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- PDB-7tgl: Crystal structure of AMP+PPi bound DesD, the desferrioxamine synt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tgl
タイトルCrystal structure of AMP+PPi bound DesD, the desferrioxamine synthetase from the Streptomyces griseoflavus ferrimycin biosynthetic pathway
要素Desferrioxamine synthetase DesD
キーワードLIGASE (リガーゼ) / NRPS-independent siderophore (NIS) synthetase / iterative synthetase / amide ligase / adenylate-forming enzyme
機能・相同性アデニル酸 / ピロリン酸塩
機能・相同性情報
生物種Streptomyces griseoflavus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Patel, K.D. / Gulick, A.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM136235 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1654611 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: An acyl-adenylate mimic reveals the structural basis for substrate recognition by the iterative siderophore synthetase DesD.
著者: Yang, J. / Banas, V.S. / Patel, K.D. / Rivera, G.S.M. / Mydy, L.S. / Gulick, A.M. / Wencewicz, T.A.
履歴
登録2022年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Desferrioxamine synthetase DesD
B: Desferrioxamine synthetase DesD
C: Desferrioxamine synthetase DesD
D: Desferrioxamine synthetase DesD
E: Desferrioxamine synthetase DesD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)348,73447
ポリマ－343,8085
非ポリマー4,92742
水905
1
A: Desferrioxamine synthetase DesD
B: Desferrioxamine synthetase DesD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,70021
ポリマ－137,5232
非ポリマー2,17719
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9190 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area42170 Å2
手法PISA
2
C: Desferrioxamine synthetase DesD
ヘテロ分子

C: Desferrioxamine synthetase DesD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,03914
ポリマ－137,5232
非ポリマー1,51612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area7400 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area43370 Å2
手法PISA
3
D: Desferrioxamine synthetase DesD
E: Desferrioxamine synthetase DesD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,51519
ポリマ－137,5232
非ポリマー1,99217
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8550 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area42660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.501, 236.745, 330.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Desferrioxamine synthetase DesD


分子量: 68761.516 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces griseoflavus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

-
非ポリマー , 6種, 47分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸 / ピロリン酸塩


分子量: 177.975 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.85 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.05M Na PO4 pH 7.0, 0.2M Ammonium sulfate, 16% PEG 4000 (under oil 100%)

-
データ収集

回折平均測定温度: 113 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→39.5 Å / Num. obs: 109861 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 80.49 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.89→2.94 Å / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 29609 / CC1/2: 0.6 / Rpim(I) all: 0.71

