PDB-4fo4: Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase from Vibrio cholerae, dele...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fo4

タイトル

Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase from Vibrio cholerae, deletion mutant, complexed with IMP and mycophenolic acid

要素

Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

structural genomics (構造ゲノミクス) / IMPDH / IMP /

mycophenolic acid (ミコフェノール酸) / MOA / NIAID /

National Institute of Allergy and Infectious Diseases (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase activity /

IMPデヒドロゲナーゼ / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process /

nucleotide binding /

metal ion binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase from Vibrio cholerae, deletion mutant, complexed with IMP and mycophenolic acid.
著者: Osipiuk, J. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2012年6月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月2日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fo4.cif.gz	277.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fo4.ent.gz	222 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fo4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/4fo4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/4fo4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ff0 PDB 未公開エントリS 4fez 4ix2 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4qj1-d 4q33-1 4zqp-1 4ix2-2 4x3z-2 4ixh-d 5uuw-1 5uze-d 5uzc-d 4zqo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP04364

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

77.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
156 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
156 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
312 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.909, 120.909, 94.871
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

#1: タンパク質	Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase 分子量: 38247.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌) 株: N16961 / 遺伝子: VC0767, VC_0767 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KTW3, IMPデヒドロゲナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP / イノシン酸分子量: 348.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₄O₈P
#3: 化合物	ChemComp-MOA / MYCOPHENOLIC ACID / 6-(1,3-DIHYDRO-7-HYDROXY-5-METHOXY-4-METHYL-1-OXOISOBENZOFURAN-6-YL)-4-METHYL-4-HEXANOIC ACID / ミコフェノ-ル酸 / ミコフェノール酸分子量: 320.337 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₀O₆ / コメント: 薬剤, 免疫抑制剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	RESIDUES 91-219 ARE DELETED AND REPLACED WITH SGG LINKER

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.73 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 15% tacsimate, 0.1 M Hepes buffer, 2% PEG 3350, 0.01 M IMP, 0.01 M mycophenolic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月4日

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.03→35.5 Å / Num. all: 45602 / Num. obs: 45602 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.2 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 9.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.03-2.07	6	0.802	2.37	1	97.3
2.07-2.1	6.9	0.688		1	98.4
2.1-2.14	8	0.569		1	99.7
2.14-2.19	8.6	0.475		1	100
2.19-2.23	9.6	0.424		1	100
2.23-2.29	9.7	0.39		1	100
2.29-2.34	9.8	0.326		1	100
2.34-2.41	9.8	0.267		1	100
2.41-2.48	9.7	0.25		1	100
2.48-2.56	9.8	0.197		1	100
2.56-2.65	9.7	0.17		1	99.9
2.65-2.76	9.7	0.145		1	100
2.76-2.88	9.7	0.118		1	99.9
2.88-3.03	9.7	0.094		1	99.9
3.03-3.22	9.7	0.078		1	99.7
3.22-3.47	9.7	0.061		1	99.7
3.47-3.82	9.6	0.053		1	99.4
3.82-4.37	9.4	0.05		1	99.3
4.37-5.51	9.2	0.047		1	99.1
5.51-50	8.9	0.033		1	97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FF0

4ff0
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.03→35.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 7.266 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21337	2292	5 %	RANDOM
R_work	0.16518	-	-	-
obs	0.16753	43280	99.38 %	-
all	-	45572	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.043 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.49 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→35.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5067	0	94	281	5442

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	5343
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3556
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.799	1.986	7250
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.99	3	8730
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.01	5	721
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.971	23.824	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.258	15	914
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.27	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	841
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6033
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.032→2.085 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.306	149	-
R_work	0.226	2823	-
obs	-	-	96.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7104	0.0512	-0.0963	0.7341	0.0772	0.6603	-0.0418	0.029	-0.0521	-0.0241	-0.0157	0.0037	0.0649	0.0133	0.0575	0.0397	0.0195	0.0233	0.0139	0.0089	0.0159	11.347	35.6502	14.8328
2	0.9153	0.1257	0.0462	0.8361	-0.0657	0.6095	0.0154	0.0053	-0.0571	0.0077	-0.0318	-0.1379	0.0487	0.0948	0.0164	0.0477	0.0329	0.0132	0.0925	-0.0041	0.1044	25.3934	50.1431	-32.8949

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 489
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	501 - 503
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 487
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	501 - 503

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)