PDB-7zff: Omi-42 Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zff

タイトル

Omi-42 Fab

要素

Omi-42 Heavy chain
Omi-42 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) /

SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) /

Omicron (Ο) /

BA.1 (SARSコロナウイルス2-オミクロン株) /

BA.2 (SARSコロナウイルス2-オミクロン株) / RBD /

antibody (抗体) /

Fab / Omi-42

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Zhou, D. / Huo, J. / Ren, J. / Stuart, D.I.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: Potent cross-reactive antibodies following Omicron breakthrough in vaccinees.
著者: Rungtiwa Nutalai / Daming Zhou / Aekkachai Tuekprakhon / Helen M Ginn / Piyada Supasa / Chang Liu / Jiandong Huo / Alexander J Mentzer / Helen M E Duyvesteyn / Aiste Dijokaite-Guraliuc / ...
要旨: Highly transmissible Omicron variants of SARS-CoV-2 currently dominate globally. Here, we compare neutralization of Omicron BA.1, BA.1.1, and BA.2. BA.2 RBD has slightly higher ACE2 affinity than BA. ...

履歴

登録	2022年4月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2022年6月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zff.cif.gz	214.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zff.ent.gz	142.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zff.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/7zff ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/7zff	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	14885C 14886C 14887C 14910C 7zf3C 7zf4C 7zf5C 7zf6C 7zf7C 7zf8C 7zf9C 7zfaC 7zfbC 7zfcC 7zfdC 7zfeC 7zr7C 7zr8C 7zr9C 7zrcC 7qnyS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Omi-42 light chain

H: Omi-42 Heavy chain

ヘテロ分子

47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.830, 49.380, 72.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 115.593, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: 抗体	Omi-42 light chain 分子量: 22629.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Omi-42 Heavy chain 分子量: 24381.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Tris pH 8.0, 30% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.963 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.963 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.32→66 Å / Num. obs: 16530 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 43.89 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.182 / R_pim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 2.32→2.36 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 500 / CC_1/2: 0.348

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
GDA	1.19_4092	データ収集
PHENIX	1.19_4092	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7QNY

7qny

解像度: 2.32→65.2 Å / SU ML: 0.373 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.9127
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2686	865	5.25 %
R_work	0.2312	15619	-
obs	0.2334	16484	92.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.32→65.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3232	0	48	55	3335

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0022	3358
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5195	4566
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0427	507
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0054	579
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.4417	1182

