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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wbb | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of substrate engaged Drg1 hexamer | ||||||
要素 |
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キーワード | ATP-binding protein / cryo-EM structure of Drg1 / RIBOSOME (リボソーム) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Ma, C.Y. / Wu, D.M. / Chen, Q. / Gao, N. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural dynamics of AAA + ATPase Drg1 and mechanism of benzo-diazaborine inhibition. 著者: Chengying Ma / Damu Wu / Qian Chen / Ning Gao / 要旨: The type II AAA + ATPase Drg1 is a ribosome assembly factor, functioning to release Rlp24 from the pre-60S particle just exported from nucleus, and its activity in can be inhibited by a drug ...The type II AAA + ATPase Drg1 is a ribosome assembly factor, functioning to release Rlp24 from the pre-60S particle just exported from nucleus, and its activity in can be inhibited by a drug molecule diazaborine. However, molecular mechanisms of Drg1-mediated Rlp24 removal and diazaborine-mediated inhibition are not fully understood. Here, we report Drg1 structures in different nucleotide-binding and benzo-diazaborine treated states. Drg1 hexamers transits between two extreme conformations (planar or helical arrangement of protomers). By forming covalent adducts with ATP molecules in both ATPase domain, benzo-diazaborine locks Drg1 hexamers in a symmetric and non-productive conformation to inhibits both inter-protomer and inter-ring communication of Drg1 hexamers. We also obtained a substrate-engaged mutant Drg1 structure, in which conserved pore-loops form a spiral staircase to interact with the polypeptide through a sequence-independent manner. Structure-based mutagenesis data highlight the functional importance of the pore-loop, the D1-D2 linker and the inter-subunit signaling motif of Drg1, which share similar regulatory mechanisms with p97. Our results suggest that Drg1 may function as an unfoldase that threads a substrate protein within the pre-60S particle. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wbb.cif.gz | 710.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wbb.ent.gz | 600.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wbb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/7wbb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/7wbb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 32396MC 7wd3C 7ykkC 7yklC 7yktC 7ykzC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 84848.742 Da / 分子数: 6 / 変異: E346Q, E617Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: AFG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5PRU8 #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1975.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 化合物 | ChemComp-ATP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Double mutant Drg1 in the presence of ATP with substrate engaged タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 8 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 152973 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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