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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xr4 | ||||||
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タイトル | Structure of human excitatory amino acid transporter 2 (EAAT2) in complex with glutamate | ||||||
要素 | Excitatory amino acid transporter 2 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Glutamate transport | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 neurotransmitter reuptake / Astrocytic Glutamate-Glutamine Uptake And Metabolism / membrane protein complex / cysteine transmembrane transporter activity / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / visual behavior / glutamate:sodium symporter activity / Transport of inorganic cations/anions and amino acids/oligopeptides / L-glutamate transmembrane transport / L-glutamate transmembrane transporter activity ...neurotransmitter reuptake / Astrocytic Glutamate-Glutamine Uptake And Metabolism / membrane protein complex / cysteine transmembrane transporter activity / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / visual behavior / glutamate:sodium symporter activity / Transport of inorganic cations/anions and amino acids/oligopeptides / L-glutamate transmembrane transport / L-glutamate transmembrane transporter activity / L-aspartate transmembrane transport / D-aspartate import across plasma membrane / glutathione biosynthetic process / : / telencephalon development / L-aspartate import across plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / monoatomic anion transmembrane transporter activity / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / L-glutamate import across plasma membrane / astrocyte projection / transepithelial transport / neuron projection terminus / 神経伝達物質輸送体 / cellular response to cocaine / adult behavior / protein homotrimerization / transport across blood-brain barrier / axolemma / response to amino acid / monoatomic ion transport / positive regulation of glucose import / multicellular organism growth / response to wounding / presynaptic membrane / cell body / chemical synaptic transmission / vesicle / response to xenobiotic stimulus / 脂質ラフト / glutamatergic synapse / 細胞膜 / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, Y. / Zhang, Z. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural basis of ligand binding modes of human EAAT2. 著者: Zhenglai Zhang / Huiwen Chen / Ze Geng / Zhuoya Yu / Hang Li / Yanli Dong / Hongwei Zhang / Zhuo Huang / Juquan Jiang / Yan Zhao / 要旨: In the central nervous system (CNS), excitatory amino acid transporters (EAATs) mediate the uptake of excitatory neurotransmitter glutamate and maintain its low concentrations in the synaptic cleft ...In the central nervous system (CNS), excitatory amino acid transporters (EAATs) mediate the uptake of excitatory neurotransmitter glutamate and maintain its low concentrations in the synaptic cleft for avoiding neuronal cytotoxicity. Dysfunction of EAATs can lead to many psychiatric diseases. Here we report cryo-EM structures of human EAAT2 in an inward-facing conformation, in the presence of substrate glutamate or selective inhibitor WAY-213613. The glutamate is coordinated by extensive hydrogen bonds and further stabilized by HP2. The inhibitor WAY-213613 occupies a similar binding pocket to that of the substrate glutamate. Upon association with the WAY-213613, the HP2 undergoes a substantial conformational change, and in turn stabilizes the inhibitor binding by forming hydrophobic interactions. Electrophysiological experiments elucidate that the unique S441 plays pivotal roles in the binding of hEAAT2 with glutamate or WAY-213613, and the I464-L467-V468 cluster acts as a key structural determinant for the selective inhibition of this transporter by WAY-213613. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xr4.cif.gz | 230.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xr4.ent.gz | 184.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xr4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/7xr4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/7xr4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 33407MC 7xr6C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62164.977 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC1A2, EAAT2, GLT1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P43004 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PC1 / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: transporter運搬体タンパク質 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2108 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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