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万見
- PDB-7y8r: The nucleosome-bound human PBAF complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y8r
タイトルThe nucleosome-bound human PBAF complex
要素
  • (DNA (213-MER)) x 2
  • (SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily ...) x 3
  • (Unknown) x 4
  • ACTB protein (Fragment)
  • AT-rich interactive domain-containing protein 2
  • Actin-like protein 6A
  • Bromodomain-containing protein 7
  • Histone H2A type 1-C
  • Histone H2BヒストンH2B
  • Histone H3ヒストンH3
  • Histone H4ヒストンH4
  • PHD finger protein 10
  • Protein polybromo-1
  • SWI/SNF complex subunit SMARCC2SWI/SNFファミリー
  • Transcription activator BRG1
  • Unkown
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / chromatin remodeling complexes / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of pseudohyphal growth by positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / blastocyst hatching / bBAF complex / npBAF complex / brahma complex / nBAF complex ...single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of pseudohyphal growth by positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / blastocyst hatching / bBAF complex / npBAF complex / brahma complex / nBAF complex / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / GBAF complex / neural retina development / regulation of G0 to G1 transition / Tat protein binding / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / regulation of double-strand break repair / coronary artery morphogenesis / nucleosome disassembly / Ino80 complex / regulation of nucleotide-excision repair / hepatocyte differentiation / XY body / blastocyst formation / RSC-type complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / N-acetyltransferase activity / positive regulation by host of viral transcription / ATP-dependent chromatin remodeler activity / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / positive regulation of double-strand break repair / germ cell nucleus / positive regulation of T cell differentiation / cardiac muscle cell proliferation / cellular response to fatty acid / NuA4 histone acetyltransferase complex / nuclear androgen receptor binding / regulation of chromosome organization / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / homeostatic process / spinal cord development / nuclear chromosome / positive regulation of stem cell population maintenance / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / regulation of DNA replication / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of cell differentiation / regulation of embryonic development / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of myoblast differentiation / nucleosomal DNA binding / embryonic organ development / ATP-dependent activity, acting on DNA / Chromatin modifying enzymes / regulation of DNA repair / DNA polymerase binding / Packaging Of Telomere Ends / heart morphogenesis / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / regulation of mitotic cell cycle / Meiotic synapsis / positive regulation of DNA repair / RNA Polymerase I Promoter Opening / telomere maintenance / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / 神経発生 / negative regulation of cell migration / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / helicase activity / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / transcription coregulator binding / transcription elongation by RNA polymerase II / nuclear receptor binding / positive regulation of cell differentiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / transcription coregulator activity / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / DNA Damage Recognition in GG-NER / lysine-acetylated histone binding / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function
類似検索 - 分子機能
PHD finger protein 10 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1 / : / RFX DNA-binding domain / SWIB domain / SWI complex, BAF60b domains / SMARCC, SWIRM-associated domain / SMARCC, N-terminal / SWIRM-associated domain at the N-terminal / SWIRM-associated domain at the C-terminal ...PHD finger protein 10 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1 / : / RFX DNA-binding domain / SWIB domain / SWI complex, BAF60b domains / SMARCC, SWIRM-associated domain / SMARCC, N-terminal / SWIRM-associated domain at the N-terminal / SWIRM-associated domain at the C-terminal / MarR-like, BRCT and chromo domains module profile. / : / SWI/SNF Subunit INI1, DNA binding domain / DNA-binding RFX-type winged-helix domain / SWI/SNF complex subunit BRG1 / RFX-type winged-helix DNA-binding domain profile. / Chromatin-remodeling complex component Sfh1/SNF5 / Protein polybromo-1, Bromodomain 5 / SMARCC, C-terminal / SWIRM-associated region 1 / SNF5/SMARCB1/INI1 / SNF5 / SMARCB1 / INI1 / BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Remodelling complex subunit Rsc/polybromo / Protein of unknown function DUF3512 / Domain of unknown function (DUF3512) / domain in helicases and associated with SANT domains / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / Bromo adjacent homology domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / BAH domain / BAH domain profile. / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / SANT domain profile. / SANT domain / : / HMG (high mobility group) box / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / 高移動度群タンパク質 / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / アクチン / Actin family / アクチン / BRCT domain superfamily / PHD-finger / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger PHD-type signature. / Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Zinc finger C2H2-type / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / ヒストンH4 / ヒストンH4 / CENP-T/Histone H4, histone fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA (> 100) / ヒストンH3 / ACTB protein / ヒストンH4 / Actin-like protein 6A / Transcription activator BRG1 ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA (> 100) / ヒストンH3 / ACTB protein / ヒストンH4 / Actin-like protein 6A / Transcription activator BRG1 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1 / AT-rich interactive domain-containing protein 2 / Protein polybromo-1 / SWI/SNF complex subunit SMARCC2 / PHD finger protein 10 / Histone H2A type 1-C / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1 / Bromodomain-containing protein 7 / ヒストンH2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Wang, L. / Yu, J. / Yu, Z. / Wang, Q. / He, S. / Xu, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32030055 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure of nucleosome-bound human PBAF complex.
著者: Li Wang / Jiali Yu / Zishuo Yu / Qianmin Wang / Wanjun Li / Yulei Ren / Zhenguo Chen / Shuang He / Yanhui Xu /
要旨: BAF and PBAF are mammalian SWI/SNF family chromatin remodeling complexes that possess multiple histone/DNA-binding subunits and create nucleosome-depleted/free regions for transcription activation. ...BAF and PBAF are mammalian SWI/SNF family chromatin remodeling complexes that possess multiple histone/DNA-binding subunits and create nucleosome-depleted/free regions for transcription activation. Despite previous structural studies and recent advance of SWI/SNF family complexes, it remains incompletely understood how PBAF-nucleosome complex is organized. Here we determined structure of 13-subunit human PBAF in complex with acetylated nucleosome in ADP-BeF-bound state. Four PBAF-specific subunits work together with nine BAF/PBAF-shared subunits to generate PBAF-specific modular organization, distinct from that of BAF at various regions. PBAF-nucleosome structure reveals six histone-binding domains and four DNA-binding domains/modules, the majority of which directly bind histone/DNA. This multivalent nucleosome-binding pattern, not observed in previous studies, suggests that PBAF may integrate comprehensive chromatin information to target genomic loci for function. Our study reveals molecular organization of subunits and histone/DNA-binding domains/modules in PBAF-nucleosome complex and provides structural insights into PBAF-mediated nucleosome association complimentary to the recently reported PBAF-nucleosome structure.
履歴
登録2022年6月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H3
B: Histone H4
C: Histone H2A type 1-C
D: Histone H2B
E: Histone H3
F: Histone H4
G: Histone H2A type 1-C
H: Histone H2B
Z: Unknown
I: Transcription activator BRG1
J: ACTB protein (Fragment)
K: Actin-like protein 6A
L: AT-rich interactive domain-containing protein 2
M: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1
N: SWI/SNF complex subunit SMARCC2
a: Unknown
O: SWI/SNF complex subunit SMARCC2
P: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1
Q: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1
R: PHD finger protein 10
S: Bromodomain-containing protein 7
T: Unkown
U: Protein polybromo-1
V: Unknown
X: DNA (213-MER)
Y: DNA (213-MER)
W: Unknown
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,458,64630
ポリマ－1,458,12827
非ポリマー5183
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 13種, 18分子 AEBFCGDHIJKLNORSUV

