 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 10 types, 571 molecules ![](data/chem/img/IWU.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
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![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
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![](data/chem/img/PEG.gif)
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![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-IWU / #3: Chemical | ![]() #4: Chemical | ChemComp-PEG / ![]() #5: Chemical | ChemComp-PGE / ![]() #6: Chemical | ChemComp-GOL / ![]() #7: Chemical | ChemComp-EPE / ![]() #8: Chemical | ![]() #9: Chemical | ChemComp-SO4 / ![]() #10: Chemical | ChemComp-CL / ![]() #11: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.22 Å3/Da / Density % sol: 61.85 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.1 M TRIS (pH = 8.5), 0.1 M Li2SO4, 34 % (v/v) PEG300, 12 mg/ml Protein, Dropsize (resovoir + Protein) 2 + 4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 1, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 93129 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 50.86 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.133 / Net I/σ(I): 12.48 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.44 Å / Redundancy: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 14879 / CC1/2: 0.53 / Rrim(I) all: 1.58 / % possible all: 99.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 2vx3 Resolution: 2.3→48.6 Å / SU ML: 0.3699 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.9077 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 58.33 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→48.6 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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