PDB-7w7j: Crystal structure of IrCp* immobilized apo-R52H-rHLFr (25 equiv)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7w7j

タイトル

Crystal structure of IrCp* immobilized apo-R52H-rHLFr (25 equiv)

要素

Ferritin light chain

キーワード

METAL TRANSPORT / Iron storage protein / Ir binding / METAL BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

: / intracellular sequestering of iron ion /

ferric iron binding /

ferrous iron binding / iron ion transport / iron ion binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Taher, M. / Maity, B. / Nakane, T. / Abe, S. / Mazumdar, S.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Controlled Uptake of an Iridium Complex inside Engineered apo-Ferritin Nanocages: Study of Structure and Catalysis.
著者: Taher, M. / Maity, B. / Nakane, T. / Abe, S. / Ueno, T. / Mazumdar, S.

履歴

登録	2021年12月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7w7j.cif.gz	61.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7w7j.ent.gz	42.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7w7j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/7w7j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/7w7j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7emlC 7emmC 1datS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2v2p-1 1xz3-1 4ykh-1 6trz-1 6s61-d 4de6-1 3af7-1 6hjt-1 3rav-1 2clu-1 4zjk-1 4dyx-1 4oyn-1 2gyd-1 5up7-1 3u90-1 7ck9-1 2v2n-1 5erj-1 7jgl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (10) #229 - 2019年1月蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

20.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis, Size exclusion chromatography Dynamic light scattering
502 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1
crystal symmetry operation	13_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	14_555	-y,-x,-z	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	17_555	x,z,-y	1
crystal symmetry operation	18_555	-x,z,y	1
crystal symmetry operation	19_555	-x,-z,-y	1
crystal symmetry operation	20_555	x,-z,y	1
crystal symmetry operation	21_555	z,y,-x	1
crystal symmetry operation	22_555	z,-y,x	1
crystal symmetry operation	23_555	-z,y,x	1
crystal symmetry operation	24_555	-z,-y,-x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.995, 181.995, 181.995
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-203- CD
2	1	A-204- CD
3	1	A-205- CD
4	1	A-207- CD

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Ferritin light chain / / Ferritin L subunit 分子量: 19853.381 Da / 分子数: 1 / 変異: R52H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: FTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02791

-
非ポリマー , 6種, 241分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-IR / IRIDIUM ION 分子量: 192.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ir / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Ammonium sulfate (0.5-1.0M), Cadmium sulfate(12-20mM)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→19.086 Å / Num. obs: 41390 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / Num. unique obs: 2000 / CC_1/2: 0.366

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1dat

1dat

解像度: 1.5→19.086 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / WR_factor R_free: 0.167 / WR_factor R_work: 0.145 / SU B: 1.618 / SU ML: 0.056 / Average fsc free: 0.8938 / Average fsc work: 0.8971 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.067 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2103	2062	4.983 %
R_work	0.1829	39316	-
all	0.184	-	-
obs	-	41378	99.043 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.086 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1384	0	21	231	1636

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1415
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.707	1.632	2027
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.577	1.582	3262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.8	5	194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.488	22.283	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.141	15	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.383	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	184
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	361
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.274	0.2	366
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	724
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	641
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.278	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.175	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.324	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.277	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.226	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.021	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.391	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.657	1.362	713
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.644	1.357	712
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.679	2.034	895
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.678	2.04	896
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.711	1.662	780
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.701	1.652	770
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.315	2.378	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.309	2.358	1108
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.525	18.162	1831
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.148	16.943	1755

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.539	0.329	140	0.315	2853	X-RAY DIFFRACTION	99.6007
1.539-1.581	0.294	156	0.296	2792	X-RAY DIFFRACTION	99.1591
1.581-1.627	0.281	143	0.27	2695	X-RAY DIFFRACTION	98.713
1.627-1.677	0.269	162	0.263	2587	X-RAY DIFFRACTION	98.6719
1.677-1.732	0.252	129	0.24	2541	X-RAY DIFFRACTION	98.4876
1.732-1.793	0.235	135	0.232	2453	X-RAY DIFFRACTION	98.5529
1.793-1.86	0.205	141	0.204	2369	X-RAY DIFFRACTION	98.4314
1.86-1.936	0.218	120	0.183	2274	X-RAY DIFFRACTION	97.9943
1.936-2.022	0.241	120	0.181	2197	X-RAY DIFFRACTION	98.5957
2.022-2.121	0.184	87	0.169	2154	X-RAY DIFFRACTION	99.0716
2.121-2.236	0.172	99	0.145	2044	X-RAY DIFFRACTION	99.6281
2.236-2.371	0.167	88	0.143	1964	X-RAY DIFFRACTION	99.9513
2.371-2.535	0.224	97	0.148	1826	X-RAY DIFFRACTION	99.948
2.535-2.738	0.183	80	0.144	1736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.738-2.999	0.182	93	0.149	1570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.999-3.353	0.191	74	0.158	1447	X-RAY DIFFRACTION	100
3.353-3.871	0.17	65	0.163	1306	X-RAY DIFFRACTION	99.9271
3.871-4.739	0.201	59	0.147	1114	X-RAY DIFFRACTION	99.7449
4.739-6.695	0.252	41	0.2	894	X-RAY DIFFRACTION	99.8932
6.695-19.08	0.168	33	0.204	500	X-RAY DIFFRACTION	91.2671

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 6種, 241分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-非ポリマー , 6種, 241分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 6種, 241分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)