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.32-2.47	0.3842	102	0.3357	1796	X-RAY DIFFRACTION	64.54
2.47-2.66	0.3683	144	0.3183	2502	X-RAY DIFFRACTION	89.69
2.66-2.92	0.34	161	0.2785	2802	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.92-3.35	0.289	151	0.2577	2787	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.35-4.22	0.2439	161	0.2133	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
4.22-65.2	0.2222	146	0.192	2898	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.24834106134	0.412654441843	0.896479784807	0.464104453323	-0.283181183284	3.69411862039	-0.395085446445	0.568408155947	0.0669684733832	-0.345094776143	0.5555846962	-0.209512160285	0.820201833948	-1.10530919691	-0.362595371378	0.458988455143	-0.142159626819	0.0106462613837	0.493610618892	-0.0433508145536	0.413215489284	-20.3312014647	-15.2702166921	-13.8902574278
2	1.65861782602	0.602546767658	-1.58475717989	1.08110133503	-0.482651954836	5.20736138928	-0.0841248391583	-0.000220865991347	-0.0589046929939	-0.227429040485	0.0296426588107	-0.0788213879125	0.357166506129	-0.200024672087	0.0738146371655	0.399826887373	-0.0133086120543	-0.0212735866564	0.239780983426	-0.0713749080992	0.27292155063	-12.2322901677	-9.88427070216	-17.7281143172
3	0.820353157632	0.559958678998	-1.0372087976	2.63106505644	2.25090379124	6.48823376105	0.0231750617956	0.10870688835	0.0796110610122	0.00708373376019	0.147277657569	0.000972996521068	0.0198935966864	0.0672834211555	-0.0644992474871	0.275154494388	0.00887855879311	-0.0265748151322	0.371677281416	0.0110426263374	0.337260243854	-22.0250339007	-4.85261381063	16.0598122594
4	0.463492580316	0.706907335844	-0.214248485358	6.77239565271	-4.4034320338	3.28978783944	0.474209527288	-0.0906736637307	-1.07192132556	1.79780598123	-0.426748692782	0.418700001197	-0.00266219107285	0.503428182008	-0.285413892381	0.426454880492	0.180635405323	0.0292287162229	0.3628102825	-0.0164946540519	0.745550532937	-34.4083379779	-3.80472848704	22.9981896716
5	4.40001790416	-1.17222171138	-1.37878297494	4.29903006673	3.76367185813	5.01122349985	-0.072057525783	0.256443805097	-0.091118317719	-0.179990964468	-0.144920181932	0.126570189909	-0.281349638238	0.250331815044	0.260444825552	0.376200557006	-0.0283910862582	-0.00206581169292	0.236763392533	0.0458791957216	0.359502113256	-25.3791198831	-3.02392254155	19.027951807
6	5.91300737252	-3.64116016728	-3.42909938056	4.8712717362	4.62268171174	4.41364191248	-0.384003295002	-0.218321739803	-0.473328728854	1.00010026801	0.889212022344	0.130563260021	1.14242494713	0.566738305804	-0.537815521485	0.641989376575	0.0467216642915	0.0166780724352	0.424987256774	0.116461468369	0.378719372463	-23.0437379288	-9.52878071809	24.9933506573
7	2.00004650898	2.00043987044	7.82362853884	1.99989747171	-4.5702901157	3.02095255383	-1.69230103847	-0.871962805383	0.154099777546	0.892361272391	0.923084077351	3.12380848265	-1.42389350869	-1.06135178403	0.631573673575	0.794756193625	0.429234795093	0.139081718941	1.34868269156	-0.284857403234	0.24794570665	-19.5022138854	0.387933645611	35.8095689799
8	4.15871881099	0.157007319676	-0.243727036344	3.11604532215	-1.90318088484	3.54215763517	0.442913895886	-0.35540758293	0.280535122946	0.476179077343	-0.23037240177	-0.178549094572	-0.705173032441	-0.138178332265	-0.16815843573	0.688713257912	-0.103689182541	-0.0388062334835	0.425804702293	-0.0142285548728	0.359557803617	-8.70229172262	13.4839259189	-11.9234225682
9	5.91363999549	-0.406692735965	-1.90615684895	6.4418563908	-2.80370897112	6.83562793418	0.109446686971	0.337263231976	0.0427349469663	0.392150544432	0.321420626268	0.575439923943	-0.496552078893	-0.813061944224	-0.175398401861	0.397447181057	0.0882445214214	-0.0257212318851	0.360601064159	-0.02271163575	0.332772402896	-13.7478950709	8.25079960963	-19.8830582235
10	4.05881146756	0.117369428484	-1.41353385454	5.66340869318	-1.37785233129	3.69929141607	0.0761107258006	0.203803133367	0.301364240405	0.599298153442	0.146498761848	0.244231923435	-0.445360197543	-0.244431915299	-0.237659972885	0.449307530345	0.00754637121908	-0.0101419020143	0.372438328234	-0.0124390700675	0.286772422276	-12.2178289725	9.75702865393	-17.8978520263
11	0.728106299635	-1.13261997943	-1.43069457897	2.66076854307	3.65980719791	5.42600614019	0.501055156712	0.364801583018	0.210618989802	-0.958483327165	-0.580919772081	-0.0843317622176	0.280865051618	-1.30777664977	-0.224328366975	0.798522107698	0.0183774647047	-0.0305328768425	0.535736942336	0.143518329351	0.710457338679	-25.9724817872	15.1446940406	0.0118959390702
12	5.26817316523	-0.631993609633	-3.12584851811	5.41887028993	2.69727379504	3.6265092969	-0.358645970004	-0.00876649800768	-0.507824114689	0.788073270597	0.577673495999	0.657979919958	-0.327433169104	-0.388274254208	0.519054326582	0.432706502513	-0.027608058946	0.0190334222075	0.211152212179	0.0248034421259	0.477789370615	-17.2137797362	7.02882298484	19.6843235931
13	7.6657702282	1.89901402674	0.998551134814	1.86852830566	0.48006050739	1.39146683715	-0.0850484628238	0.408222153162	0.679127066438	0.086838649057	0.101905897257	-0.0267229194601	-0.17797563567	0.359133128169	0.0122133237755	0.412757623413	-0.0342855120469	-0.0124160340816	0.369070244029	0.00205825174278	0.397731365587	-14.7502560561	8.87108624364	13.7233287933
14	3.69757035369	1.54025339372	1.82356810715	2.37011068036	2.38515771483	2.45259024933	0.263221771203	1.02911534522	-1.09076408804	0.802050068243	2.69589146445	-2.94203670464	1.13073254876	2.46486493856	-2.64521255218	1.77010670548	0.31392876155	0.175217742366	0.639713446594	-0.10227923798	0.705434945738	-14.2063287789	5.77522875626	36.4791371806

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'L' and (resid 2 through 23 )	L	A	2 - 23	1 - 22
2	2	chain 'L' and (resid 24 through 104 )	L	A	24 - 104	23 - 103
3	3	chain 'L' and (resid 105 through 153 )	L	A	105 - 153	104 - 152
4	4	chain 'L' and (resid 154 through 164 )	L	A	154 - 164	153 - 163
5	5	chain 'L' and (resid 165 through 200 )	L	A	165 - 200	164 - 199
6	6	chain 'L' and (resid 201 through 212 )	L	A	201 - 212	200 - 211
7	7	chain 'L' and (resid 213 through 213 )	L	A	213	212
8	8	chain 'H' and (resid 1 through 33 )	H	H	1 - 33	1 - 33
9	9	chain 'H' and (resid 34 through 60 )	H	H	34 - 60	34 - 60
10	10	chain 'H' and (resid 61 through 118 )	H	H	61 - 118	61 - 118
11	11	chain 'H' and (resid 119 through 131 )	H	H	119 - 131	119 - 131
12	12	chain 'H' and (resid 132 through 157 )	H	H	132 - 157	132 - 152
13	13	chain 'H' and (resid 158 through 227 )	H	H	158 - 227	153 - 222
14	14	chain 'H' and (resid 228 through 228 )	H	H	228	223

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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