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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zct | ||||||
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タイトル | Structure of the red fluorescent protein mScarlet3 at pH 7.5 | ||||||
要素 | Red fluorescent protein drFP583 | ||||||
キーワード | FLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / Red fluorescent protein / high fluorescence quantum yield / efficient chromophore maturation | ||||||
機能・相同性 | Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / 生物発光 / generation of precursor metabolites and energy / Red fluorescent protein drFP583 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Discosoma sp. (イソギンチャク) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å | ||||||
データ登録者 | Aumonier, S. / Dupuy, J. / Royant, A. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2023 タイトル: mScarlet3: a brilliant and fast-maturing red fluorescent protein. 著者: Gadella Jr., T.W.J. / van Weeren, L. / Stouthamer, J. / Hink, M.A. / Wolters, A.H.G. / Giepmans, B.N.G. / Aumonier, S. / Dupuy, J. / Royant, A. #1: ジャーナル: Nat Methods / 年: 2017 タイトル: mScarlet: a bright monomeric red fluorescent protein for cellular imaging. 著者: Bindels, D.S. / Haarbosch, L. / van Weeren, L. / Postma, M. / Wiese, K.E. / Mastop, M. / Aumonier, S. / Gotthard, G. / Royant, A. / Hink, M.A. / Gadella, T.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zct.cif.gz | 109.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zct.ent.gz | 82.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zct.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/7zct ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/7zct | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5lk4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25865.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Residue NRQ67 is formed by the autocatalytic cyclisation of the three consecutive amino acid residues M67, Y68 and G69 由来: (組換発現) Discosoma sp. (イソギンチャク) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9U6Y8 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.42 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M, 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.6 M Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9686 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月10日 |
放射 | モノクロメーター: CHANNEL-CUT SI(111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.33→42.78 Å / Num. obs: 91873 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 6 |
反射 シェル | 解像度: 1.33→1.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 9289 / CC1/2: 0.548 / Rsym value: 0.929 / % possible all: 99.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5LK4 解像度: 1.33→42.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.84 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 67.36 Å2 / Biso mean: 18.863 Å2 / Biso min: 12.02 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.33→42.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.33→1.362 Å / Rfactor Rfree error: 0
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