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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uzx | |||||||||||||||
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タイトル | Staphylococcus epidermidis RP62a CRISPR effector subcomplex with non-self target RNA bound | |||||||||||||||
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![]() | HYDROLASE/RNA / Type IIIA CRISPR / effector complex / ![]() | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Smith, E.M. / Ferrell, S.H. / Tokars, V.L. / Mondragon, A. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of an active type III-A CRISPR effector complex. 著者: Eric M Smith / Sé Ferrell / Valerie L Tokars / Alfonso Mondragón / ![]() 要旨: Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and their CRISPR-associated proteins (Cas) provide many prokaryotes with an adaptive immune system against invading genetic material. ...Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and their CRISPR-associated proteins (Cas) provide many prokaryotes with an adaptive immune system against invading genetic material. Type III CRISPR systems are unique in that they can degrade both RNA and DNA. In response to invading nucleic acids, they produce cyclic oligoadenylates that act as secondary messengers, activating cellular nucleases that aid in the immune response. Here, we present seven single-particle cryo-EM structures of the type III-A Staphylococcus epidermidis CRISPR effector complex. The structures reveal the intact S. epidermidis effector complex in an apo, ATP-bound, cognate target RNA-bound, and non-cognate target RNA-bound states and illustrate how the effector complex binds and presents crRNA. The complexes bound to target RNA capture the type III-A effector complex in a post-RNA cleavage state. The ATP-bound structures give details about how ATP binds to Cas10 to facilitate cyclic oligoadenylate production. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 334.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 273.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 26921MC ![]() 7uzwC ![]() 7uzyC ![]() 7uzzC ![]() 7v00C ![]() 7v01C ![]() 7v02C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24033.975 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 35984 / RP62A / 参照: UniProt: Q5HK91 #2: タンパク質 | | 分子量: 34551.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 35984 / RP62A / 参照: UniProt: Q5HK92 #3: タンパク質 | | 分子量: 87685.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 35984 / RP62A / 参照: UniProt: Q5HK89 #4: RNA鎖 | | 分子量: 11811.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 35984 / RP62A #5: RNA鎖 | | 分子量: 12789.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Staphylococcus epidermidis RP62a CRISPR effector subcomplex with target RNA bound タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() 株: RP62a | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 3.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: cryo-EM grids were prepared by glow discharging for 10 seconds at 15 mA in a Pelco easiGlow glow discharger. グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: 3 ul of the protein-RNA complex were added to the grid and allowed to incubate for 10 seconds. After incubation the grid was blotted in a Vitrobot Mark IV (FEI Thermo Fischer) (humidity 95% ...詳細: 3 ul of the protein-RNA complex were added to the grid and allowed to incubate for 10 seconds. After incubation the grid was blotted in a Vitrobot Mark IV (FEI Thermo Fischer) (humidity 95% and temperature 4 C) for 3 seconds with a force of 0 before plunge freezing in liquid ethane. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 49.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 2455 |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2368249 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 168418 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 交差検証法: THROUGHOUT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 178.69 Å2 / Biso mean: 71.7477 Å2 / Biso min: 20 Å2 |