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- PDB-7w61: Crystal structure of farnesol dehydrogenase from Helicoverpa armigera -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w61
タイトルCrystal structure of farnesol dehydrogenase from Helicoverpa armigera
要素Farnesol dehydrogenaseファルネソールデヒドロゲナーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / short chain dehydrogenase
機能・相同性酢酸塩 / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Helicoverpa armigera (オオタバコガ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kumar, R. / Das, J. / Mahto, J.K. / Sharma, M. / Kumar, P. / Sharma, A.K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Insect Biochem.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure and molecular characterization of NADP + -farnesol dehydrogenase from cotton bollworm, Helicoverpaarmigera.
著者: Kumar, R. / Das, J. / Mahto, J.K. / Sharma, M. / Vivek, S. / Kumar, P. / Sharma, A.K.
履歴
登録2021年12月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Farnesol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5879
ポリマ－26,4241
非ポリマー1,1638
水5,513306
1
A: Farnesol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Farnesol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Farnesol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Farnesol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,34836
ポリマ－105,6974
非ポリマー4,65132
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area24460 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area30940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.016, 118.016, 118.016
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Farnesol dehydrogenase / ファルネソールデヒドロゲナーゼ


分子量: 26424.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicoverpa armigera (オオタバコガ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami 2(DE3)

-
非ポリマー , 6種, 314分子

#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 4000, sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→29.52 Å / Num. obs: 36084 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.4 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique obs: 1742 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
CrysalisProデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XG5

1xg5


解像度: 1.6→29.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.887 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1932 1790 5 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.1693 34027 99.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 55.23 Å2 / Biso mean: 12.022 Å2 / Biso min: 3.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→29.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1849 0 75 307 2231
Biso mean--13.36 26.07 -
残基数----249
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0121976
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3341.6382693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9355254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.06623.07778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.43115320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.18159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1580.2282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.021447
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 167 -
Rwork0.197 2461 -
all-2628 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.0548 Å / Origin y: -2.0509 Å / Origin z: 43.6799 Å
111213212223313233
T0.0045 Å20.0028 Å20.0056 Å2-0.021 Å20.0025 Å2--0.012 Å2
L0.1947 °2-0.0311 °20.0193 °2-0.0945 °2-0.0581 °2--0.0644 °2
S-0.0013 Å °0.0511 Å °-0.0016 Å °0.0048 Å °-0.0033 Å °0.0012 Å °0.0044 Å °0.0161 Å °0.0046 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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