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- PDB-7tgj: Crystal structure of DesD, the desferrioxamine synthetase from th... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7tgj | |||||||||
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Title | Crystal structure of DesD, the desferrioxamine synthetase from the Streptomyces griseoflavus ferrimycin biosynthetic pathway | |||||||||
![]() | Desferrioxamine synthetase DesD | |||||||||
![]() | ![]() | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Patel, K.D. / Gulick, A.M. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: An acyl-adenylate mimic reveals the structural basis for substrate recognition by the iterative siderophore synthetase DesD. Authors: Yang, J. / Banas, V.S. / Patel, K.D. / Rivera, G.S.M. / Mydy, L.S. / Gulick, A.M. / Wencewicz, T.A. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 933.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7tgkC ![]() 7tglC ![]() 7tgmC ![]() 7tgnC ![]() 5o7oS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 68761.516 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-GOL / ![]() #3: Chemical | ChemComp-SO4 / ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.56 Å3/Da / Density % sol: 65.42 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 50 mM Bis Tris Propane 300 mM ammonium sulfate 16% PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 113 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 24, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.85→96 Å / Num. obs: 111788 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 52.57 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 11.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.85→2.9 Å / Redundancy: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 1.28 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 47251 / CC1/2: 0.531 / Rpim(I) all: 0.426 / % possible all: 92.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 5O7O Resolution: 2.85→81.97 Å / SU ML: 0.3292 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.8273 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 52.05 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.85→81.97 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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