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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7u0g | ||||||
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タイトル | structure of LIN28b nucleosome bound 3 OCT4 | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION/DNA / ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() cell fate commitment involved in formation of primary germ layer / cardiac cell fate determination / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG repress genes related to differentiation / Formation of the anterior neural plate / endodermal-mesodermal cell signaling / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lian, T. / Guan, R. / Bai, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural mechanism of LIN28B nucleosome targeting by OCT4. 著者: Ruifang Guan / Tengfei Lian / Bing-Rui Zhou / David Wheeler / Yawen Bai / ![]() 要旨: Pioneer transcription factors are essential for cell fate changes by targeting closed chromatin. OCT4 is a crucial pioneer factor that can induce cell reprogramming. However, the structural basis of ...Pioneer transcription factors are essential for cell fate changes by targeting closed chromatin. OCT4 is a crucial pioneer factor that can induce cell reprogramming. However, the structural basis of how pioneer factors recognize the in vivo nucleosomal DNA targets is unknown. Here, we determine the high-resolution structures of the nucleosome containing human LIN28B DNA and its complexes with the OCT4 DNA binding region. Three OCT4s bind the pre-positioned nucleosome by recognizing non-canonical DNA sequences. Two use their POUS domains while the other uses the POUS-loop-POUHD region; POUHD serves as a wedge to unwrap ∼25 base pair DNA. Our analysis of previous genomic data and determination of the ESRRB-nucleosome-OCT4 structure confirmed the generality of these structural features. Moreover, biochemical studies suggest that multiple OCT4s cooperatively open the H1-condensed nucleosome array containing the LIN28B nucleosome. Thus, our study suggests a mechanism of how OCT4 can target the nucleosome and open closed chromatin. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 484.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 373.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 26258MC ![]() 7u0iC ![]() 7u0jC ![]() 8dk5C ![]() 8spsC ![]() 8spuC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 5種, 11分子 AEBFCGDHKLM
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 15437.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: H3C1, H3FA, HIST1H3A, H3C2, H3FL, HIST1H3B, H3C3, H3FC HIST1H3C, H3C4, H3FB, HIST1H3D, H3C6, H3FD, HIST1H3E, H3C7, H3FI, HIST1H3F, H3C8, H3FH, HIST1H3G, H3C10, H3FK, HIST1H3H, H3C11, H3FF, ...遺伝子: H3C1, H3FA, HIST1H3A, H3C2, H3FL, HIST1H3B, H3C3, H3FC HIST1H3C, H3C4, H3FB, HIST1H3D, H3C6, H3FD, HIST1H3E, H3C7, H3FI, HIST1H3F, H3C8, H3FH, HIST1H3G, H3C10, H3FK, HIST1H3H, H3C11, H3FF, HIST1H3I, H3C12, H3FJ, HIST1H3J 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | ![]() 分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, ...遺伝子: HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, H4/E, H4FE, HIST1H4K, H4/D, H4FD, HIST1H4L, H4/K, H4FK, HIST2H4A, H4/N, H4F2, H4FN, HIST2H4, HIST2H4B, H4/O, H4FO, HIST4H4 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 14017.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 13951.239 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 61269.703 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 遺伝子: malE, E0P28_06400, GUB92_19955, HJM92_002813, NCTC8450_00456, NCTC9775_03059, POU5F1, OCT3, OCT4, OTF3 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 50398.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 49595.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
-抗体 , 1種, 2分子 NO
#8: 抗体 | ![]() 分子量: 29030.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Complex of nucleosome bound to three OCT-4s / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.3 | ||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() | ||||||||||||
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 53.8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正![]() | タイプ: NONE |
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3次元再構成![]() | 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 112532 / 対称性のタイプ: POINT |