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Yorodumi- PDB-7sz9: Crosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase Keto... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7sz9 | ||||||
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Title | Crosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase Ketosynthase, FabB, and C16:1-crypto Acyl Carrier Protein, AcpP | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE / ketosynthase / crosslink / FabB / ACP / KASI | ||||||
Function / homology | Function and homology information monounsaturated fatty acid biosynthetic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / acyl carrier activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Mindrebo, J.T. / Chen, A. / Noel, J.P. / Burkart, M.D. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2022 Title: Mechanism-based cross-linking probes capture the Escherichia coli ketosynthase FabB in conformationally distinct catalytic states. Authors: Chen, A. / Mindrebo, J.T. / Davis, T.D. / Kim, W.E. / Katsuyama, Y. / Jiang, Z. / Ohnishi, Y. / Noel, J.P. / Burkart, M.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7sz9.cif.gz | 383.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7sz9.ent.gz | 313.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7sz9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/7sz9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/7sz9 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7sqiC 6okcS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 42596.129 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: fabB, fabC, b2323, JW2320 / Plasmid: pET28 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: P0A953, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I #2: Protein | Mass: 8514.264 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: acpP, ECS88_1108 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: B7MJ81 #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.82 % |
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Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 20% PEG 8000, 0.3 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.1 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 6, 2018 | |||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→75.28 Å / Num. obs: 38093 / % possible obs: 82.1 % / Redundancy: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 32.53 Å2 / CC1/2: 0.945 / R split: 0.176 / Rmerge(I) obs: 0.205 / Rpim(I) all: 0.117 / Rrim(I) all: 0.238 / Χ2: 1.15 / Net I/σ(I): 3.7 | |||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6okc Resolution: 2.2→54.02 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.31 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 188.1 Å2 / Biso mean: 56.7525 Å2 / Biso min: 16.47 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.2→54.02 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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