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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uf0 | ||||||
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タイトル | RibB from Vibrio cholera bound with D-ribulose-5-phosphate (D-Ru5P) | ||||||
![]() | 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kenjic, N. / Meneely, K.M. / Lamb, A.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Evidence for the Chemical Mechanism of RibB (3,4-Dihydroxy-2-butanone 4-phosphate Synthase) of Riboflavin Biosynthesis. 著者: Kenjic, N. / Meneely, K.M. / Wherritt, D.J. / Denler, M.C. / Jackson, T.A. / Moran, G.R. / Lamb, A.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 96.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 72 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23589.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: ribB, D6U24_02240, ERS013198_00268, ERS013199_01247, ERS013202_00910, ERS013207_00669, FXE67_08125 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A0H6NPW4, ![]() |
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#2: 糖 | ChemComp-5RP / ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.12 % |
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M lithium acetate, 12-18% w/v PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.8→39.31 Å / Num. obs: 20407 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 21.78 Å2 / Rpim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1209 / Rpim(I) all: 0.359 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB entry 4P8E 解像度: 1.8→39.31 Å / SU ML: 0.1779 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.9727 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.49 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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