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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yx7 | ||||||
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タイトル | Modified oligopeptidase B from S. proteomaculans in intermediate conformation with 1 spermine molecule at 1.72 A resolution | ||||||
要素 | Oligopeptidase BオリゴペプチダーゼB | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Serratia proteamaculans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å | ||||||
データ登録者 | Petrenko, D.E. / Boyko, K.M. / Nikolaeva, A.Y. / Vlaskina, A.V. / Mikhailova, A.G. / Timofeev, V.I. / Rakitina, T.V. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Crystals / 年: 2022 タイトル: Elucidation of the Conformational Transition of Oligopeptidase B by an Integrative Approach Based on the Combination of X-ray, SAXS, and Essential Dynamics Sampling Simulation 著者: Britikov, V.V. / Timofeev, V.I. / Petrenko, D.E. / Britikova, E.V. / Nikolaeva, A.Y. / Vlaskina, A.V. / Boyko, K.M. / Mikhailova, A.G. / Rakitina, T.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7yx7.cif.gz | 165.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7yx7.ent.gz | 126.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7yx7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/7yx7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/7yx7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7ywsC 7zjzC 7ob1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 78459.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Serratia proteamaculans (バクテリア) 遺伝子: opdB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3VI58 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SPM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.66 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: counter-diffusion 詳細: 200 mM Lithium sulfate, 100 mM Bis-Tris pH 5.5, 23% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.72→30.84 Å / Num. obs: 78927 / % possible obs: 92.53 % / 冗長度: 4.29 % / Rmerge(I) obs: 0.173 / Rrim(I) all: 0.199 / Net I/σ(I): 3.3372 |
反射 シェル | 解像度: 1.72→1.81 Å / 冗長度: 4.67 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 12166 / Rrim(I) all: 0.41 / % possible all: 98.83 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7OB1 解像度: 1.72→30.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 2.298 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 83.37 Å2 / Biso mean: 15.474 Å2 / Biso min: 3.43 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.72→30.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.72→1.765 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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