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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vhr | ||||||
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タイトル | Apostichopus japonicus ferritin | ||||||
要素 | Ferritinフェリチン | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ferroxidase activity / metal ions binding (金属) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Apostichopus japonicus (マナマコ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.756 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, Y. / Su, X.R. / Ming, T.H. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2022 タイトル: Crystallographic characterization of a marine invertebrate ferritin from the sea cucumber Apostichopus japonicus. 著者: Wu, Y. / Ming, T. / Huo, C. / Qiu, X. / Su, C. / Lu, C. / Zhou, J. / Li, Y. / Su, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vhr.cif.gz | 805.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7vhr.ent.gz | 664.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vhr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/7vhr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/7vhr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5wpnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20068.590 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Apostichopus japonicus (マナマコ) 遺伝子: BSL78_19566 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2QJV4, ferroxidase #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.76 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Magnesium acetate tetrahydrate, Sodium cacodylate trihydrate, 2-Methyl-2,4-pentanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1.55005 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月24日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.55005 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 142777 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.146 / Χ2: 0.921 / Net I/σ(I): 6.6 / Num. measured all: 494454 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5WPN 解像度: 2.756→49.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 13.741 / SU ML: 0.274 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.772 / ESU R Free: 0.371 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 114.06 Å2 / Biso mean: 34.541 Å2 / Biso min: 0.78 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.756→49.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.756→2.827 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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