[日本語] English
万見
- PDB-7sul: Crystal structure of the WD-repeat domain of human SEC31A -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sul
タイトルCrystal structure of the WD-repeat domain of human SEC31A
要素Protein transport protein Sec31AProtein targeting
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / WD-repeat (WD40リピート) / WDR / SEC31A / KIAA0905 / SEC31L1 / ABP125 / ABP130 / HSPC275 / HSPC334 / SGC / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle coat / COPII-coated vesicle cargo loading / COPII vesicle coat / XBP1(S) activates chaperone genes / endoplasmic reticulum organization / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum exit site / Signaling by ALK fusions and activated point mutants ...vesicle coat / COPII-coated vesicle cargo loading / COPII vesicle coat / XBP1(S) activates chaperone genes / endoplasmic reticulum organization / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum exit site / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / MHC class II antigen presentation / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / intracellular protein transport / ER to Golgi transport vesicle membrane / response to calcium ion / calcium-dependent protein binding / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / structural molecule activity / 小胞体 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Protein transport protein SEC31-like / Ancestral coatomer element 1, Sec16/Sec31 / Sec23-binding domain of Sec16 / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein transport protein Sec31A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Zeng, H. / Dong, A. / Loppnau, P. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the WD-repeat domain of human SEC31A
著者: Zeng, H. / Dong, A. / Loppnau, P. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2021年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein transport protein Sec31A
B: Protein transport protein Sec31A
C: Protein transport protein Sec31A
D: Protein transport protein Sec31A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,5134
ポリマ－157,5134
非ポリマー00
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.180, 156.750, 85.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.480, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Protein transport protein Sec31A / Protein targeting / ABP125 / ABP130 / SEC31-like protein 1 / SEC31-related protein A / Web1-like protein


分子量: 39378.371 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEC31A, KIAA0905, SEC31L1, HSPC275, HSPC334 / プラスミド: pFBOH-MHL / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O94979
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.52 % / Mosaicity: 0.64 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30%(w/v)PEG4K,0.2M Sodium Acetat, 0.1M Tris HCL pH8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 49159 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 47.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.136 / Χ2: 1.274 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 167966
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.4430.78119940.70.4730.9170.6475
2.44-2.493.10.70921210.7230.4220.8280.63283.5
2.49-2.533.30.64922730.7460.3850.7570.62587.4
2.53-2.593.40.60423770.7940.3530.7020.6591
2.59-2.643.50.52824970.8480.3080.6130.67996.1
2.64-2.73.60.45825250.8830.2660.5310.70996.4
2.7-2.773.70.39625070.9070.230.4590.75797.4
2.77-2.853.70.32926080.9430.1920.3820.78498.7
2.85-2.933.70.26125220.9580.1530.3030.8598.6
2.93-3.023.60.23225900.9610.1360.270.96798.1
3.02-3.133.50.19225510.9690.1140.2251.08798.5
3.13-3.263.40.15525340.9730.0950.1831.25797.8
3.26-3.413.10.13124500.9830.0810.1551.48193
3.41-3.583.40.10224640.9880.0610.1191.75895
3.58-3.813.60.08925450.990.0530.1041.83797.3
3.81-4.13.50.07924910.9910.0470.0922.0196
4.1-4.523.30.06325010.9930.0380.0742.02795.5
4.52-5.173.20.06125200.9930.0380.0722.33195.7
5.17-6.513.20.0625340.9910.0380.0722.20196.4
6.51-503.60.05225550.9960.0310.0612.08895.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.81 Å48.05 Å
Translation3.81 Å48.05 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000data processing
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ALPHAFOLD

解像度: 2.4→44.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU R Cruickshank DPI: 0.485 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.426 / SU Rfree Blow DPI: 0.25 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.261
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 986 2.01 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.19 49130 93.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 134.35 Å2 / Biso mean: 53.22 Å2 / Biso min: 22.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--18.4573 Å20 Å24.5569 Å2
2--1.4622 Å20 Å2
3---16.995 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→44.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9945 0 0 69 10014
Biso mean---44.19 -
残基数----1330
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3289SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1723HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10200HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1404SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10803SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d10200HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg13946HARMONIC21.2
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.39
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.31
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.41 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2942 21 2.09 %
Rwork0.2317 982 -
obs--62.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.80730.23390.50012.74310.51833.2678-0.0874-0.0309-0.0114-0.2046-0.0579-0.0013-0.2337-0.47750.1453-0.12620.0252-0.0558-0.0605-0.046-0.2049-1.13295.77634.3581
22.30120.85540.51482.150.88782.1923-0.0122-0.0273-0.0718-0.1032-0.05090.07970.05090.02270.063-0.08490.0465-0.048-0.1285-0.027-0.1056-21.4865-11.7694-29.4981
31.6-0.2574-0.18513.2213-1.16013.87170.0998-0.08850.2137-0.35220.0072-0.06320.04980.0856-0.107-0.0836-0.0608-0.044-0.17230.0121-0.2206-20.4363-37.721312.7778
41.3985-0.42580.66983.20910.06513.6296-0.02440.0180.0390.1397-0.04120.085-0.30770.10610.0656-0.0602-0.0048-0.0529-0.12920.0506-0.259-9.6815-54.7988-34.5565
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|-1 - A|334 }A-1 - 334
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|-1 - B|334 }B-1 - 334
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|-1 - C|334 }C-1 - 334
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|0 - D|334 }D0 - 334

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る