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Yorodumi- PDB-6okc: Crosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase Keto... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6okc | |||||||||
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Title | Crosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase Ketosynthase, FabB, and C12-crypto Acyl Carrier Protein, AcpP | |||||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE/LIPID TRANSPORT / Thiolase / ketosynthase / KS / AcpP / TRANSFERASE-LIPID TRANSPORT complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information monounsaturated fatty acid biosynthetic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / lipid A biosynthetic process / lipid biosynthetic process / acyl binding / phosphopantetheine binding / acyl carrier activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / response to xenobiotic stimulus ...monounsaturated fatty acid biosynthetic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / lipid A biosynthetic process / lipid biosynthetic process / acyl binding / phosphopantetheine binding / acyl carrier activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / response to xenobiotic stimulus / lipid binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.55 Å | |||||||||
Authors | Mindrebo, J.T. / Kim, W.E. / Bartholow, T.G. / Chen, A. / Davis, T.D. / La Clair, J. / Burkart, M.D. / Noel, J.P. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2020 Title: Gating mechanism of elongating beta-ketoacyl-ACP synthases. Authors: Mindrebo, J.T. / Patel, A. / Kim, W.E. / Davis, T.D. / Chen, A. / Bartholow, T.G. / La Clair, J.J. / McCammon, J.A. / Noel, J.P. / Burkart, M.D. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6okc.cif.gz | 395 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6okc.ent.gz | 321.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6okc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/6okc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/6okc | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6okfC 6okgC 6oltC 1g5xS 2facS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 42656.203 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: fabB, fabC, b2323, JW2320 / Plasmid: pET28 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: P0A953, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I #2: Protein | Mass: 8645.460 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: acpP, b1094, JW1080 / Plasmid: pMAL / Details (production host): native expression / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P0A6A8 #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.84 % / Description: Square plates |
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Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 20% PEG 8K, 0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 10, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.55→87.7 Å / Num. obs: 135639 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 13.45 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 14.2 / Num. measured all: 1594036 / Scaling rejects: 844 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1G5X (FabB search model), 2FAC (AcpP search model) Resolution: 1.55→87.7 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 14.78
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 116.51 Å2 / Biso mean: 22.5945 Å2 / Biso min: 5.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.55→87.7 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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