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- PDB-7zfa: SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with Omi-6 and COVOX-150 Fabs -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zfa
タイトルSARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with Omi-6 and COVOX-150 Fabs
要素
  • COVOX-150 heavy chain
  • COVOX-150 light chain
  • Omi-6 heavy chain
  • Omi-6 light chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / Omicron (Ο) / BA.1 (SARSコロナウイルス2-オミクロン株) / BA.2 (SARSコロナウイルス2-オミクロン株) / RBD / antibody (抗体) / Fab / Omi-6 / COVOX-150 / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
スパイクタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.24 Å
データ登録者Zhou, D. / Huo, J. / Ren, J. / Stuart, D.I.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
CAMS Innovation Fund for Medical Sciences (CIFMS)2018-I2M-2-002 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: Potent cross-reactive antibodies following Omicron breakthrough in vaccinees.
著者: Rungtiwa Nutalai / Daming Zhou / Aekkachai Tuekprakhon / Helen M Ginn / Piyada Supasa / Chang Liu / Jiandong Huo / Alexander J Mentzer / Helen M E Duyvesteyn / Aiste Dijokaite-Guraliuc / ...著者: Rungtiwa Nutalai / Daming Zhou / Aekkachai Tuekprakhon / Helen M Ginn / Piyada Supasa / Chang Liu / Jiandong Huo / Alexander J Mentzer / Helen M E Duyvesteyn / Aiste Dijokaite-Guraliuc / Donal Skelly / Thomas G Ritter / Ali Amini / Sagida Bibi / Sandra Adele / Sile Ann Johnson / Bede Constantinides / Hermione Webster / Nigel Temperton / Paul Klenerman / Eleanor Barnes / Susanna J Dunachie / Derrick Crook / Andrew J Pollard / Teresa Lambe / Philip Goulder / / Neil G Paterson / Mark A Williams / David R Hall / Juthathip Mongkolsapaya / Elizabeth E Fry / Wanwisa Dejnirattisai / Jingshan Ren / David I Stuart / Gavin R Screaton /
要旨: Highly transmissible Omicron variants of SARS-CoV-2 currently dominate globally. Here, we compare neutralization of Omicron BA.1, BA.1.1, and BA.2. BA.2 RBD has slightly higher ACE2 affinity than BA. ...Highly transmissible Omicron variants of SARS-CoV-2 currently dominate globally. Here, we compare neutralization of Omicron BA.1, BA.1.1, and BA.2. BA.2 RBD has slightly higher ACE2 affinity than BA.1 and slightly reduced neutralization by vaccine serum, possibly associated with its increased transmissibility. Neutralization differences between sub-lineages for mAbs (including therapeutics) mostly arise from variation in residues bordering the ACE2 binding site; however, more distant mutations S371F (BA.2) and R346K (BA.1.1) markedly reduce neutralization by therapeutic antibody Vir-S309. In-depth structure-and-function analyses of 27 potent RBD-binding mAbs isolated from vaccinated volunteers following breakthrough Omicron-BA.1 infection reveals that they are focused in two main clusters within the RBD, with potent right-shoulder antibodies showing increased prevalence. Selection and somatic maturation have optimized antibody potency in less-mutated epitopes and recovered potency in highly mutated epitopes. All 27 mAbs potently neutralize early pandemic strains, and many show broad reactivity with variants of concern.
履歴
登録2022年4月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: Spike protein S1
B: Spike protein S1
C: Spike protein S1
A: Spike protein S1
E: Omi-6 heavy chain
F: Omi-6 light chain
K: Omi-6 light chain
M: Omi-6 heavy chain
N: Omi-6 light chain
L: Omi-6 light chain
X: COVOX-150 heavy chain
Y: COVOX-150 light chain
S: COVOX-150 heavy chain
T: COVOX-150 light chain
O: COVOX-150 heavy chain
P: COVOX-150 light chain
Q: COVOX-150 heavy chain
R: COVOX-150 light chain
J: Omi-6 heavy chain
H: Omi-6 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)470,17820
ポリマ－470,17820
非ポリマー00
水0
1
D: Spike protein S1
M: Omi-6 heavy chain
N: Omi-6 light chain
S: COVOX-150 heavy chain
T: COVOX-150 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,5455
ポリマ－117,5455
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Spike protein S1
E: Omi-6 heavy chain
F: Omi-6 light chain
O: COVOX-150 heavy chain
P: COVOX-150 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,5455
ポリマ－117,5455
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Spike protein S1
K: Omi-6 light chain
X: COVOX-150 heavy chain
Y: COVOX-150 light chain
J: Omi-6 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,5455
ポリマ－117,5455
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: Spike protein S1
L: Omi-6 light chain
Q: COVOX-150 heavy chain
R: COVOX-150 light chain
H: Omi-6 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,5455
ポリマ－117,5455
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.816, 114.783, 144.549
Angle α, β, γ (deg.)82.007, 80.620, 86.166
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 347 through 489 or resid 491...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 347 through 448 or (resid 449...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 347 through 489 or resid 491 through 492 or resid 494 through 527))
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d_1ens_2(chain "F" and (resid 2 or resid 4 through 11...
d_2ens_2(chain "P" and (resid 2 or resid 4 through 11...
d_3ens_2(chain "R" and (resid 2 or resid 4 through 11...
d_4ens_2(chain "T" and (resid 2 or resid 4 through 11...
d_5ens_2(chain "Y" and (resid 2 or resid 4 through 11...
d_1ens_3(chain "H" and (resid 1 through 38 or (resid 39...
d_2ens_3chain "J"
d_3ens_3(chain "M" and (resid 1 through 38 or (resid 39...
d_1ens_4(chain "K" and (resid 1 through 39 or (resid 40...
d_2ens_4(chain "L" and (resid 1 through 31 or (resid 32...
d_3ens_4(chain "N" and (resid 1 through 136 or (resid 137...
d_1ens_5(chain "O" and resid 2 through 220)
d_2ens_5(chain "Q" and resid 2 through 220)
d_3ens_5(chain "S" and resid 2 through 220)
d_4ens_5(chain "X" and resid 2 through 220)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
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d_21ens_3GLULYSS1 - 225
d_31ens_3GLULYSH1 - 225
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d_32ens_4THRARGI109 - 142
d_33ens_4ALAGLUI144 - 213
d_11ens_5VALCYSO2 - 220
d_21ens_5VALCYSQ2 - 220
d_31ens_5VALCYSM2 - 220
d_41ens_5VALCYSK2 - 220