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7TGJ

7tgj


解像度: 2.89→39.46 Å / SU ML: 0.4391 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.8185
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2354 1988 1.81 %
Rwork0.1894 107748 -
obs0.1903 109736 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 85.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→39.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23331 0 294 5 23630
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00924167
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.103732922
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05513620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00954271
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.93313382
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.89-2.970.47671310.39917245X-RAY DIFFRACTION94.66
2.97-3.050.32811350.31427706X-RAY DIFFRACTION99.96
3.05-3.140.31321490.26527645X-RAY DIFFRACTION99.95
3.14-3.240.28041360.24987693X-RAY DIFFRACTION99.91
3.24-3.350.31631480.24747695X-RAY DIFFRACTION99.86
3.35-3.490.30861390.25177634X-RAY DIFFRACTION99.92
3.49-3.650.26971370.22217708X-RAY DIFFRACTION99.48
3.65-3.840.25421490.20347738X-RAY DIFFRACTION99.87
3.84-4.080.2791480.18987701X-RAY DIFFRACTION99.86
4.08-4.390.20271370.17017696X-RAY DIFFRACTION99.99
4.39-4.830.18851410.14837695X-RAY DIFFRACTION98.95
4.83-5.530.18621490.16067788X-RAY DIFFRACTION99.86
5.53-6.960.23621430.17587811X-RAY DIFFRACTION99.59
6.96-39.460.18341460.1457993X-RAY DIFFRACTION98.98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.383362856443-0.00494182233811-0.6270421506320.348158128552-0.05630842630540.367043796794-0.06048646286440.001264183998080.20495432956-0.01491450395550.1015626288260.048729334458-0.131548350235-0.1196181911781.40962598735E-50.6560166431380.122215470757-0.1665502395250.46506980796-0.07427944427280.6084997752768.316480507546.1252934574-64.2602314696
20.412256808291-0.1021699265810.1386199747650.607533700083-0.09967896212080.420857476654-0.073747941042-0.1586886904040.04369868093770.01596124439690.009499124006310.01403587554980.0502673632724-0.1198477292141.20480745389E-50.5156850098550.157713668903-0.05475159761380.625481122896-0.04476969783330.41568340068954.565704664722.9636472529-47.4845057307
30.5282596606220.4410920518620.03579822402180.47505400129-0.2098239729090.315391569772-0.104885020738-0.3828433786360.364680437920.2648916055230.05616363865510.112568070938-0.209004593959-0.114159380738.91638584524E-50.8160370637690.316794774826-0.09486616651040.764354530276-0.2521849423580.67240080954454.004898698148.5425706081-41.7792907015
40.979967884579-0.236190271624-0.1323820284350.39088875611-0.1516868778080.221045020214-0.176841727318-0.341322185187-0.1406306547560.0406195155810.0542299158421-0.0915567478980.128374687426-0.054103832013-8.55310582456E-60.6286185349680.142322813278-0.03345463846430.6219252403640.02667992171330.55550141995685.68737550142.22472398655-42.8760354896
51.00678700489-0.135255819320.3319997186190.639026165454-0.5102937359-0.008787221803-0.122157832040.113506366546-0.001983207090210.004121937758510.0475276317651-0.08328710300650.0364534433678-0.0669678850115-5.03463197121E-60.6169267339370.0698063851983-0.008925915794750.432397955857-0.05467328349740.49684257314587.43179716114.4981106236-71.9537914275
60.6628234506980.06913956313880.02006209780610.166454542911-0.08051153784320.517153888159-0.0707578273977-0.1514735156670.07114315159730.005455554584910.0363029802548-0.178999566666-0.0114995914430.01732427000914.45096661751E-60.563709730660.12161590193-0.02056325470270.484136907223-0.02103313836950.709075296517107.8200989756.69429127018-57.1248822689
70.4151683163450.402184219537-0.03641306667750.3833811045330.1717487273360.4265145960380.164815990691-0.101406106167-0.164596535530.0666884612669-0.01913926741020.0893043166230.5299209031380.1779652197670.01025336320140.8429311587560.155925175994-0.1608259062410.7796187379280.008951242918710.54763878484964.0132133607-24.95257852317.14985105651
80.6239563426740.2165885035670.07808775649210.518902108245-0.07732290853580.9476166779560.2011747822950.170328849247-0.0461183711394-0.00420780882121-0.04889671376780.1425867854790.07808230026810.0748933470476-6.72961745874E-50.5454575022480.0779049598978-0.04735686199030.721220777504-0.02089745661680.47005468193554.1359084303-9.60311719988-18.5447781013
90.502873178183-0.139101268731-0.03606344698950.0567713294159-0.223211402530.6325352632510.2116591229180.221742498804-0.2681990556120.02113084148050.0168995303079-0.09421074119250.6750306023140.6143939923890.9998576271761.068286228580.371168675993-0.1644624228481.10742486972-0.1550972650360.75379500648670.7734324968-30.0071605927-18.2214998601
100.974208819684-0.06352110704520.06763594641240.4401614239910.04726364943050.214006133990.129396476635-0.2976173383120.2313020692530.0130393179968-0.0990361344469-0.102990885279-0.2778053675750.09875757463913.0006449922E-60.677922598904-0.03268870133940.03641676452640.682968382925-0.09607715107870.74827105444227.4690402876-18.9100032979-47.2988878911
111.24814376858-0.293195620198-0.4748969618370.498666132797-0.0984330142230.5203902570280.1114752326570.2135652365460.0241604000459-0.278221631367-0.06862487638530.0207878999935-0.07511154934130.0955610355445-2.52270980356E-50.6461042510640.114482943217-0.02373608065860.57232045142-0.0300178443970.60343935469221.4978799042-33.5376034911-74.6288384206
121.05790482168-0.106497169456-0.005996187381650.1899917544340.03307939961110.5798447998330.0669529705898-0.171150810317-0.0393041144095-0.0248537558179-0.01590872480050.152116710438-0.0573000123903-0.0147015307032-1.1649936956E-50.600794931560.103321845455-0.01607658871140.526242851099-0.005050155132860.7620074202523.56103796786-24.5356830592-57.5520440118
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150.1530307491080.718628467885-0.06067685891240.326486393438-0.09269166936810.1839568064310.0188145521416-0.170322915167-0.2363530048440.338030903690.0544406514067-0.3067307396580.291115000670.268564613532-0.0001217309901090.7805380845450.305308172729-0.1603637804181.02860426882-0.02249721983121.032988277859.8336070095-64.7504800996-47.2480662981
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 157)AA1 - 1571 - 157
22chain 'A' and (resid 158 through 410 )AA158 - 410158 - 410
33chain 'A' and (resid 411 through 590 )AA411 - 590411 - 590
44chain 'B' and (resid 1 through 157 )BF1 - 1571 - 157
55chain 'B' and (resid 158 through 410 )BF158 - 410158 - 410
66chain 'B' and (resid 411 through 592 )BF411 - 592411 - 592
77chain 'C' and (resid 1 through 157 )CN1 - 1571 - 157
88chain 'C' and (resid 158 through 410 )CN158 - 410158 - 410
99chain 'C' and (resid 411 through 591)CN411 - 591411 - 591
1010chain 'D' and (resid 2 through 158 )DS2 - 1581 - 157
1111chain 'D' and (resid 159 through 410 )DS159 - 410158 - 409
1212chain 'D' and (resid 411 through 592 )DS411 - 592410 - 591
1313chain 'E' and (resid 2 through 157 )EX2 - 1572 - 157
1414chain 'E' and (resid 158 through 410 )EX158 - 410158 - 410
1515chain 'E' and (resid 411 through 591 )EX411 - 591411 - 591

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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