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- PDB-7xv7: Crystal structure of ZYG11B bound to ORF10 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xv7
タイトルCrystal structure of ZYG11B bound to ORF10 peptide
要素Protein zyg-11 homolog B
キーワードLIGASE (リガーゼ) / E3 LIGASE (ユビキチンリガーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


Cul2-RING ubiquitin ligase complex / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeat profile. / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein zyg-11 homolog B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Dong, C. / Yan, X. / Li, Y.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31900865 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071193 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81874039 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Structural insights into ORF10 recognition by ZYG11B.
著者: Zhang, B. / Li, Y. / Feng, Q. / Song, L. / Dong, C. / Yan, X.
履歴
登録2022年5月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Protein zyg-11 homolog B
A: Protein zyg-11 homolog B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3715
ポリマ－57,0832
非ポリマー2883
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area20430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.504, 96.854, 121.749
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Protein zyg-11 homolog B


分子量: 28541.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZYG11B, KIAA1730 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9C0D3
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 1.6 M MgSO4.

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→37.26 Å / Num. obs: 19576 / % possible obs: 98.11 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 58.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05649 / Net I/σ(I): 31.83
反射 シェル解像度: 2.6→2.693 Å / Rmerge(I) obs: 0.9676 / Num. unique obs: 1910

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7EP1

7ep1


解像度: 2.6→31.21 Å / SU ML: 0.3273 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.6711
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2691 941 4.84 %
Rwork0.2027 18519 -
obs0.2057 19460 98.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→31.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3926 0 15 29 3970
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084052
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97815515
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0548626
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058701
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.23751457
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.740.31571410.26592556X-RAY DIFFRACTION98.14
2.74-2.910.31961320.26452605X-RAY DIFFRACTION98.38
2.91-3.130.27841180.25762610X-RAY DIFFRACTION98.27
3.13-3.450.34141460.23392623X-RAY DIFFRACTION99.03
3.45-3.950.25341300.19942650X-RAY DIFFRACTION99
3.95-4.970.21451320.17322692X-RAY DIFFRACTION99.26
4.97-31.210.27051420.18152783X-RAY DIFFRACTION97.79
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -37.3578042223 Å / Origin y: -39.3794743586 Å / Origin z: 10.1232240475 Å
111213212223313233
T0.367376262775 Å20.109828679404 Å20.017389762451 Å2-0.47638290052 Å20.10823861166 Å2--0.438266323296 Å2
L1.16798338584 °21.5407171796 °2-0.119561038929 °2-4.24398480705 °2-0.457326978132 °2--1.32077568315 °2
S0.0985632152816 Å °-0.299804755423 Å °-0.180694630877 Å °-0.219773624213 Å °-0.461365935752 Å °-0.445325506861 Å °0.315229014101 Å °0.212821437321 Å °0.280407280092 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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