PDB-7ypv: Crystal structure of OrE-ST-F

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ypv

タイトル

Crystal structure of OrE-ST-F

要素

Acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / acetyltransferase streptothricin F

機能・相同性

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. /

GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Streptothricin F /

Acetyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces lavendulae subsp. lavendulae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.415 Å

データ登録者

Wang, Y.L. / Li, T.L.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: N-Formimidoylation/-iminoacetylation modification in aminoglycosides requires FAD-dependent and ligand-protein NOS bridge dual chemistry.
著者: Wang, Y.L. / Chang, C.Y. / Hsu, N.S. / Lo, I.W. / Lin, K.H. / Chen, C.L. / Chang, C.F. / Wang, Z.C. / Ogasawara, Y. / Dairi, T. / Maruyama, C. / Hamano, Y. / Li, T.L.

履歴

登録	2022年8月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ypv.cif.gz	294 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ypv.ent.gz	229.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ypv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/7ypv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/7ypv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xqaC 7xx0C 7xxcC 7xxdC 7xxmC 7xxpC 7xxrC 7xyeC 7xylC 7y0xC 7ypuC 8griC 3pp9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Acetyltransferase

B: Acetyltransferase

C: Acetyltransferase

D: Acetyltransferase

E: Acetyltransferase

F: Acetyltransferase

G: Acetyltransferase

H: Acetyltransferase

ヘテロ分子

181 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Acetyltransferase

B: Acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
45.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Acetyltransferase

D: Acetyltransferase

ヘテロ分子

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45.1 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Acetyltransferase

F: Acetyltransferase

ヘテロ分子

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45.1 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Acetyltransferase

H: Acetyltransferase

ヘテロ分子

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45.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.714, 77.826, 108.990
Angle α, β, γ (deg.)	89.945, 90.043, 89.991
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	PRO	PRO	A	A	8 - 184	28 - 204
2	2	1	PRO	PRO	B	B	8 - 184	28 - 204
3	3	2	PRO	PRO	A	A	8 - 184	28 - 204
4	4	2	PRO	PRO	C	C	8 - 184	28 - 204
5	5	3	CYS	CYS	A	A	7 - 185	27 - 205
6	6	3	CYS	CYS	D	D	7 - 185	27 - 205
7	7	4	PRO	PRO	A	A	8 - 184	28 - 204
8	8	4	PRO	PRO	E	E	8 - 184	28 - 204
9	9	5	PRO	PRO	A	A	8 - 184	28 - 204
10	10	5	PRO	PRO	F	F	8 - 184	28 - 204
11	11	6	PRO	PRO	A	A	8 - 184	28 - 204
12	12	6	PRO	PRO	G	G	8 - 184	28 - 204
13	13	7	PRO	PRO	A	A	8 - 184	28 - 204
14	14	7	PRO	PRO	H	H	8 - 184	28 - 204
15	15	8	CYS	CYS	B	B	8 - 185	28 - 205
16	16	8	CYS	CYS	C	C	8 - 185	28 - 205
17	17	9	PRO	PRO	B	B	8 - 184	28 - 204
18	18	9	PRO	PRO	D	D	8 - 184	28 - 204
19	19	10	CYS	CYS	B	B	8 - 185	28 - 205
20	20	10	CYS	CYS	E	E	8 - 185	28 - 205
21	21	11	CYS	CYS	B	B	8 - 185	28 - 205
22	22	11	CYS	CYS	F	F	8 - 185	28 - 205
23	23	12	CYS	CYS	B	B	8 - 185	28 - 205
24	24	12	CYS	CYS	G	G	8 - 185	28 - 205
25	25	13	CYS	CYS	B	B	8 - 185	28 - 205
26	26	13	CYS	CYS	H	H	8 - 185	28 - 205
27	27	14	PRO	PRO	C	C	8 - 184	28 - 204
28	28	14	PRO	PRO	D	D	8 - 184	28 - 204
29	29	15	CYS	CYS	C	C	8 - 185	28 - 205
30	30	15	CYS	CYS	E	E	8 - 185	28 - 205
31	31	16	CYS	CYS	C	C	8 - 185	28 - 205
32	32	16	CYS	CYS	F	F	8 - 185	28 - 205
33	33	17	CYS	CYS	C	C	8 - 185	28 - 205
34	34	17	CYS	CYS	G	G	8 - 185	28 - 205
35	35	18	CYS	CYS	C	C	8 - 185	28 - 205
36	36	18	CYS	CYS	H	H	8 - 185	28 - 205
37	37	19	PRO	PRO	D	D	8 - 184	28 - 204
38	38	19	PRO	PRO	E	E	8 - 184	28 - 204
39	39	20	PRO	PRO	D	D	8 - 184	28 - 204
40	40	20	PRO	PRO	F	F	8 - 184	28 - 204
41	41	21	PRO	PRO	D	D	8 - 184	28 - 204
42	42	21	PRO	PRO	G	G	8 - 184	28 - 204
43	43	22	PRO	PRO	D	D	8 - 184	28 - 204
44	44	22	PRO	PRO	H	H	8 - 184	28 - 204
45	45	23	CYS	CYS	E	E	8 - 185	28 - 205
46	46	23	CYS	CYS	F	F	8 - 185	28 - 205
47	47	24	CYS	CYS	E	E	8 - 185	28 - 205
48	48	24	CYS	CYS	G	G	8 - 185	28 - 205
49	49	25	CYS	CYS	E	E	8 - 185	28 - 205
50	50	25	CYS	CYS	H	H	8 - 185	28 - 205
51	51	26	CYS	CYS	F	F	8 - 185	28 - 205
52	52	26	CYS	CYS	G	G	8 - 185	28 - 205
53	53	27	CYS	CYS	F	F	8 - 185	28 - 205
54	54	27	CYS	CYS	H	H	8 - 185	28 - 205
55	55	28	CYS	CYS	G	G	8 - 185	28 - 205
56	56	28	CYS	CYS	H	H	8 - 185	28 - 205

