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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ycm | ||||||||||||
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タイトル | TR-SFX MmCPDII-DNA complex: 100 ps snapshot. Includes 100ps, dark, and extrapolated structure factors | ||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Maestre-Reyna, M. / Wang, P.-H. / Nango, E. / Hosokawa, Y. / Saft, M. / Furrer, A. / Yang, C.-H. / Ngura Putu, E.P.G. / Wu, W.-J. / Emmerich, H.-J. ...Maestre-Reyna, M. / Wang, P.-H. / Nango, E. / Hosokawa, Y. / Saft, M. / Furrer, A. / Yang, C.-H. / Ngura Putu, E.P.G. / Wu, W.-J. / Emmerich, H.-J. / Engilberge, S. / Caramello, N. / Wranik, M. / Glover, H.L. / Franz-Badur, S. / Wu, H.-Y. / Lee, C.-C. / Huang, W.-C. / Huang, K.-F. / Chang, Y.-K. / Liao, J.-H. / Weng, J.-H. / Gad, W. / Chang, C.-W. / Pang, A.H. / Gashi, D. / Beale, E. / Ozerov, D. / Milne, C. / Cirelli, C. / Bacellar, C. / Sugahara, M. / Owada, S. / Joti, Y. / Yamashita, A. / Tanaka, R. / Tanaka, T. / Luo, F.J. / Tono, K. / Kiontke, S. / Spadaccini, R. / Royant, A. / Yamamoto, J. / Iwata, S. / Standfuss, J. / Essen, L.-O. / Bessho, Y. / Tsai, M.-D. | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Visualizing the DNA repair process by a photolyase at atomic resolution. 著者: Maestre-Reyna, M. / Wang, P.H. / Nango, E. / Hosokawa, Y. / Saft, M. / Furrer, A. / Yang, C.H. / Gusti Ngurah Putu, E.P. / Wu, W.J. / Emmerich, H.J. / Caramello, N. / Franz-Badur, S. / Yang, ...著者: Maestre-Reyna, M. / Wang, P.H. / Nango, E. / Hosokawa, Y. / Saft, M. / Furrer, A. / Yang, C.H. / Gusti Ngurah Putu, E.P. / Wu, W.J. / Emmerich, H.J. / Caramello, N. / Franz-Badur, S. / Yang, C. / Engilberge, S. / Wranik, M. / Glover, H.L. / Weinert, T. / Wu, H.Y. / Lee, C.C. / Huang, W.C. / Huang, K.F. / Chang, Y.K. / Liao, J.H. / Weng, J.H. / Gad, W. / Chang, C.W. / Pang, A.H. / Yang, K.C. / Lin, W.T. / Chang, Y.C. / Gashi, D. / Beale, E. / Ozerov, D. / Nass, K. / Knopp, G. / Johnson, P.J.M. / Cirelli, C. / Milne, C. / Bacellar, C. / Sugahara, M. / Owada, S. / Joti, Y. / Yamashita, A. / Tanaka, R. / Tanaka, T. / Luo, F. / Tono, K. / Zarzycka, W. / Muller, P. / Alahmad, M.A. / Bezold, F. / Fuchs, V. / Gnau, P. / Kiontke, S. / Korf, L. / Reithofer, V. / Rosner, C.J. / Seiler, E.M. / Watad, M. / Werel, L. / Spadaccini, R. / Yamamoto, J. / Iwata, S. / Zhong, D. / Standfuss, J. / Royant, A. / Bessho, Y. / Essen, L.O. / Tsai, M.D. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 427.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 341.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7yc7SC ![]() 7ycpC ![]() 7ycrC ![]() 7yd6C ![]() 7yd7C ![]() 7yd8C ![]() 7ydzC ![]() 7ye0C ![]() 7yebC ![]() 7yecC ![]() 7yeeC ![]() 7yeiC ![]() 7yejC ![]() 7yekC ![]() 7yelC ![]() 7yemC ![]() 8kcmC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 55123.480 Da / 分子数: 2 / 変異: M377T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: (strain ATCC BAA-159 / DSM 3647 / Goe1 / Go1 / JCM 11833 / OCM 88) 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 4分子 CEDF
#2: DNA鎖 | 分子量: 4569.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: DNA鎖 | 分子量: 4305.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 3種, 376分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / ![]() | ||
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#5: 化合物 | ![]() #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.74 % |
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結晶化![]() | 温度: 296 K / 手法: batch mode / pH: 4.6 詳細: 100 mM Sodium Acetate pH 4.6 250 mM ammonium sulfate 4% PEG4000 (w/v) 50 mM DTT |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PSI JUNGFRAU 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2→16.78 Å / Num. obs: 96914 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 898.6 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 9.05 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.02 Å / Mean I/σ(I) obs: 211.4 / Num. unique obs: 4787 / CC1/2: 0.511 / % possible all: 100 |
Serial crystallography measurement | XFEL pulse repetition rate: 100 Hz |
Serial crystallography sample delivery | 手法: injection |
Serial crystallography sample delivery injection | Carrier solvent: grease matrix / 解説: SwissFEL Injector / Filter size: 20 µm / Flow rate: 4.2 µL/min / Injector diameter: 75 µm / Injector temperature: 298 K |
Serial crystallography data reduction | Frames indexed: 86047 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 7YC7 解像度: 2→16.76 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.21 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→16.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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