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- PDB-7zg0: Murine IL-27 in complex with IL-27Ra and a non-competing Nb -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zg0
タイトルMurine IL-27 in complex with IL-27Ra and a non-competing Nb
要素
  • (Interleukin-27 subunit ...インターロイキン) x 2
  • Interleukin-27 receptor subunit alpha
  • Nanobody 5ナノボディ
キーワードCYTOKINE (サイトカイン) / receptor (受容体) / heterodimer / cancer (悪性腫瘍) / glycoprotein (糖タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-27 receptor binding / regulation of T-helper 1 cell differentiation / negative regulation of T cell extravasation / negative regulation of cellular extravasation / negative regulation of T-helper 17 type immune response / Interleukin-27 signaling / interleukin-27 receptor activity / Interleukin-35 Signalling / negative regulation of type 2 immune response / regulation of isotype switching to IgG isotypes ...interleukin-27 receptor binding / regulation of T-helper 1 cell differentiation / negative regulation of T cell extravasation / negative regulation of cellular extravasation / negative regulation of T-helper 17 type immune response / Interleukin-27 signaling / interleukin-27 receptor activity / Interleukin-35 Signalling / negative regulation of type 2 immune response / regulation of isotype switching to IgG isotypes / leptin-mediated signaling pathway / response to Gram-positive bacterium / positive regulation of T-helper 1 type immune response / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / negative regulation of interleukin-17 production / cytokine receptor activity / regulation of T cell proliferation / cytokine binding / positive regulation of activated T cell proliferation / peptide hormone binding / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / T cell proliferation / positive regulation of defense response to virus by host / cytokine activity / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of type II interferon production / negative regulation of neuron apoptotic process / receptor complex / defense response to Gram-positive bacterium / 炎症 / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / 自然免疫系 / 細胞膜 / extracellular space / extracellular region / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Interleukin-27 alpha / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / Four-helical cytokine-like, core / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-27 subunit beta / Interleukin-27 receptor subunit alpha / Interleukin-27 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Skladanowska, K. / Bloch, Y. / Savvides, S.N.
資金援助 ベルギー, European Union, 5件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)G0E1516N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G0B4918N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)12S0519N ベルギー
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionEuropean Union
Research Foundation - Flanders (FWO)Hercules ベルギー
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Structural basis of activation and antagonism of receptor signaling mediated by interleukin-27.
著者: Skladanowska, K. / Bloch, Y. / Strand, J. / White, K.F. / Hua, J. / Aldridge, D. / Welin, M. / Logan, D.T. / Soete, A. / Merceron, R. / Murphy, C. / Provost, M. / Bazan, J.F. / Hunter, C.A. / ...著者: Skladanowska, K. / Bloch, Y. / Strand, J. / White, K.F. / Hua, J. / Aldridge, D. / Welin, M. / Logan, D.T. / Soete, A. / Merceron, R. / Murphy, C. / Provost, M. / Bazan, J.F. / Hunter, C.A. / Hill, J.A. / Savvides, S.N.
履歴
登録2022年4月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-27 subunit alpha
B: Interleukin-27 subunit alpha
C: Interleukin-27 subunit beta
D: Interleukin-27 subunit beta
E: Interleukin-27 receptor subunit alpha
F: Interleukin-27 receptor subunit alpha
G: Nanobody 5
H: Nanobody 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,87014
ポリマ－194,1368
非ポリマー1,7346
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering, SEC-MALLS performed.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21570 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area58080 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)167.242, 137.707, 111.479
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.490, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

-
Interleukin-27 subunit ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Interleukin-27 subunit alpha / インターロイキン / IL-27 subunit alpha / IL-27-A / IL27-A / p28


分子量: 27762.779 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues [1-31] belong to the non-natural signal peptide and cloning scar and are expected to be in part cotranslationally removed. Residues [238-] are part of the purification tag. Residue ...詳細: Residues [1-31] belong to the non-natural signal peptide and cloning scar and are expected to be in part cotranslationally removed. Residues [238-] are part of the purification tag. Residue numbering in the pdb correspond to Uniprot sequence.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il27, Il27a / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293S MGat-/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8K3I6
#2: タンパク質 Interleukin-27 subunit beta / インターロイキン / IL-27 subunit beta / IL-27B / Epstein-Barr virus-induced gene 3 protein homolog


分子量: 26476.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues [1-31] belong to the non-natural signal peptide and cloning scar and are expected to be in part cotranslationally removed. Residue numbering in the pdb correspond to Uniprot sequence.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ebi3, Il27b / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293S MGat-/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O35228

-
タンパク質 / 抗体 / 非ポリマー , 3種, 14分子 EFGH

#3: タンパク質 Interleukin-27 receptor subunit alpha / / IL-27 receptor subunit alpha / IL-27R subunit alpha / IL-27R-alpha / IL-27RA / Type I T-cell ...IL-27 receptor subunit alpha / IL-27R subunit alpha / IL-27R-alpha / IL-27RA / Type I T-cell cytokine receptor / TCCR / WSX-1


分子量: 25217.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues [1-28] belong to the non-natural signal peptide and are expected to be cotranslationally removed. Residues [29-44] belong to the purification tag. Residue numbering in the pdb ...詳細: Residues [1-28] belong to the non-natural signal peptide and are expected to be cotranslationally removed. Residues [29-44] belong to the purification tag. Residue numbering in the pdb correspond to Uniprot sequence.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il27ra, Tccr, Wsx1 / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293S MGat-/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O70394
#4: 抗体 Nanobody 5 / ナノボディ