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30
16	Local NCS retraints between domains: 31 32
17	Local NCS retraints between domains: 33 34
18	Local NCS retraints between domains: 35 36
19	Local NCS retraints between domains: 37 38
20	Local NCS retraints between domains: 39 40
21	Local NCS retraints between domains: 41 42
22	Local NCS retraints between domains: 43 44
23	Local NCS retraints between domains: 45 46
24	Local NCS retraints between domains: 47 48
25	Local NCS retraints between domains: 49 50
26	Local NCS retraints between domains: 51 52
27	Local NCS retraints between domains: 53 54
28	Local NCS retraints between domains: 55 56

#1: タンパク質	Acetyltransferase / / Ribosomal-protein-alanine N-acetyltransferase / Streptothricin acetyltransferase 分子量: 22071.469 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces lavendulae subsp. lavendulae (バクテリア) 遺伝子: SLAV_37450 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G9MBU1
#2: 化合物	ChemComp-OI9 / Streptothricin F / ストレプトトリシンF 分子量: 502.522 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₃₄N₈O₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES pH 6.5 0.2 M ammonium sulfate 20% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.415→20 Å / Num. obs: 59578 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.081 / R_rim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 2.42→2.51 Å / R_merge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 5876 / R_rim(I) all: 0.545

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PP9

3pp9

解像度: 2.415→19.899 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 8.252 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.501 / ESU R Free: 0.27 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2454	2912	4.888 %
R_work	0.2114	56666	-
all	0.213	-	-
obs	-	59578	96.958 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.404 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.657 Å²	0.287 Å²	-0.235 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0.424 Å²
3-	-	-	-1.615 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.415→19.899 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10302	0	280	537	11119

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	10830
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.018	10004
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.414	1.682	14748
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.225	1.63	22916
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.176	5	1354
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.782	20.137	584
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.898	15	1482
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.011	15	104
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.232	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	12374
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2634
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.173	0.2	1863
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.173	0.2	9260
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	5224
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	5113
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	561
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.087	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.133	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.221	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.711	3.56	5488
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.71	3.56	5488
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.886	5.326	6818
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.885	5.326	6819
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.938	3.779	5342
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.937	3.779	5343
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.309	5.562	7930
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.309	5.562	7931
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.357	41.045	11489
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.31	40.931	11394
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.056	0.05	4986
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.069	0.05	4970
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.037	0.05	5103
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.037	0.05	5063
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.053	0.05	4977
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.056	0.05	4968
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.032	0.05	5057
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.051	0.05	5074
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.054	0.05	4985
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.048	0.05	5023
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.033	0.05	5078
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.052	0.05	5054
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.049	0.05	5022
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.067	0.05	4995
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.063	0.05	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_16	0.052	0.05	5063
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_17	0.064	0.05	5059
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_18	0.07	0.05	4999
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_19	0.033	0.05	5064
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_20	0.052	0.05	4974
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_21	0.054	0.05	4963
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_22	0.028	0.05	5053
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_23	0.053	0.05	5004
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_24	0.057	0.05	4995
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_25	0.031	0.05	5092
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_26	0.048	0.05	5053
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_27	0.053	0.05	4997
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_28	0.056	0.05	4988

