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- PDB-7sn0: Crystal structure of spike protein receptor binding domain of esc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sn0
タイトルCrystal structure of spike protein receptor binding domain of escape mutant SARS-CoV-2 from immunocompromised patient (d146*) in complex with human receptor ACE2
要素
  • Angiotensin-converting enzyme 2アンジオテンシン変換酵素2
  • Surface glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / COVID-19 (新型コロナウイルス感染症 (2019年)) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / spike protein (スパイクタンパク質) / neutralization escape mutant / ACE2 (アンジオテンシン変換酵素2) / receptor binding (受容体)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of amino acid transport / アンジオテンシン変換酵素2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction ...positive regulation of amino acid transport / アンジオテンシン変換酵素2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / angiotensin maturation / metallocarboxypeptidase activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Attachment and Entry / carboxypeptidase activity / negative regulation of signaling receptor activity / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / ウイルスのライフサイクル / blood vessel diameter maintenance / brush border membrane / regulation of transmembrane transporter activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 繊毛 / metallopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Induction of Cell-Cell Fusion / Potential therapeutics for SARS / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / 脂質ラフト / apical plasma membrane / 小胞体 / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Collectrin-like domain profile. / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Peptidase family M2 domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / アンジオテンシン変換酵素 / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. ...Collectrin-like domain profile. / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Peptidase family M2 domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / アンジオテンシン変換酵素 / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
スパイクタンパク質 / アンジオテンシン変換酵素2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Pan, J. / Abraham, J. / Clark, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other privateno grant number 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Structural basis for continued antibody evasion by the SARS-CoV-2 receptor binding domain.
著者: Katherine G Nabel / Sarah A Clark / Sundaresh Shankar / Junhua Pan / Lars E Clark / Pan Yang / Adrian Coscia / Lindsay G A McKay / Haley H Varnum / Vesna Brusic / Nicole V Tolan / Guohai Zhou ...著者: Katherine G Nabel / Sarah A Clark / Sundaresh Shankar / Junhua Pan / Lars E Clark / Pan Yang / Adrian Coscia / Lindsay G A McKay / Haley H Varnum / Vesna Brusic / Nicole V Tolan / Guohai Zhou / Michaël Desjardins / Sarah E Turbett / Sanjat Kanjilal / Amy C Sherman / Anand Dighe / Regina C LaRocque / Edward T Ryan / Casey Tylek / Joel F Cohen-Solal / Anhdao T Darcy / Davide Tavella / Anca Clabbers / Yao Fan / Anthony Griffiths / Ivan R Correia / Jane Seagal / Lindsey R Baden / Richelle C Charles / Jonathan Abraham /
要旨: Many studies have examined the impact of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants on neutralizing antibody activity after they have become dominant strains. Here, we ...Many studies have examined the impact of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants on neutralizing antibody activity after they have become dominant strains. Here, we evaluate the consequences of further viral evolution. We demonstrate mechanisms through which the SARS-CoV-2 receptor binding domain (RBD) can tolerate large numbers of simultaneous antibody escape mutations and show that pseudotypes containing up to seven mutations, as opposed to the one to three found in previously studied variants of concern, are more resistant to neutralization by therapeutic antibodies and serum from vaccine recipients. We identify an antibody that binds the RBD core to neutralize pseudotypes for all tested variants but show that the RBD can acquire an N-linked glycan to escape neutralization. Our findings portend continued emergence of escape variants as SARS-CoV-2 adapts to humans.
履歴
登録2021年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiotensin-converting enzyme 2
B: Angiotensin-converting enzyme 2
C: Surface glycoprotein
D: Surface glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,11422
ポリマ－204,0744
非ポリマー13,03918
水0
1
A: Angiotensin-converting enzyme 2
C: Surface glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,55711
ポリマ－102,0372
非ポリマー6,5209
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Angiotensin-converting enzyme 2
D: Surface glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,55711
ポリマ－102,0372
非ポリマー6,5209
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.709, 104.015, 223.911
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Angiotensin-converting enzyme 2 / アンジオテンシン変換酵素2 / Angiotensin-converting enzyme homolog / ACEH / Angiotensin-converting enzyme-related ...Angiotensin-converting enzyme homolog / ACEH / Angiotensin-converting enzyme-related carboxypeptidase / ACE-related carboxypeptidase / Metalloprotease MPROT15