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3
ens_4
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NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
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11given(0.994063280812, -0.0387941465606, -0.10165238774), (-0.103477828678, -0.0483691745631, -0.993454962202), (0.0336233953176, 0.998075867429, -0.0520963544078)19.6738274712, -100.045268364, 80.0572724352
12given(0.999851373368, -0.013464828233, -0.0107670597441), (-0.0108524768107, -0.00628682093597, -0.999921346722), (0.0133960786035, 0.999889581045, -0.00643201328311)24.313467845, -96.2194887692, 82.2641973776
13given(0.996926794636, -0.00489847339654, -0.0781854915959), (0.0782708188936, 0.0207163264304, 0.996716866883), (-0.00326267489029, -0.999773393714, 0.021036068429)64.642315487, -51.3159871628, 20.5142590269
14given(0.99366200344, -0.0196004418789, -0.110687151906), (-0.0134523158451, -0.998338949433, 0.0560212213743), (-0.111601335644, -0.0541771605386, -0.992275151941)37.883265531, -61.0120817612, -47.3208703497

-
要素

#1: タンパク質
Spike protein S1 / SARS-CoV-2 Omicron Spike protein


分子量: 23157.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 抗体
Omi-6 heavy chain


分子量: 24297.236 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体
Omi-6 light chain


分子量: 23218.787 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体
COVOX-150 heavy chain


分子量: 23415.322 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体
COVOX-150 light chain


分子量: 23456.035 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Sodium HEPES pH 7.0, 15 % w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.24→142 Å / Num. obs: 12518 / % possible obs: 82.9 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 57.8 Å2 / CC1/2: 0.918 / Rmerge(I) obs: 0.33 / Rpim(I) all: 0.205 / Net I/σ(I): 2.6
反射 シェル解像度: 4.243→4.736 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 626 / CC1/2: 0.59

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDA1.19_4092データ収集
PHENIX1.19_4092精密化
GDA1.19_4092データ収集
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7BEI

7bei


解像度: 4.24→113.55 Å / SU ML: 0.6513 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 29.8422
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2724 595 4.75 %
Rwork0.2369 11919 -
obs0.2385 12514 34.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 107.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.24→113.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31950 0 0 0 31950
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007132691
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.966644484
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05865051
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00715688
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.571611596
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.175949161086
ens_1d_3CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.162323626066
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.159177438031
ens_2d_2YX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.14425444526
ens_2d_3TX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.24345951013
ens_2d_4PX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.19686339843
ens_2d_5RX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.27493226747
ens_3d_2MX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.963771703716
ens_3d_3JX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.584273401686
ens_4d_2KX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.497452196235
ens_4d_3NX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.16178650553
ens_5d_2SX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.23976368015
ens_5d_3OX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.492319149932
ens_5d_4QX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.524483008781
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.24-4.670.3394220.2606467X-RAY DIFFRACTION5.31
4.67-5.340.2964630.26221228X-RAY DIFFRACTION14.1
5.35-6.730.33321160.28192459X-RAY DIFFRACTION27.93
6.73-113.550.25463940.2237765X-RAY DIFFRACTION88.79
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -18.8350616034 Å / Origin y: -52.9770122989 Å / Origin z: 16.2186864444 Å
111213212223313233
T0.53964346126 Å20.0755550210433 Å20.0231285609429 Å2-0.598293276654 Å20.0338265034247 Å2--0.573883086833 Å2
L0.119631138792 °20.0308702508611 °2-0.00931258063881 °2-0.151218651345 °2-0.10853568991 °2--0.204568004452 °2
S-0.00448889915282 Å °0.0745301067964 Å °-0.0548511751248 Å °0.0186440296947 Å °-0.0474792201105 Å °0.00795620620958 Å °-0.112266094054 Å °0.00710158644312 Å °-0.0149235049151 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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