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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7su2 | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of a Co-bound RIDC1 variant | ||||||||||||
![]() | Soluble cytochrome b562 | ||||||||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN | ||||||||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Golub, E. / Kakkis, A. | ||||||||||||
Funding support | European Union, 3items
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![]() | ![]() Title: Redox- and metal-directed structural diversification in designed metalloprotein assemblies. Authors: Kakkis, A. / Golub, E. / Choi, T.S. / Tezcan, F.A. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 130 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 82.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7rwuC ![]() 7rwvC ![]() 7rwwC ![]() 7rwxC ![]() 7rwyC ![]() 7tepC ![]() 2bc5S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 11657.113 Da / Num. of mol.: 4 Mutation: A56, A60, W63, S64, H81, W88, I91, H95, A96, H99, C118, C120, C123 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-HEC / ![]() #3: Chemical | ChemComp-CO / #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.59 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 30% PEG400, 200 mM NaCl, 100 mM HEPES (7.5) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 5, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2→37 Å / Num. obs: 58467 / % possible obs: 98.42 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 28.86 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.01685 / Rpim(I) all: 0.01685 / Rrim(I) all: 0.02383 / Net I/σ(I): 26.68 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.069 Å / Rmerge(I) obs: 0.05929 / Mean I/σ(I) obs: 7.4 / Num. unique obs: 5607 / CC1/2: 0.989 / Rpim(I) all: 0.05929 / Rrim(I) all: 0.08385 / % possible all: 96.01 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 2bc5 Resolution: 2→37 Å / SU ML: 0.2535 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / Phase error: 24.4492 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→37 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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