+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7vhr | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Apostichopus japonicus ferritin | ||||||
Components | Ferritin | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / ferroxidase activity / metal ions binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Apostichopus japonicus (Japanese sea cucumber) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.756 Å | ||||||
Authors | Wu, Y. / Su, X.R. / Ming, T.H. | ||||||
Funding support | China, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Febs Open Bio / Year: 2022 Title: Crystallographic characterization of a marine invertebrate ferritin from the sea cucumber Apostichopus japonicus. Authors: Wu, Y. / Ming, T. / Huo, C. / Qiu, X. / Su, C. / Lu, C. / Zhou, J. / Li, Y. / Su, X. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7vhr.cif.gz | 805.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7vhr.ent.gz | 664.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7vhr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/7vhr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/7vhr | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 5wpnS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 20068.590 Da / Num. of mol.: 24 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Apostichopus japonicus (Japanese sea cucumber) Gene: BSL78_19566 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q2QJV4, ferroxidase #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.98 Å3/Da / Density % sol: 58.76 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: Magnesium acetate tetrahydrate, Sodium cacodylate trihydrate, 2-Methyl-2,4-pentanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 1.55005 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 24, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.55005 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.75→50 Å / Num. obs: 142777 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.146 / Χ2: 0.921 / Net I/σ(I): 6.6 / Num. measured all: 494454 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5WPN Resolution: 2.756→49.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 13.741 / SU ML: 0.274 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.772 / ESU R Free: 0.371 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 114.06 Å2 / Biso mean: 34.541 Å2 / Biso min: 0.78 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.756→49.66 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.756→2.827 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|