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- PDB-7xys: Crystal structure of ZER1 bound to SFLH degron -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xys
タイトルCrystal structure of ZER1 bound to SFLH degron
要素Protein zer-1 homolog
キーワードLIGASE (リガーゼ) / E3
機能・相同性Cul2-RING ubiquitin ligase complex / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich repeat domain superfamily / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Protein zer-1 homolog
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Dong, C. / Yan, X. / Li, Y.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31900865 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071193 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81874039 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: CRL2 ZER1/ZYG11B recognizes small N-terminal residues for degradation.
著者: Li, Y. / Zhao, Y. / Yan, X. / Ye, C. / Weirich, S. / Zhang, B. / Wang, X. / Song, L. / Jiang, C. / Jeltsch, A. / Dong, C. / Mi, W.
履歴
登録2022年6月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein zer-1 homolog
B: Protein zer-1 homolog
C: Protein zer-1 homolog
D: Protein zer-1 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,3004
ポリマ－117,3004
非ポリマー00
水29,5451640
1
A: Protein zer-1 homolog
B: Protein zer-1 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6502
ポリマ－58,6502
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2720 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area20460 Å2
手法PISA
2
C: Protein zer-1 homolog
D: Protein zer-1 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6502
ポリマ－58,6502
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area20180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.137, 137.191, 69.484
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.500, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Protein zer-1 homolog / Hzyg / Zyg-11 homolog B-like protein / Zyg11b-like protein


分子量: 29324.936 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZER1, C9orf60, ZYG, ZYG11BL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z7L7
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1640 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M NH4F, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.07 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-h-l / Fraction: 0.42
反射解像度: 1.7→48.53 Å / Num. obs: 116008 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 13.33
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.453 / Num. unique obs: 36520

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7EP3

7ep3


解像度: 1.7→36.72 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 53.65 / 位相誤差: 30.38 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1834 1167 1.01 %
Rwork0.1466 114851 -
obs0.1626 116008 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 76.32 Å2 / Biso mean: 17.7899 Å2 / Biso min: 5.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→36.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7946 0 0 1640 9586
Biso mean---28.24 -
残基数----982
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.780.24111430.2376142131435698
1.78-1.870.22011460.2209142361438298
1.87-1.990.25081440.2051143001444498
1.99-2.140.23361450.1882143111445698
2.14-2.360.21751420.1742143391448199
2.36-2.70.19851440.1672144351457999
2.7-3.40.20171430.1447144331457699
3.4-36.720.15261500.1233145841473499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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