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- PDB-7w0j: Acyl-CoA dehydrogenase, Tfu_1647 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w0j
タイトルAcyl-CoA dehydrogenase, Tfu_1647
要素Acyl-CoA dehydrogenaseアシルCoAデヒドロゲナーゼ
キーワードFLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / dehydrogenase (脱水素酵素) / FAD
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; 補欠分子族としてFADを用いる / acyl-CoA dehydrogenase activity / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA dehydrogenases signature 1. / Acyl-CoA dehydrogenases signature 2. / Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain ...Acyl-CoA dehydrogenases signature 1. / Acyl-CoA dehydrogenases signature 2. / Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-875 / アシルCoAデヒドロゲナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Thermobifida fusca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Liu, L.X. / Zhou, S.H. / Deng, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of an Acyl-CoA dehydrogenase Tfu_1647
著者: Liu, L.X. / Zhou, S.H. / Deng, Y.
履歴
登録2021年11月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Acyl-CoA dehydrogenase
D: Acyl-CoA dehydrogenase
G: Acyl-CoA dehydrogenase
F: Acyl-CoA dehydrogenase
B: Acyl-CoA dehydrogenase
C: Acyl-CoA dehydrogenase
E: Acyl-CoA dehydrogenase
H: Acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)339,66311
ポリマ－337,9828
非ポリマー1,6813
水0
1
A: Acyl-CoA dehydrogenase
D: Acyl-CoA dehydrogenase
G: Acyl-CoA dehydrogenase
F: Acyl-CoA dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,9914
ポリマ－168,9914
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16420 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area47230 Å2
手法PISA
2
B: Acyl-CoA dehydrogenase
C: Acyl-CoA dehydrogenase
E: Acyl-CoA dehydrogenase
H: Acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,6727
ポリマ－168,9914
非ポリマー1,6813
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18090 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area46230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.124, 88.908, 97.178
Angle α, β, γ (deg.)90.190, 91.930, 112.090
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 6 through 7 or resid 9...
21(chain B and (resid 6 through 7 or resid 9...
31(chain C and (resid 6 through 7 or resid 9...
41(chain D and (resid 6 through 7 or resid 9...
51(chain E and (resid 6 through 7 or resid 9...
61(chain F and (resid 6 through 7 or resid 9...
71(chain G and (resid 6 through 7 or resid 9...
81(chain H and (resid 6 through 7 or resid 9...
12(chain E and 401)
22(chain E and 402)
32(chain H and 401)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 6 through 7 or resid 9...A6 - 7
121(chain A and (resid 6 through 7 or resid 9...A9 - 11
131(chain A and (resid 6 through 7 or resid 9...A13 - 17
141(chain A and (resid 6 through 7 or resid 9...A39
151(chain A and (resid 6 through 7 or resid 9...A407
161(chain A and (resid 6 through 7 or resid 9...A6 - 384
171(chain A and (resid 6 through 7 or resid 9...A6 - 384
181(chain A and (resid 6 through 7 or resid 9...A6 - 384
191(chain A and (resid 6 through 7 or resid 9...A6 - 384
1101(chain A and (resid 6 through 7 or resid 9...A6 - 384
1111(chain A and (resid 6 through 7 or resid 9...A6 - 384
211(chain B and (resid 6 through 7 or resid 9...B6 - 7
221(chain B and (resid 6 through 7 or resid 9...B9 - 11
231(chain B and (resid 6 through 7 or resid 9...B0
241(chain B and (resid 6 through 7 or resid 9...B2
251(chain B and (resid 6 through 7 or resid 9...B39
261(chain B and (resid 6 through 7 or resid 9...B5 - 384
271(chain B and (resid 6 through 7 or resid 9...B5 - 384
281(chain B and (resid 6 through 7 or resid 9...B5 - 384
291(chain B and (resid 6 through 7 or resid 9...B5 - 384
2101(chain B and (resid 6 through 7 or resid 9...B5 - 384
311(chain C and (resid 6 through 7 or resid 9...C6 - 7
321(chain C and (resid 6 through 7 or resid 9...C9 - 11
331(chain C and (resid 6 through 7 or resid 9...C0
341(chain C and (resid 6 through 7 or resid 9...C5 - 384
351(chain C and (resid 6 through 7 or resid 9...C39 - 46
361(chain C and (resid 6 through 7 or resid 9...C48 - 0
371(chain C and (resid 6 through 7 or resid 9...C6
