+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7u22 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase sigma A holoenzyme open promoter complex containing UMN-7 | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Molodtsov, V. / Ebright, R.H. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Redesign of Rifamycin Antibiotics to Overcome ADP-Ribosylation-Mediated Resistance. 著者: Lan, T. / Ganapathy, U.S. / Sharma, S. / Ahn, Y.M. / Zimmerman, M. / Molodtsov, V. / Hegde, P. / Gengenbacher, M. / Ebright, R.H. / Dartois, V. / Freundlich, J.S. / Dick, T. / Aldrich, C.C. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5uhaS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.847679819141, 0.306542001063, 0.432979128602), (0.450866500029, -0.0138208771231, 0.892484387823), (0.279568101494, 0.951756788754, -0.126493840511)ベクター: 261. ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.847679819141, 0.306542001063, 0.432979128602), ベクター ![]() |
-
要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 37745.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: rpoA / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | | ![]() 分子量: 130018.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: rpoB / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | | ![]() 分子量: 146968.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: rpoC, rpoC_1, rpoC_2, DKC2_0716, ERS007665_00591, ERS023446_00410, ERS031537_00289, ERS124361_01694, EUB02_01475, EUB03_00860, EUB11_05575, SAMEA2682835_07420, SAMEA2682864_01702 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() #4: タンパク質 | | ![]() 分子量: 11851.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: rpoZ, DKC2_1480, DSI35_24025, ERS007657_03145, ERS007661_02963, ERS007663_02972, ERS007665_03743, ERS007670_03615, ERS007679_02942, ERS007681_04445, ERS007722_03066, ERS007741_03196, ...遺伝子: rpoZ, DKC2_1480, DSI35_24025, ERS007657_03145, ERS007661_02963, ERS007663_02972, ERS007665_03743, ERS007670_03615, ERS007679_02942, ERS007681_04445, ERS007722_03066, ERS007741_03196, ERS023446_03677, ERS024213_01369, ERS024276_01577, ERS027644_00478, ERS027646_01439, ERS027651_03169, ERS027653_00843, ERS027659_01429, ERS027661_02200, ERS027666_04715, ERS031537_03443, EU767_08910, EU768_15085, EU769_05250, EU770_14555, EU771_05130, EU773_14340, EU774_06465, EU775_07590, EU776_17830, EU777_06800, EUB02_12495, EUB03_09550, EUB06_03645, EUB07_12165, EUB08_05285, EUB09_00425, EUB10_04215, EUB11_10790, EUB13_01060, EUB14_01055, EUB16_00425, SAMEA2682864_01599, SAMEA2683035_01133 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-タンパク質 , 1種, 1分子 F
#5: タンパク質 | 分子量: 57877.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: sigA, hrdB_2, E5M05_04395, E5M52_03770, ERS007663_03246, ERS007679_00877, ERS007720_03380, ERS007722_02638, ERS013440_01579, ERS024276_00878, ERS027646_01351, ERS027661_00252, FPJ30_14815, ...遺伝子: sigA, hrdB_2, E5M05_04395, E5M52_03770, ERS007663_03246, ERS007679_00877, ERS007720_03380, ERS007722_02638, ERS013440_01579, ERS024276_00878, ERS027646_01351, ERS027661_00252, FPJ30_14815, FPJ31_14925, FPJ32_14805, FPJ33_14840, FPJ34_14810, FPJ35_14895, FPJ36_14815, FPJ37_14795, FPJ38_14835, FPJ39_14805, FPJ40_14780, FPJ41_14820, FPJ42_14710, FPJ43_14795, FPJ44_14890, FPJ45_14810, FPJ46_14810, FPJ47_14805, FPJ48_14815, FPJ49_14795, FPJ50_14780, FPJ51_14775, FPJ52_14815, FPJ53_14810, FPJ54_14810, FPJ55_14940, FPJ56_14795, FPJ57_14805, FPJ58_14795, FPJ59_14815, FPJ60_14800, FPJ61_14810, FPJ62_14770, FPJ63_14840, FPJ64_14895, FPJ65_14800, FPJ66_14800, FPJ67_14845, FPJ69_14845, FPJ70_14845, FPJ71_14840, FPJ72_13570, FPJ73_14770, FPJ76_14775, FPJ77_14810, FPJ78_14815, FPJ79_14755, FPJ80_14870, FPJ81_14945, FPJ82_15000, FPJ83_06790, FPJ84_14750, FPJ85_06790, FPJ86_06790, FPJ87_06790, FPJ88_14760, FPJ89_14830, FPJ90_14780, FPJ91_14825, FPJ92_14790, FPJ93_14765, FPJ94_13565, FPJ95_14765, FPJ96_14935, FPJ97_14820, FPJ98_14805, FPJ99_14805, FPK00_14720, FPK01_14735, FPK02_14730, FPK03_14735, FPK04_14750, FPK05_14830, FPK06_14715, FPK07_14740, FPK08_14915, FPK09_14905, FPK10_13550, FPK11_14770, FPK12_14740, FPK13_14815, FPK14_14750, FPK16_14740, FPK17_14835, FPK18_14780, FPK19_14825, FPK20_14820, FPK21_14790, FPK22_14780, HRD52_14230, HRD53_14220, SAMEA2683035_01696 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
---|
-DNA鎖 , 2種, 2分子 GH
#6: DNA鎖 | 分子量: 4939.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#7: DNA鎖 | 分子量: 7160.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 3種, 4分子 ![](data/chem/img/KYO.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
#8: 化合物 | ChemComp-KYO / ( | ||
---|---|---|---|
#9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-MG / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.96 % |
---|---|
結晶化![]() | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM potassium chloride, 20 mM magnesium chloride, 7% (m/v) PEG-3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 3.87→50 Å / Num. obs: 44566 / % possible obs: 98.96 % / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 152.21 Å2 / CC1/2: 0.972 / Net I/σ(I): 9.04 |
反射 シェル | 解像度: 3.87→3.94 Å / Num. unique obs: 2282 / CC1/2: 0.38 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 5UHA 解像度: 3.87→48.3 Å / SU ML: 0.5799 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.6731 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 187.97 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.87→48.3 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 3.15346372185 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 151.486304459 Å / Origin y: 170.334742801 Å / Origin z: 13.0158241558 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: all |