分子量: 71828.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: amino acids 1-18 are the endogenous signal peptide of human ACE2, 19-615 are human ACE2 residues 19-615, and 616-621 are the C-terminal 6xHistidine-tag.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE2, UNQ868/PRO1885 / プラスミド: pCMV-IRES-puro / 詳細 (発現宿主): Codex BioSolutions / 細胞株 (発現宿主): HEK-293 (Thermo Fisher Expi293F) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9BYF1, アンジオテンシン変換酵素2, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ
#2: タンパク質 Surface glycoprotein


分子量: 30208.354 Da / 分子数: 2 / Mutation: N440D, T478K, Y489H, Q493K, S494P / 由来タイプ: 組換発現
詳細: variant evolved in immunocompromised patient 146 days post treatment
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
Variant: D146 / プラスミド: pHLSec / 細胞株 (発現宿主): HEK-293T (Thermo Fisher Expi293F) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A7U0MIF7

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糖 , 9種, 14分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[2-acetamido-2-deoxy- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)]alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1844.683 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-4[DGlcpNAcb1-2]DManpa1-3[DGalpb1-4DGlcpNAcb1-4DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,10,9/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-1-2-3-1-1-4-3-1-4/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-h1_d2-e1_d4-f1_f4-g1_h4-i1_i4-j1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
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#6: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-[beta-D-galactopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1844.683 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2[DGalpb1-4DGlcpNAcb1-4]DManpa1-3[DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
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[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1114.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1114.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[2-acetamido-2-deoxy- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)]alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1682.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-4[DGlcpNAcb1-2]DManpa1-3[DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-1-2-3-1-1-4-3-1/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-h1_d2-e1_d4-f1_f4-g1_h2-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#13: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 4分子

#11: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#12: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% (v/v) PEG550 MME, 10% (w/v) PEG 20000, 20mM 1,6-Hexanediol, 20mM 1-Butanol, 20mM 1,2-Propanediol, 20mM 2-Propanol, 20mM 1,4-Butanediol, 20mM 1,3-Propanediol, and 0.1M Tris (base) BICINE pH 8.5
PH範囲: 7.5 - 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.06→200 Å / Num. obs: 71067 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.37 % / Biso Wilson estimate: 87.93 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.246 / Rrim(I) all: 0.294 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 5.29
反射 シェル解像度: 3.06→3.25 Å / Rmerge(I) obs: 2.286 / Mean I/σ(I) obs: 0.84 / Num. unique obs: 11134 / CC1/2: 0.196 / Rrim(I) all: 2.745 / Χ2: 0.71 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER20201211精密化
O15.1.0モデル構築
XDSbuild 20200417データ削減
XDSbuild 20200417データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6M0J

