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- PDB-7u8h: Discovery of a KRAS G12V Inhibitor in vivo Tool Compound starting... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7u8h | ||||||
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Title | Discovery of a KRAS G12V Inhibitor in vivo Tool Compound starting from an HSQC-NMR based Fragment Hit | ||||||
![]() | GTPase KRas | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Phan, J. / Fesik, S.W. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Fragment Optimization of Reversible Binding to the Switch II Pocket on KRAS Leads to a Potent, In Vivo Active KRAS G12C Inhibitor. Authors: Broker, J. / Waterson, A.G. / Smethurst, C. / Kessler, D. / Bottcher, J. / Mayer, M. / Gmaschitz, G. / Phan, J. / Little, A. / Abbott, J.R. / Sun, Q. / Gmachl, M. / Rudolph, D. / Arnhof, H. ...Authors: Broker, J. / Waterson, A.G. / Smethurst, C. / Kessler, D. / Bottcher, J. / Mayer, M. / Gmaschitz, G. / Phan, J. / Little, A. / Abbott, J.R. / Sun, Q. / Gmachl, M. / Rudolph, D. / Arnhof, H. / Rumpel, K. / Savarese, F. / Gerstberger, T. / Mischerikow, N. / Treu, M. / Herdeis, L. / Wunberg, T. / Gollner, A. / Weinstabl, H. / Mantoulidis, A. / Kramer, O. / McConnell, D.B. / W Fesik, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 308.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 250.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8afbC ![]() 8afcC ![]() 8afdC ![]() 4epyS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 19370.891 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: G12V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 646 molecules ![](data/chem/img/2XO.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/LX6.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/LX6.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-2XO / #3: Chemical | ChemComp-GDP / ![]() #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.53 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion Details: 30% PEG3350, 0.1 M bicine pH 8.5, 0.2 M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 7, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.7→30 Å / Num. obs: 76938 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 20.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.73 Å / Redundancy: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.626 / Num. unique obs: 3773 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 4EPY Resolution: 1.702→29.819 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.91 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 110.52 Å2 / Biso mean: 28.4008 Å2 / Biso min: 5.68 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.702→29.819 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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