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05564	0.0501
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05564	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06906	0.0501
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06906	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03674	0.05011
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03674	0.05011
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0368	0.05011
4	8	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0368	0.05011
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0534	0.0501
5	10	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0534	0.0501
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05563	0.0501
6	12	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05563	0.0501
7	13	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03161	0.05011
7	14	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03161	0.05011
8	15	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05057	0.05011
8	16	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05057	0.05011
9	17	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05439	0.0501
9	18	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05439	0.0501
10	19	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04826	0.0501
10	20	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04826	0.0501
11	21	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03335	0.05011
11	22	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03335	0.05011
12	23	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05186	0.05011
12	24	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05186	0.05011
13	25	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04922	0.0501
13	26	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04922	0.0501
14	27	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06728	0.0501
14	28	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06728	0.0501
15	29	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0626	0.0501
15	30	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0626	0.0501
16	31	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05161	0.05011
16	32	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05161	0.05011
17	33	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06365	0.05011
17	34	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06365	0.05011
18	35	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06956	0.0501
18	36	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06956	0.0501
19	37	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03301	0.05011
19	38	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03301	0.05011
20	39	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05207	0.0501
20	40	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05207	0.0501
21	41	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05448	0.0501
21	42	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05448	0.0501
22	43	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02835	0.05011
22	44	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02835	0.05011
23	45	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05279	0.0501
23	46	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05279	0.0501
24	47	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05726	0.0501
24	48	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05726	0.0501
25	49	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03084	0.05011
25	50	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03084	0.05011
26	51	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04848	0.05011
26	52	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04848	0.05011
27	53	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05299	0.0501
27	54	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05299	0.0501
28	55	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05645	0.0501
28	56	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05645	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.415-2.477	0.275	170	0.256	3768	X-RAY DIFFRACTION	86.9508
2.477-2.545	0.301	219	0.257	4138	X-RAY DIFFRACTION	97.5375
2.545-2.618	0.325	211	0.259	3848	X-RAY DIFFRACTION	97.5956
2.618-2.698	0.286	208	0.247	3934	X-RAY DIFFRACTION	97.4588
2.698-2.786	0.293	184	0.25	3733	X-RAY DIFFRACTION	97.6078
2.786-2.882	0.334	192	0.233	3635	X-RAY DIFFRACTION	97.8022
2.882-2.99	0.234	198	0.213	3480	X-RAY DIFFRACTION	97.6633
2.99-3.111	0.283	206	0.213	3291	X-RAY DIFFRACTION	97.1119
3.111-3.248	0.258	186	0.225	3262	X-RAY DIFFRACTION	97.8156
3.248-3.404	0.276	177	0.207	3057	X-RAY DIFFRACTION	97.6155
3.404-3.586	0.277	103	0.209	2968	X-RAY DIFFRACTION	98.0524
3.586-3.8	0.211	156	0.198	2779	X-RAY DIFFRACTION	97.8333
3.8-4.058	0.218	141	0.191	2672	X-RAY DIFFRACTION	98.2193
4.058-4.376	0.204	144	0.184	2423	X-RAY DIFFRACTION	98.617
4.376-4.784	0.18	97	0.173	2286	X-RAY DIFFRACTION	98.9207
4.784-5.331	0.208	96	0.179	2075	X-RAY DIFFRACTION	99.042
5.331-6.124	0.221	71	0.198	1879	X-RAY DIFFRACTION	99.1357
6.124-7.423	0.231	57	0.202	1544	X-RAY DIFFRACTION	99.0105
7.423-10.191	0.219	47	0.199	1249	X-RAY DIFFRACTION	98.7805

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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