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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7xgp | ||||||
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Title | Human renin in complex with compound3 | ||||||
![]() | Renin![]() | ||||||
![]() | HYDROLASE/INHIBITOR / HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kashima, A. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Discovery of SPH3127: A Novel, Highly Potent, and Orally Active Direct Renin Inhibitor. Authors: Iijima, D. / Sugama, H. / Takahashi, Y. / Hirai, M. / Togashi, Y. / Xie, J. / Shen, J. / Ke, Y. / Akatsuka, H. / Kawaguchi, T. / Takedomi, K. / Kashima, A. / Nishio, M. / Inui, Y. / Yoneda, ...Authors: Iijima, D. / Sugama, H. / Takahashi, Y. / Hirai, M. / Togashi, Y. / Xie, J. / Shen, J. / Ke, Y. / Akatsuka, H. / Kawaguchi, T. / Takedomi, K. / Kashima, A. / Nishio, M. / Inui, Y. / Yoneda, H. / Xia, G. / Iijima, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 139.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 112.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 37267.008 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Sugar | ![]() #3: Chemical | Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.14 Å3/Da / Density % sol: 60.77 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1M Na citrate pH4.2, 30% PEG3350, 0.6M NaCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Oct 6, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.65→47.01 Å / Num. obs: 27447 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 19.894 % / Biso Wilson estimate: 71.961 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 1.098 / Net I/σ(I): 23.72 / Num. measured all: 546018 / Scaling rejects: 23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 194.43 Å2 / Biso mean: 69.423 Å2 / Biso min: 41.42 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.65→47.01 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.65→2.719 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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