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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wvm | |||||||||
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タイトル | The complex structure of PD-1 and cemiplimab | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of immune response / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Lu, D. / Xu, Z.P. / Liu, K.F. / Tan, S.G. / Gao, G.F. / Chai, Y. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: PD-1 N58-Glycosylation-Dependent Binding of Monoclonal Antibody Cemiplimab for Immune Checkpoint Therapy. 著者: Lu, D. / Xu, Z. / Zhang, D. / Jiang, M. / Liu, K. / He, J. / Ma, D. / Ma, X. / Tan, S. / Gao, G.F. / Chai, Y. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 151.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 108.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5gguS ![]() 6ktrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 12751.239 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 11514.724 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | ![]() 分子量: 13170.722 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.84 % |
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結晶化![]() | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Sodium acetate, pH 5.0, 5% w/v PGA (Na+ form, LM), 20% w/v PEG 2000 MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 17566 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 68.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 3.4→3.52 Å / Rmerge(I) obs: 0.658 / Num. unique obs: 1721 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 5GGU, 6KTR 解像度: 3.4→43.06 Å / SU ML: 0.4753 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.151 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 63.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.4→43.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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