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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vrr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Arabidopsis thaliana HDT1 | ||||||
要素 | Histone deacetylase HDT1 | ||||||
キーワード | CHAPERONE (シャペロン) / HDAC (ヒストン脱アセチル化酵素) / HD-tuin / HDT / Histone deactylase / nucleoplasmin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 polarity specification of adaxial/abaxial axis / seed dormancy process / DNA-mediated transformation / root development / histone deacetylase activity / chromatin organization / negative regulation of DNA-templated transcription / 核小体 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å | ||||||
データ登録者 | Kumar, A. / Bobde, R.C. / Vasudevan, D. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: Plant Cell / 年: 2022 タイトル: Plant-specific HDT family histone deacetylases are nucleoplasmins. 著者: Bobde, R.C. / Kumar, A. / Vasudevan, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vrr.cif.gz | 188.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7vrr.ent.gz | 153.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vrr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/7vrr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/7vrr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7vmfSC 7vmhC 7vmiC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10679.218 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: HDT1, HD2A, HDA3, At3g44750, T32N15.8 / プラスミド: pet22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FVE6 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.02 % |
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結晶化 | 温度: 301 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 50 mM MgCl2.6H2O, 0.1M HEPES (pH 7.5), 30% V/V PEG MME 550 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97947 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97947 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.95→44.42 Å / Num. obs: 10405 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 20.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.95→3.13 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.637 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 1621 / CC1/2: 0.928 / Rsym value: 0.705 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7VMF 解像度: 2.95→41.11 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.95→41.11 Å
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拘束条件 |
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