381(chain C and (resid 6 through 7 or resid 9...C5 - 384
391(chain C and (resid 6 through 7 or resid 9...C122 - 130
3101(chain C and (resid 6 through 7 or resid 9...C133 - 140
3111(chain C and (resid 6 through 7 or resid 9...C144 - 145
3121(chain C and (resid 6 through 7 or resid 9...C3 - 155
3131(chain C and (resid 6 through 7 or resid 9...C157 - 158
3141(chain C and (resid 6 through 7 or resid 9...C5 - 384
3151(chain C and (resid 6 through 7 or resid 9...C168 - 17
3161(chain C and (resid 6 through 7 or resid 9...C184 - 200
3171(chain C and (resid 6 through 7 or resid 9...C203 - 230
3181(chain C and (resid 6 through 7 or resid 9...C23
3191(chain C and (resid 6 through 7 or resid 9...C6
3201(chain C and (resid 6 through 7 or resid 9...C238 - 240
3211(chain C and (resid 6 through 7 or resid 9...C5 - 384
3221(chain C and (resid 6 through 7 or resid 9...C283 - 31
3231(chain C and (resid 6 through 7 or resid 9...C313 - 347
3241(chain C and (resid 6 through 7 or resid 9...C5 - 384
3251(chain C and (resid 6 through 7 or resid 9...C5 - 384
3261(chain C and (resid 6 through 7 or resid 9...C364 - 379
3271(chain C and (resid 6 through 7 or resid 9...C381 - 383
411(chain D and (resid 6 through 7 or resid 9...D6 - 7
421(chain D and (resid 6 through 7 or resid 9...D9 - 11
431(chain D and (resid 6 through 7 or resid 9...D13 - 17
441(chain D and (resid 6 through 7 or resid 9...D19 - 24
451(chain D and (resid 6 through 7 or resid 9...D3 - 384
461(chain D and (resid 6 through 7 or resid 9...D39
471(chain D and (resid 6 through 7 or resid 9...D0
481(chain D and (resid 6 through 7 or resid 9...D3 - 384
491(chain D and (resid 6 through 7 or resid 9...D3 - 384
4101(chain D and (resid 6 through 7 or resid 9...D3 - 384
511(chain E and (resid 6 through 7 or resid 9...E6 - 7
521(chain E and (resid 6 through 7 or resid 9...E9 - 11
531(chain E and (resid 6 through 7 or resid 9...E13 - 17
541(chain E and (resid 6 through 7 or resid 9...E26 - 37
551(chain E and (resid 6 through 7 or resid 9...E39
561(chain E and (resid 6 through 7 or resid 9...E40
571(chain E and (resid 6 through 7 or resid 9...E3 - 384
581(chain E and (resid 6 through 7 or resid 9...E3 - 384
591(chain E and (resid 6 through 7 or resid 9...E3 - 384
5101(chain E and (resid 6 through 7 or resid 9...E3 - 384
611(chain F and (resid 6 through 7 or resid 9...F6 - 7
621(chain F and (resid 6 through 7 or resid 9...F9 - 11
631(chain F and (resid 6 through 7 or resid 9...F0
641(chain F and (resid 6 through 7 or resid 9...F2
651(chain F and (resid 6 through 7 or resid 9...F26 - 37
661(chain F and (resid 6 through 7 or resid 9...F39
671(chain F and (resid 6 through 7 or resid 9...F40
681(chain F and (resid 6 through 7 or resid 9...F6 - 384
691(chain F and (resid 6 through 7 or resid 9...F6 - 384
6101(chain F and (resid 6 through 7 or resid 9...F6 - 384
6111(chain F and (resid 6 through 7 or resid 9...F6 - 384
711(chain G and (resid 6 through 7 or resid 9...G6 - 7
721(chain G and (resid 6 through 7 or resid 9...G9 - 11
731(chain G and (resid 6 through 7 or resid 9...G13 - 17
741(chain G and (resid 6 through 7 or resid 9...G39
751(chain G and (resid 6 through 7 or resid 9...G407
761(chain G and (resid 6 through 7 or resid 9...G6 - 384
771(chain G and (resid 6 through 7 or resid 9...G6 - 384
781(chain G and (resid 6 through 7 or resid 9...G6 - 384
791(chain G and (resid 6 through 7 or resid 9...G6 - 384
7101(chain G and (resid 6 through 7 or resid 9...G6 - 384
7111(chain G and (resid 6 through 7 or resid 9...G6 - 384
811(chain H and (resid 6 through 7 or resid 9...H6 - 7
821(chain H and (resid 6 through 7 or resid 9...H9 - 11
831(chain H and (resid 6 through 7 or resid 9...H13 - 17
841(chain H and (resid 6 through 7 or resid 9...H39
851(chain H and (resid 6 through 7 or resid 9...H407
861(chain H and (resid 6 through 7 or resid 9...H5 - 384
871(chain H and (resid 6 through 7 or resid 9...H5 - 384
881(chain H and (resid 6 through 7 or resid 9...H5 - 384
891(chain H and (resid 6 through 7 or resid 9...H5 - 384
8101(chain H and (resid 6 through 7 or resid 9...H5 - 384
8111(chain H and (resid 6 through 7 or resid 9...H5 - 384
112chain IE401
212chain LE402
312chain MH401

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Acyl-CoA dehydrogenase / アシルCoAデヒドロゲナーゼ


分子量: 42247.723 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア)
遺伝子: Tfu_1647 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: Q47PD7, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; 補欠分子族としてFADを用いる
#2: 化合物 ChemComp-875 / [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3S,4S)-5-azanyl-2,3,4-tris(oxidanyl)pentyl] hydrogen phosphate


分子量: 560.347 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H26N6O13P2
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.95 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1M Bis-Tis pH 9.0, 30% w/v PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 43185 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 74.12 Å2 / CC1/2: 0.931 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / Num. unique obs: 43185 / CC1/2: 0.931

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3pfd

3pfd


解像度: 3.13→27.46 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 30.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2704 2009 4.67 %
Rwork0.2147 41016 -
obs0.2174 43025 92.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.15 Å2 / Biso mean: 69.1934 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.13→27.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23238 0 108 0 23346
Biso mean--77.91 --
残基数----3026
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7304X-RAY DIFFRACTION6.834TORSIONAL
12B7304X-RAY DIFFRACTION6.834TORSIONAL
13C7304X-RAY DIFFRACTION6.834TORSIONAL
14D7304X-RAY DIFFRACTION6.834TORSIONAL
15E7304X-RAY DIFFRACTION6.834TORSIONAL
16F7304X-RAY DIFFRACTION6.834TORSIONAL
17G7304X-RAY DIFFRACTION6.834TORSIONAL
18H7304X-RAY DIFFRACTION6.834TORSIONAL
21E9X-RAY DIFFRACTION6.834TORSIONAL
22E9X-RAY DIFFRACTION6.834TORSIONAL
23H9X-RAY DIFFRACTION6.834TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.13-3.210.3671230.32582336245974
3.21-3.290.3471450.29653069321496
3.29-3.390.38871460.32532990313695
3.39-3.50.33641460.29492983312995
3.5-3.620.33321450.28072986313194
3.62-3.770.29021450.24842963310894
3.77-3.940.3251500.25972842299291
3.94-4.150.28281470.21292767291487
4.15-4.410.24531370.20062945308292
4.41-4.740.24211500.19293075322598
4.74-5.220.23861450.19643080322597
5.22-5.970.28921520.20843059321197
5.97-7.490.2821300.18982969309993
7.49-27.460.17371480.13452952310093

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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