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- PDB-7z78: Crystal structure of compound 4 in complex with the bromodomain o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z78
タイトルCrystal structure of compound 4 in complex with the bromodomain of human SMARCA2 and pVHL:ElonginC:ElonginB
要素Probable global transcription activator SNF2L2
キーワードLIGASE (リガーゼ) / PROTAC (タンパク質分解誘導キメラ分子) / Complex / Bromodomain (ブロモドメイン)
機能・相同性
機能・相同性情報


bBAF complex / npBAF complex / brahma complex / nBAF complex / GBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / ATP-dependent chromatin remodeler activity / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex ...bBAF complex / npBAF complex / brahma complex / nBAF complex / GBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / ATP-dependent chromatin remodeler activity / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / intermediate filament cytoskeleton / positive regulation of stem cell population maintenance / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of cell differentiation / spermatid development / positive regulation of myoblast differentiation / ATP-dependent activity, acting on DNA / helicase activity / positive regulation of cell differentiation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / negative regulation of cell growth / RMTs methylate histone arginines / nervous system development / histone binding / transcription coactivator activity / hydrolase activity / transcription cis-regulatory region binding / クロマチンリモデリング / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / クロマチン / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 核質 / ATP binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / domain in helicases and associated with SANT domains / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2, ATP coupling domain ...BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / domain in helicases and associated with SANT domains / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Helicase conserved C-terminal domain / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / ブロモドメイン / Bromodomain profile. / bromo domain / ブロモドメイン / Bromodomain-like superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IF8 / Probable global transcription activator SNF2L2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.32 Å
データ登録者Bader, G. / Boettcher, J. / Wolkerstorfer, B.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A selective and orally bioavailable VHL-recruiting PROTAC achieves SMARCA2 degradation in vivo.
著者: Kofink, C. / Trainor, N. / Mair, B. / Wohrle, S. / Wurm, M. / Mischerikow, N. / Roy, M.J. / Bader, G. / Greb, P. / Garavel, G. / Diers, E. / McLennan, R. / Whitworth, C. / Vetma, V. / Rumpel, ...著者: Kofink, C. / Trainor, N. / Mair, B. / Wohrle, S. / Wurm, M. / Mischerikow, N. / Roy, M.J. / Bader, G. / Greb, P. / Garavel, G. / Diers, E. / McLennan, R. / Whitworth, C. / Vetma, V. / Rumpel, K. / Scharnweber, M. / Fuchs, J.E. / Gerstberger, T. / Cui, Y. / Gremel, G. / Chetta, P. / Hopf, S. / Budano, N. / Rinnenthal, J. / Gmaschitz, G. / Mayer, M. / Koegl, M. / Ciulli, A. / Weinstabl, H. / Farnaby, W.
履歴
登録2022年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable global transcription activator SNF2L2
B: Probable global transcription activator SNF2L2
C: Probable global transcription activator SNF2L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,79910
ポリマ－43,1423
非ポリマー1,6587
水7,692427
1
A: Probable global transcription activator SNF2L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9774
ポリマ－14,3811
非ポリマー5963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable global transcription activator SNF2L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9113
ポリマ－14,3811
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Probable global transcription activator SNF2L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9113
ポリマ－14,3811
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.064, 61.064, 89.275
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Probable global transcription activator SNF2L2 / ATP-dependent helicase SMARCA2 / BRG1-associated factor 190B / BAF190B / Protein brahma homolog / ...ATP-dependent helicase SMARCA2 / BRG1-associated factor 190B / BAF190B / Protein brahma homolog / hBRM / SNF2-alpha / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 2


分子量: 14380.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCA2, BAF190B, BRM, SNF2A, SNF2L2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P51531, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物 ChemComp-IF8 / 4-bromanyl-7-cyclopentyl-9-piperidin-4-yl-benzimidazolo[1,2-a]quinazolin-5-one


分子量: 465.386 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H25BrN4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 8% ethylene glycol, 25% PEG 6000, 0.1 M HEPES pH 8.0 and 10 mM zinc chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.32→89.27 Å / Num. obs: 60981 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.324→1.347 Å / Num. unique obs: 51 / CC1/2: 0.48

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T35, 4QY4

5t35

4qy4


解像度: 1.32→26.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU R Cruickshank DPI: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.076 / SU Rfree Blow DPI: 0.074 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.072
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 3172 5.2 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.188 60971 69.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 255.41 Å2 / Biso mean: 29.14 Å2 / Biso min: 10.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1531 Å20 Å20 Å2
2--0.1531 Å20 Å2
3----0.3061 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.32→26.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2770 0 94 427 3291
Biso mean--24.43 38.51 -
残基数----337
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1116SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes80HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes478HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2921HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion367SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3748SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2921HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3934HARMONIC20.85
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.93
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.86
LS精密化 シェル解像度: 1.32→1.35 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1272 5 5.21 %
Rwork0.2456 91 -
all0.2377 96 -
obs--1.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0697-0.2556-0.35270.98570.41892.54440.078-0.0515-0.0692-0.0311-0.10040.04580.0428-0.08820.0224-0.0202-0.021-0.0297-0.0582-0.001-0.0491-0.4305-4.68745.9402
21.1210.2102-0.22761.5962-0.15332.0446-0.02440.0471-0.04710.0767-0.04080.05830.0594-0.0340.0652-0.03730.0151-0.0148-0.0646-0.0388-0.0316-25.5752-19.5859-1.5105
32.43520.6411.35190.67660.46067.1341-0.0914-0.11880.2278-0.14510.05390.0513-0.8651-0.67860.0374-0.05620.04180.0092-0.0970.0297-0.1236-3.5825-29.756719.6841
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1377 - 1489
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1381 - 1490
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C1376 - 1489

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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