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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x0b | ||||||
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タイトル | The structure of a Twitch Radical SAM Dehydrogenase SpeY | ||||||
要素 | 4Fe-4S cluster-binding domain-containing protein | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / Spectinomycin (スペクチノマイシン) / Twitch Radical SAM Dehydrogenase / Epimerase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 heme biosynthetic process / catalytic activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces spectabilis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02027524648 Å | ||||||
データ登録者 | Hou, X.L. / Zhou, J.H. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022 タイトル: Dioxane Bridge Formation during the Biosynthesis of Spectinomycin Involves a Twitch Radical S -Adenosyl Methionine Dehydrogenase That May Have Evolved from an Epimerase. 著者: Zhang, J. / Hou, X. / Chen, Z. / Ko, Y. / Ruszczycky, M.W. / Chen, Y. / Zhou, J. / Liu, H.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7x0b.cif.gz | 322.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7x0b.ent.gz | 215.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7x0b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7wzvSC 7wzxC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 2 - 300 / Label seq-ID: 22 - 320
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 36014.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces spectabilis (バクテリア) 遺伝子: speY, FH965_34950 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8WEZ7 |
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-非ポリマー , 7種, 288分子
#2: 化合物 | ChemComp-SF4 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-NA / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.14 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.5 M Sodium cacodylate trihydrate (pH 6.5), 1.8 M Ammonium sulfate and 0.15 M Magnesium acetate tetrahydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.02→50 Å / Num. obs: 43975 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 23.6981167031 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.172 |
反射 シェル | 解像度: 2.02→2.05 Å / Num. unique obs: 43975 / CC1/2: 0.722 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7WZV 解像度: 2.02027524648→35.9348943832 Å / SU ML: 0.252689238447 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34479052676 / 位相誤差: 27.4294657737 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.7303697378 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.02027524648→35.9348943832 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -3.71340669681 Å / Origin y: 16.5125369526 Å / Origin z: 134.01268667 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |