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- PDB-4mz8: Crystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mz8
タイトルCrystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase, with an Internal Deletion of CBS Domain from Campylobacter jejuni complexed with inhibitor compound C91
要素Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TIM barrel (TIMバレル) / alpha-beta structure / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IMP dehydrogenase activity / IMPデヒドロゲナーゼ / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBSドメイン / CBSドメイン ...IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBSドメイン / CBSドメイン / CBS domain profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ジメチルエーテル / 酢酸 / Chem-C91 / ギ酸 / イノシン酸 / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5004 Å
データ登録者Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gorla, S.K. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase, with a Internal Deletion of CBS Domain from Campylobacter jejuni complexed with inhibitor compound C91
著者: Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2013年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Structure summary
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,57235
ポリマ－174,0994
非ポリマー4,47331
水5,296294
1
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,16544
ポリマ－174,0994
非ポリマー5,06640
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area18240 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area50040 Å2
手法PISA
2
C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,97926
ポリマ－174,0994
非ポリマー3,88022
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area16680 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area50040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.460, 114.460, 256.314
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-508-

CL

21B-710-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / IMPD / IMPDH


分子量: 43524.820 Da / 分子数: 4 / 断片: IMPDH-delta-S-CBS / 変異: CBS domain (residues 92-195) is replaced with G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
株: NCTC 11168 / 遺伝子: guaB, Cj1058c / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q0P9J4, IMPデヒドロゲナーゼ

-
非ポリマー , 10種, 325分子

#2: 化合物
ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP / イノシン酸


分子量: 348.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N4O8P
#3: 化合物
ChemComp-C91 / N-(naphthalen-2-yl)-2-[2-(pyridin-2-yl)-1H-benzimidazol-1-yl]acetamide


分子量: 378.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H18N4O
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#7: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸 / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#8: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 化合物 ChemComp-2F2 / dimethyl ether / (メトキシメチリジン)ラジカル / ジメチルエーテル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#11: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.33 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 10 % dioxane, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 68101 / Num. obs: 68101 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 46.46 Å2 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.699 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1367)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4FO4

4fo4


解像度: 2.5004→39.231 Å / SU ML: 0.28 / Isotropic thermal model: mixed / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2167 3446 5.08 %
Rwork0.1756 --
obs0.1777 67873 99.68 %
all-67873 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 65.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5004→39.231 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10444 0 296 294 11034
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811031
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1414898
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4384096
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0681716
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041891
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5004-2.53460.31541450.25022481X-RAY DIFFRACTION97
2.5346-2.57080.26071100.23932537X-RAY DIFFRACTION99
2.5708-2.60920.25531380.22032574X-RAY DIFFRACTION100
2.6092-2.64990.27081500.21362484X-RAY DIFFRACTION100
2.6499-2.69340.27751380.22072528X-RAY DIFFRACTION100
2.6934-2.73980.25151340.22922553X-RAY DIFFRACTION100
2.7398-2.78960.28911460.20822594X-RAY DIFFRACTION100
2.7896-2.84320.25361290.21122530X-RAY DIFFRACTION100
2.8432-2.90130.26711360.21072532X-RAY DIFFRACTION100
2.9013-2.96430.23921180.19942599X-RAY DIFFRACTION100
2.9643-3.03330.26271600.20632535X-RAY DIFFRACTION100
3.0333-3.10910.25761320.21062550X-RAY DIFFRACTION100
3.1091-3.19310.27161270.20172592X-RAY DIFFRACTION100
3.1931-3.2870.25581500.18752539X-RAY DIFFRACTION100
3.287-3.39310.22841400.18712561X-RAY DIFFRACTION100
3.3931-3.51430.25071300.17972577X-RAY DIFFRACTION100
3.5143-3.65490.22331330.17292584X-RAY DIFFRACTION100
3.6549-3.82110.23211240.15872619X-RAY DIFFRACTION100
3.8211-4.02230.20851270.15042554X-RAY DIFFRACTION100
4.0223-4.27410.15821390.14212604X-RAY DIFFRACTION100
4.2741-4.60360.17431510.13562618X-RAY DIFFRACTION100
4.6036-5.0660.17221530.13612586X-RAY DIFFRACTION100
5.066-5.79710.17271430.16022643X-RAY DIFFRACTION100
5.7971-7.2960.20581320.17932676X-RAY DIFFRACTION100
7.296-39.23580.19481610.17532777X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.63160.1592-0.83341.1761-0.23183.03160.0851-0.1452-0.2270.2804-0.1708-0.0110.22040.18860.11480.48350.028-0.03040.29270.06870.277865.9843-22.4843-20.8837
22.1958-0.7079-0.88855.82910.944.39790.0307-0.3686-0.5190.8487-0.0565-0.09240.93850.0130.06710.6622-0.0579-0.05590.44510.17320.418463.8819-28.5308-7.8695
30.93980.04-0.11.1120.21690.60570.0939-0.1978-0.13770.2563-0.1373-0.24840.02560.25540.04630.4624-0.007-0.06390.38660.09680.271173.2805-14.1541-17.4754
43.15561.21611.23672.94440.6761.92290.0382-0.5378-0.08310.3513-0.13650.1343-0.1693-0.31660.08710.4213-0.02640.05510.34050.00820.29350.3757-10.9199-20.9131
57.3441-2.2753-3.21291.5971.71753.96320.0536-0.0691-0.6695-0.0399-0.1668-0.03310.51880.08590.12430.50610.0171-0.03170.29720.06410.336464.056-28.3631-33.0378
63.05290.51831.61511.8027-0.27852.0820.01930.0268-0.09190.0022-0.07390.01080.07420.13790.0660.50150.07050.07960.42130.03920.258367.091-19.0182-40.4866
71.3709-0.94370.18812.57560.24721.1325-0.0126-0.14730.20560.3476-0.0455-0.2144-0.2980.1530.04620.5406-0.1684-0.07180.3582-0.00040.288765.970721.5693-20.482
82.3928-1.36410.83123.47510.3655.5631-0.1436-0.48380.29470.6881-0.05890.1084-0.5831-0.04540.14650.7137-0.1348-0.05320.4062-0.09570.365363.626234.7522-14.1729
91.0219-0.15970.04760.7981-0.00611.08060.0303-0.15320.15460.2244-0.0741-0.1675-0.29640.23410.02930.495-0.1442-0.05190.30090.00880.274468.504824.2195-28.2596
101.3004-0.3638-0.10211.5362-0.21371.4821-0.0534-0.12520.01590.2179-0.0655-0.0959-0.09850.16640.14450.4422-0.1484-0.05720.34970.00170.275364.657913.1848-24.9877
118.12092.1792-1.86633.32092.61014.62630.12510.38290.5645-0.3949-0.07330.3022-0.8172-0.3301-0.05170.60130.0083-0.0130.34820.0620.28854.3196-0.7846-25.6911
121.29060.2046-0.10981.0067-0.4011.27250.0722-0.0231-0.0275-0.02990.45770.88360.3719-0.3922-0.31470.6247-0.1856-0.0240.52020.29461.11419.0665-31.3565-35.19
131.01420.654-0.65832.45110.43412.2182-0.18350.0643-0.4386-0.36040.22330.46020.7211-0.2475-0.0841.0035-0.2791-0.24530.60170.27411.194320.5816-45.0227-38.7234
140.01920.0669-0.05370.136-0.14080.14190.1103-0.0067-0.2125-0.41150.52061.27920.5592-0.68060.01540.7468-0.3945-0.43210.69350.48371.685211.2131-28.8868-44.9601
152.752-0.76081.0521.6926-0.60692.8001-0.03410.1633-0.0847-0.58450.17010.58930.5943-0.0891-0.17050.5134-0.1119-0.07740.36740.06540.469234.9843-24.0018-44.6786
165.06330.1498-3.07370.97131.21763.63420.0815-0.5453-0.16860.51370.33720.7455-0.1291-0.3233-0.15270.5438-0.0220.25050.62810.35720.986820.3231-23.863-24.5773
174.21762.0199-0.10541.531-0.26941.41920.1656-0.1398-0.02280.41790.31261.22-0.0153-0.4597-0.39650.54020.0780.24880.58050.2641.161317.2819-12.545-28.3253
181.8633-0.58010.13020.9410.11480.90290.12150.0442-0.38660.13750.12650.5893-0.199-0.1901-0.00070.79520.27620.63130.760.34661.58687.79019.6946-29.6255
190.8701-1.1194-0.30951.86650.19060.4940.0606-0.14840.20570.43510.20850.5155-0.3718-0.2244-0.06141.5140.41990.85460.78940.08980.993719.42439.8971-8.775
200.36920.125-0.18110.4658-0.58420.73470.0556-0.36030.15390.53730.08830.1405-0.43960.2326-0.19511.80630.27070.73690.89710.13890.755926.8233-0.3037-0.3707
210.9281-0.0189-0.7081.40080.90261.98180.1355-0.2510.13730.307-0.0860.2104-0.4725-0.0805-0.25231.86440.41720.88060.98610.23131.051719.48332.34851.9601
220.84130.2037-0.44090.0426-0.10820.22630.1969-0.55520.09020.67390.03180.6128-0.1206-0.33690.08491.25160.2780.97351.04050.43271.34429.958-6.4703-8.6766
230.0091-0.0295-0.03380.06630.08530.08160.0935-0.2965-0.25550.66640.37031.1643-0.309-0.499-0.07280.86120.29710.64620.79190.35061.501412.07031.9148-20.3411
243.6809-1.5151-0.181.99231.15120.90450.0492-0.35320.21461.06670.32810.5225-0.5166-0.363-0.28290.95060.13560.35550.50610.10130.562630.06123.6756-18.714
252.29030.0601-1.41110.41690.59131.86680.114-0.1327-0.09090.65780.37880.9686-0.344-0.5357-0.37410.81950.2870.37180.68930.37181.17817.223814.509-30.5015
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 86 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 87 through 236 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 237 through 361 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 362 through 422 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 423 through 441 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 442 through 482 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 86 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 87 through 235 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 236 through 382 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 383 through 466 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 467 through 483 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 5 through 86 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 87 through 236 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 237 through 361 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 362 through 422 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 423 through 441 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 442 through 482 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 2 through 23 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 24 through 62 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 63 through 87 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 88 through 236 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 237 through 302 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 303 through 361 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 362 through 441 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 442 through 482 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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