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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tn1 | |||||||||
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タイトル | Multistate design to stabilize viral class I fusion proteins | |||||||||
要素 | Fusion glycoprotein F0 | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Respiratory syncytial virus (RSウイルス) / Fusion protein (融合タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of syncytium formation by virus / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Respiratory syncytial virus (RSウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Huang, J. / Banerjee, A. / Gonzalez, K. / Mousa, J. / Strauch, E. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Multistate design to stabilize viral class I fusion proteins 著者: Huang, J. / Gonzalez, K. / Banerjee, A. / Mousa, J. / Strauch, E. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012 タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. 著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tn1.cif.gz | 278.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7tn1.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7tn1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/7tn1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/7tn1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5c6bS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63198.398 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Respiratory syncytial virus (RSウイルス) 細胞株 (発現宿主): 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: W8RJF9 #2: 糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.49 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Sodium formate, 20% w/v PEG 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→49.28 Å / Num. obs: 44788 / % possible obs: 96.04 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 78.22 Å2 / CC1/2: 0.981 / CC star: 0.995 / Net I/σ(I): 6.32 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.211 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.336 / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / Num. unique obs: 4518 / CC1/2: 0.518 / CC star: 0.826 / % possible all: 99.47 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5C6B 解像度: 3.1→49.28 Å / SU ML: 0.5077 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.9922 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70.17 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→49.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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