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万見
- PDB-7uzz: Staphylococcus epidermidis RP62a CRISPR tall effector complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uzz
タイトルStaphylococcus epidermidis RP62a CRISPR tall effector complex
要素
  • (CRISPR system ...) x 5
  • RNA (37-MER)
キーワードHYDROLASE/RNA / Type IIIA CRISPR / effector complex / RNA binding protein (RNA結合タンパク質) / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


exonuclease activity / endonuclease activity / defense response to virus / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, second helical domain / Csm4, C-terminal / CRISPR Csm4 C-terminal domain / CRISPR-associated protein Csm5 / CRISPR-associated protein, Csm2 Type III-A / Csm2 Type III-A / CRISPR-associated RAMP Csm3 / CRISPR type III-associated RAMP protein Csm4 / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 ...: / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, second helical domain / Csm4, C-terminal / CRISPR Csm4 C-terminal domain / CRISPR-associated protein Csm5 / CRISPR-associated protein, Csm2 Type III-A / Csm2 Type III-A / CRISPR-associated RAMP Csm3 / CRISPR type III-associated RAMP protein Csm4 / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 / Csm1, subunit domain B / Csm1 subunit domain B / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / HD domain / HD domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A) / CRISPR system Cms protein Csm2 / CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3 / CRISPR system Cms protein Csm4 / CRISPR system Cms protein Csm5
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.45 Å
データ登録者Smith, E.M. / Ferrell, S.H. / Tokars, V.L. / Mondragon, A.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM118108 米国
American Cancer Society134255-PF-20-041-01-DMC 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24 GM129541 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24 GM129539 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structures of an active type III-A CRISPR effector complex.
著者: Eric M Smith / Sé Ferrell / Valerie L Tokars / Alfonso Mondragón /
要旨: Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and their CRISPR-associated proteins (Cas) provide many prokaryotes with an adaptive immune system against invading genetic material. ...Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and their CRISPR-associated proteins (Cas) provide many prokaryotes with an adaptive immune system against invading genetic material. Type III CRISPR systems are unique in that they can degrade both RNA and DNA. In response to invading nucleic acids, they produce cyclic oligoadenylates that act as secondary messengers, activating cellular nucleases that aid in the immune response. Here, we present seven single-particle cryo-EM structures of the type III-A Staphylococcus epidermidis CRISPR effector complex. The structures reveal the intact S. epidermidis effector complex in an apo, ATP-bound, cognate target RNA-bound, and non-cognate target RNA-bound states and illustrate how the effector complex binds and presents crRNA. The complexes bound to target RNA capture the type III-A effector complex in a post-RNA cleavage state. The ATP-bound structures give details about how ATP binds to Cas10 to facilitate cyclic oligoadenylate production.
履歴
登録2022年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: RNA (37-MER)
J: CRISPR system Cms protein Csm2
I: CRISPR system Cms protein Csm2
K: CRISPR system Cms protein Csm2
E: CRISPR system Cms protein Csm5
D: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
C: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
A: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
B: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
H: CRISPR system Cms protein Csm4
F: CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)316,02811
ポリマ－316,02811
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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RNA鎖 , 1種, 1分子 G

#1: RNA鎖 RNA (37-MER)


分子量: 11895.168 Da / 分子数: 1
断片: Staphylococcus epidermidis RP62A CRISPR RNA: Repeat plus Spacer sequence 1
由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
株: ATCC 35984 / RP62A

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CRISPR system ... , 5種, 10分子 JIKEDCABHF

#2: タンパク質 CRISPR system Cms protein Csm2 / CRISPR type III A-associated protein Csm2


分子量: 15436.794 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
株: ATCC 35984 / RP62A / 参照: UniProt: Q5HK90
#3: タンパク質 CRISPR system Cms protein Csm5 / CRISPR type III A-associated protein Csm5


分子量: 39449.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
株: ATCC 35984 / RP62A / 参照: UniProt: Q5HK93
#4: タンパク質
CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3 / CRISPR type III A-associated RAMP protein Csm3


分子量: 24033.975 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
株: ATCC 35984 / RP62A / 参照: UniProt: Q5HK91
#5: タンパク質 CRISPR system Cms protein Csm4


分子量: 34551.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
株: ATCC 35984 / RP62A / 参照: UniProt: Q5HK92
#6: タンパク質 CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A) / Cyclic oligoadenylate synthase


分子量: 87685.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
株: ATCC 35984 / RP62A / 参照: UniProt: Q5HK89

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Staphylococcus epidermidis RP62a CRISPR tall effector complex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
株: RP62A
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mM2-Amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diolC4H11NO31
2250 mMNaCl塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
31 mMDithiothreitolジチオトレイトールC4H10O2S21
試料濃度: 3.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Grids were glow discharged for 10 seconds with 12 mA current (Pelco easiGlow) prior to use on Chameleon.
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade
急速凍結装置: SPOTITON / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: Grids were prepared at the National Center for CryoEM Access and Training (NCCAT) using a Chameleon (SPT Labtech) blotless system. 300 mesh nanowire grids with multi-hole pattern carbon film ...詳細: Grids were prepared at the National Center for CryoEM Access and Training (NCCAT) using a Chameleon (SPT Labtech) blotless system. 300 mesh nanowire grids with multi-hole pattern carbon film and a thin layer of gold coating (~ 5 nm) (SPT Labtech)were used

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（補正後）: 46772 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 61.07 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 6041

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX(1.18.2_3874:phenix.real_space_refine)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2Leginon画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIX1.18.2モデル精密化
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1982259
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 101620 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-ID
16NBT

6nbt

A1
26NBT

6nbt

B1
36NBT

6nbt

C1
46NBT

6nbt

D1
56NBU

6nbu

I1
66NBU

6nbu

J1
76NBU

6nbu

K1
精密化交差検証法: THROUGHOUT
原子変位パラメータBiso max: 178.48 Å2 / Biso mean: 110.998 Å2 / Biso min: 30 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00720781
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.76328068
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0453079
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053485
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.3217891

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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