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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zf6 | |||||||||
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タイトル | Omi-12 Fab | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zhou, D. / Huo, J. / Ren, J. / Stuart, D.I. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Potent cross-reactive antibodies following Omicron breakthrough in vaccinees. 著者: Rungtiwa Nutalai / Daming Zhou / Aekkachai Tuekprakhon / Helen M Ginn / Piyada Supasa / Chang Liu / Jiandong Huo / Alexander J Mentzer / Helen M E Duyvesteyn / Aiste Dijokaite-Guraliuc / ...著者: Rungtiwa Nutalai / Daming Zhou / Aekkachai Tuekprakhon / Helen M Ginn / Piyada Supasa / Chang Liu / Jiandong Huo / Alexander J Mentzer / Helen M E Duyvesteyn / Aiste Dijokaite-Guraliuc / Donal Skelly / Thomas G Ritter / Ali Amini / Sagida Bibi / Sandra Adele / Sile Ann Johnson / Bede Constantinides / Hermione Webster / Nigel Temperton / Paul Klenerman / Eleanor Barnes / Susanna J Dunachie / Derrick Crook / Andrew J Pollard / Teresa Lambe / Philip Goulder / / Neil G Paterson / Mark A Williams / David R Hall / Juthathip Mongkolsapaya / Elizabeth E Fry / Wanwisa Dejnirattisai / Jingshan Ren / David I Stuart / Gavin R Screaton / ![]() ![]() 要旨: Highly transmissible Omicron variants of SARS-CoV-2 currently dominate globally. Here, we compare neutralization of Omicron BA.1, BA.1.1, and BA.2. BA.2 RBD has slightly higher ACE2 affinity than BA. ...Highly transmissible Omicron variants of SARS-CoV-2 currently dominate globally. Here, we compare neutralization of Omicron BA.1, BA.1.1, and BA.2. BA.2 RBD has slightly higher ACE2 affinity than BA.1 and slightly reduced neutralization by vaccine serum, possibly associated with its increased transmissibility. Neutralization differences between sub-lineages for mAbs (including therapeutics) mostly arise from variation in residues bordering the ACE2 binding site; however, more distant mutations S371F (BA.2) and R346K (BA.1.1) markedly reduce neutralization by therapeutic antibody Vir-S309. In-depth structure-and-function analyses of 27 potent RBD-binding mAbs isolated from vaccinated volunteers following breakthrough Omicron-BA.1 infection reveals that they are focused in two main clusters within the RBD, with potent right-shoulder antibodies showing increased prevalence. Selection and somatic maturation have optimized antibody potency in less-mutated epitopes and recovered potency in highly mutated epitopes. All 27 mAbs potently neutralize early pandemic strains, and many show broad reactivity with variants of concern. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 219.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 146.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7zf3C ![]() 7zf4C ![]() 7zf5C ![]() 7zf7C ![]() 7zf8C ![]() 7zf9C ![]() 7zfaC ![]() 7zfbC ![]() 7zfcC ![]() 7zfdC ![]() 7zfeC ![]() 7zffC ![]() 7zr7C ![]() 7zr8C ![]() 7zr9C ![]() 7zrcC ![]() 7ps5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-抗体 , 2種, 2分子 HL
#1: 抗体 | 分子量: 24514.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 23524.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-糖 , 1種, 1分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#3: 糖 | ChemComp-NAG / ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 52分子 ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ![]() #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / ![]() #6: 化合物 | ChemComp-CIT / | ![]() #7: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.72 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.4 M (NH4)2SO4, 0.1 M citric acid pH 5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.2→67 Å / Num. obs: 29897 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 25.3 % / Biso Wilson estimate: 51.89 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.316 / Rpim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 4.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.23 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.2 / Num. unique obs: 1154 / CC1/2: 0.453 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 7PS5 解像度: 2.21→66.55 Å / SU ML: 0.4083 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.611 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.91 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.21→66.55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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