#1: タンパク質 Histone H3 / ヒストンH3


分子量: 15305.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LOC101372593
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2U3ZMZ6
#2: タンパク質 Histone H4 / ヒストンH4


分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LOC102367360
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: H3A5H1
#3: タンパク質 Histone H2A type 1-C / H2A-clustered histone 6 / Histone H2A/l


分子量: 14004.329 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H2AC6, H2AFL, HIST1H2AC
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q93077
#4: タンパク質 Histone H2B / ヒストンH2B


分子量: 13806.018 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LOC102524608
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: S9WX78
#6: タンパク質 Transcription activator BRG1


分子量: 184923.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCA4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51532
#7: タンパク質 ACTB protein (Fragment)


分子量: 41782.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Actb / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A7K5XZZ2
#8: タンパク質 Actin-like protein 6A


分子量: 47509.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACTL6A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O96019
#9: タンパク質 AT-rich interactive domain-containing protein 2


分子量: 197581.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARID2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q68CP9
#11: タンパク質 SWI/SNF complex subunit SMARCC2 / SWI/SNFファミリー


分子量: 133048.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCC2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TAQ2
#15: タンパク質 PHD finger protein 10 /


分子量: 56131.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHF10 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WUB8
#16: タンパク質 Bromodomain-containing protein 7


分子量: 74257.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD7 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NPI1
#18: タンパク質 Protein polybromo-1


分子量: 184157.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PBRM1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q86U86
#19: タンパク質 Unknown


分子量: 8698.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質・ペプチド , 4種, 4分子 ZaTW

#5: タンパク質・ペプチド Unknown


分子量: 2486.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#12: タンパク質・ペプチド Unknown


分子量: 1039.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#17: タンパク質・ペプチド Unkown


分子量: 1890.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#22: タンパク質・ペプチド Unknown


分子量: 2060.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily ... , 3種, 3分子 MPQ

#10: タンパク質 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1


分子量: 44199.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCB1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12824
#13: タンパク質 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1


分子量: 58311.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCD1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96GM5
#14: タンパク質 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1


分子量: 46710.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCE1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q969G3

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DNA鎖 , 2種, 2分子 XY

#20: DNA鎖 DNA (213-MER)


分子量: 65534.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#21: DNA鎖 DNA (213-MER)


分子量: 65998.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 3種, 3分子

#23: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#24: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#25: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Nucleosome-bound human PBAF complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4, #7-#10, #13-#22 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37528 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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