分子量: 17611.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues [1-23] belong to the non-natural pelB secretion signal. Residues [24-36] belong to the purification tag which was enzymatically removed during purification.
由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pEt15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express lysY/Iq
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 2種, 6分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Wizard screen H12 derived. 1 M Potassium sodium tartrate, 0.1 M MES/ Sodium hydroxide pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: nitrogen stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.175→100.898 Å / Num. obs: 37561 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.028 % / Biso Wilson estimate: 76.773 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Rrim(I) all: 0.189 / Net I/σ(I): 9.28
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
9.49-100.8986.7134.3914500.9990.04898
6.72-9.496.9825.1525910.9980.06699.1
5.49-6.726.8714.1633200.9910.13399.2
4.76-5.496.9514.138920.9930.1399
4.26-4.767.1411.7544440.9910.16498.8
3.89-4.267.127.2648420.9720.27399
3.6-3.897.064.153190.9150.49598.9
3.37-3.67.12.5856750.7980.79999.2
3.175-3.377.011.360290.5051.55598.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDS20210323データ削減
XDS20210323データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Rosettafold

解像度: 3.18→79.52 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2775 1988 5.98 %
Rwork0.2291 31262 -
obs0.2319 33250 87.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 236.98 Å2 / Biso mean: 104.2347 Å2 / Biso min: 29.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.18→79.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10524 0 112 10 10646
Biso mean--151.85 44.51 -
残基数----1330
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.18-3.260.38361580.34842437259596
3.26-3.340.37781610.302125142675100
3.34-3.440.33921580.29272480263899
3.44-3.550.32591570.27752406256395
3.55-3.680.30891510.25872366251794
3.68-3.830.30411580.25082348250692
3.83-40.28861510.23842293244490
4-4.210.29121370.22652216235387
4.21-4.480.24761340.21632115224983
4.48-4.820.25361460.18822038218481
4.82-5.310.23391320.19292008214079
5.31-6.070.25951270.21192023215079
6.07-7.650.25211100.22212029213978
7.65-79.520.23671080.19481989209776
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.19671.721-3.48133.039-1.21294.9336-0.17690.1878-0.7015-0.29-0.03710.20740.3945-0.10020.2190.5649-0.1035-0.0980.6511-0.05090.77933.951913.1397-35.1642
28.0851.1944.6353.23931.41245.3109-0.19670.17450.5538-0.3506-0.0814-0.5039-0.39730.31580.26340.6025-0.12910.06110.69710.06890.768547.629836.5494-35.5956
35.5058-0.36580.44066.7633-0.07456.24790.1949-0.3047-0.871-0.3755-0.21460.40780.9448-0.54110.15260.6661-0.0406-0.11760.6350.11480.932436.46299.654-30.941
42.5146-0.4098-1.21143.31730.81183.79320.0464-1.09620.27580.56010.0875-0.0425-0.41170.3405-0.1860.8021-0.173-0.15581.3074-0.19280.76435.497132.2021-8.5556
57.0639-0.15370.03626.0529-0.89135.73920.5818-0.01840.4221-0.1185-0.4417-0.5918-0.72750.62620.00360.6516-0.08760.15450.6027-0.07220.695615.186339.8297-30.4207
62.1761-1.3262.56826.3022-3.7266.7262-0.0176-0.8428-0.330.74550.0454-0.24830.47170.2013-0.10850.8015-0.0751-0.01511.20490.1980.652316.792117.8772-8.8592
75.34982.31071.24124.71440.66286.0739-0.15870.22811.2286-2.58280.10591.3726-0.646-0.4550.15661.2313-0.2906-0.37790.8835-0.03911.780352.940765.6604-31.0769
83.5259-1.0523-1.05242.5877-1.40573.0647-0.3185-0.6580.9040.9017-0.14850.1081-0.3338-0.21680.37561.0591-0.3063-0.15961.2146-0.5911.703433.287754.5792-8.0588
90.8861-1.0248-2.21034.8083-0.41818.0415-0.15570.1072-1.3816-1.0593-0.0116-0.81490.60790.57010.18280.9946-0.16830.03220.85490.06182.084-0.9452-16.1431-30.5812
105.4559-1.06734.22353.25050.83067.68810.0957-0.4272-1.06470.83830.05120.11320.24750.4159-0.2030.8155-0.091-0.0321.14370.56371.706918.8414-5.073-7.7197
115.0196-2.88470.81923.27051.92313.4784-0.6649-0.9113-0.73071.80380.6452-0.67411.62250.60890.06411.51680.1637-0.06770.99050.33661.144148.5269-1.2281-16.1161
128.126-3.47960.88715.6829-0.65966.0605-0.1914-0.58761.00280.70220.40610.0931-1.8239-0.4075-0.18441.19480.05740.11040.73-0.12670.7183.664550.8733-15.0718
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA31 - 226
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB31 - 227
3X-RAY DIFFRACTION3chain C and (resid 33:122 or resid 230)C0
4X-RAY DIFFRACTION4chain C and resid 123:225C123 - 225
5X-RAY DIFFRACTION5chain D and (resid 33:122 or resid 226)D0
6X-RAY DIFFRACTION6chain D and (resid 123:225 or resid 230)D0
7X-RAY DIFFRACTION7chain E and (resid 32:117 or resid 224:225)E32 - 117
8X-RAY DIFFRACTION7chain E and (resid 32:117 or resid 224:225)E224 - 225
9X-RAY DIFFRACTION8chain E and resid 118:223E118 - 223
10X-RAY DIFFRACTION9chain F and (resid 32:117 or resid 224:225)F32 - 117
11X-RAY DIFFRACTION9chain F and (resid 32:117 or resid 224:225)F224 - 225
12X-RAY DIFFRACTION10chain F and resid 118:223F118 - 223
13X-RAY DIFFRACTION11chain GG-1 - 126
14X-RAY DIFFRACTION12chain HH-1 - 126

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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