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- PDB-7yra: Crystal structure of [2Fe-2S]-TtPetA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yra
タイトルCrystal structure of [2Fe-2S]-TtPetA
要素Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / Rieske / iron-sulfur cluster (鉄・硫黄クラスター) / metal binding (金属)
機能・相同性
機能・相同性情報


quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / intracellular membrane-bounded organelle / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ubiquitinol-cytochrome C reductase, Fe-S subunit, TAT signal / Ubiquitinol-cytochrome C reductase Fe-S subunit TAT signal / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Tsutsumi, E. / Niwa, S. / Takeda, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Other private 日本
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2023
タイトル: Structure of a putative immature form of a Rieske-type iron-sulfur protein in complex with zinc chloride.
著者: Tsutsumi, E. / Niwa, S. / Takeda, R. / Sakamoto, N. / Okatsu, K. / Fukai, S. / Ago, H. / Nagao, S. / Sekiguchi, H. / Takeda, K.
履歴
登録2022年8月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
B: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,94712
ポリマ－32,9002
非ポリマー1,04810
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area190 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area6980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.409, 51.022, 98.805
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.45, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / TtPetA


分子量: 16449.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
遺伝子: petA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1MZ11, quinol-cytochrome-c reductase

-
非ポリマー , 5種, 156分子

#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.6 M AmS, 20% glycerol, 0.1 M Na-Ac pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 15 K / Ambient temp details: He cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 30162 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.995 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 1.79→1.9 Å / Num. unique obs: 4797 / CC1/2: 0.927 / Rsym value: 0.323

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
XDSデータ削減
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7YR9

7yr9


解像度: 1.79→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2386 1444 4.7 %
Rwork0.2066 27972 -
obs-29416 96.3 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2272 0 47 146 2465
LS精密化 シェル解像度: 1.79→1.81 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.2862 35
Rwork0.28 739

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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