6m0j


解像度: 3.08→111.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.521
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 1846 4.92 %RANDOM
Rwork0.2347 ---
obs0.2372 37515 99.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 97.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.1316 Å20 Å20 Å2
2--4.8771 Å20 Å2
3---7.2544 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.08→111.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12822 0 866 0 13688
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00814172HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg119389HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4990SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2328HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it14172HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1974SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies4HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11319SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.76
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.57
LS精密化 シェル解像度: 3.08→3.1 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3581 45 -
Rwork0.3159 --
obs0.3185 751 94.54 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.94632.9347-1.847612.4419-2.95942.96250.0549-0.31770.0904-0.3177-0.09880.41690.09040.41690.04390.4779-0.0419-0.04080.82470.02080.46518.050321.8666-37.6605
202.6597-2.09590-1.86723.9207-0.08410.0897-0.33090.08970.0025-0.0436-0.3309-0.04360.08160.5517-0.10730.07810.8754-0.04770.442514.708331.8229-25.7176
31.7338-0.007-0.5860.82370.83124.5508-0.10880.46010.27470.46010.03940.76460.27470.76460.06940.49350.0135-0.11230.8488-0.06310.47338.070713.932-4.2744
41.65640.5513-0.52630.3470.15062.52160.12350.4943-0.43290.49430.0426-0.1826-0.4329-0.1826-0.16610.60340.12780.02370.73620.04570.4753-10.431219.944-13.0355
51.51681.5988-0.87612.56670.6472.0414-0.0416-0.1460.3111-0.1460.0176-0.06330.3111-0.06330.0240.7456-0.0637-0.03220.72010.02230.4689-0.6723.5422-36.4036
60.60050.0472-0.44571.9887-0.44382.1116-0.00690.1087-0.32540.10870.1831-0.1229-0.3254-0.1229-0.17630.54320.0632-0.03020.74660.02850.469-8.551318.8869-22.0113
72.31521.99170.43183.6625-0.37750.87670.24490.1251-0.33920.12510.0052-0.6895-0.3392-0.6895-0.25010.52930.15520.10440.8145-0.06890.5052-20.116119.0242-10.1521
81.53110.9497-0.99421.03990.35441.8216-0.0092-0.20210.1007-0.20210.0115-0.11350.1007-0.1135-0.00230.80310.0314-0.05270.63570.060.452126.928456.536-23.6184
91.13310.24280.08530.9592-0.04131.7525-0.0191-0.0981-0.2942-0.0981-0.0724-0.0669-0.2942-0.06690.09160.73040.0318-0.00520.57920.03760.449637.538174.1526-41.4217
102.7781.1699-0.02454.5821-1.29830-0.0542-0.5068-1.0799-0.50680.2284-0.3068-1.0799-0.3068-0.17420.93230.0987-0.19560.55360.17190.264533.386884.5496-56.3688
116.6444-4.54780.04567.3954-9.95170.02840.50980.38910.8670.3891-0.3140.03240.8670.0324-0.19590.4811-0.14830.14810.73620.00230.35820.890411.1726-71.2077
126.70210.0226-9.746317.68733.137227.4052-0.4160.3371.59950.337-0.1491-1.39211.5995-1.39210.5650.59110.0334-0.07780.4674-0.01220.132813.75859.3028-77.336
132.7424-2.107-11.64160.9270.857424.0517-0.5638-1.17361.3051-1.17360.0353-0.13081.3051-0.13080.52840.5881-0.2066-0.13230.76770.10190.62996.035914.2669-81.2258
140-1.80221.590907.38820-0.0021-0.06580.6074-0.0658-0.0709-1.20870.6074-1.20870.0730.7434-0.00960.20130.74710.04090.613813.156518.2852-66.1256
1516.19434.4575-0.86750.73940.50060-0.2467-1.6663-1.3786-1.66630.4832-1.4404-1.3786-1.4404-0.23650.85810.28130.11190.7902-0.02840.48349.154627.1682-63.1318
163.24320.64982.10341.9754-1.06166.4343-0.0879-0.2812-0.0828-0.2812-0.19720.1912-0.08280.19120.28510.6555-0.01640.22130.787-0.09560.388816.577221.6314-62.8111
176.4728-6.60176.259410.5915.82085.60130.231-0.9696-1.4509-0.96960.10210.5168-1.45090.5168-0.3330.943-0.15920.22320.7633-0.10670.371825.309535.5398-50.8015
181.32290.52290.56331.8062-2.307700.1104-0.1252-0.4125-0.12520.14660.0834-0.41250.0834-0.2570.80950.05880.07880.6482-0.01010.432214.486915.1209-68.207
1910.2022-0.5064-8.5437.81558.10943.8201-0.37880.43080.67390.43080.69510.54580.67390.5458-0.31630.6832-0.1183-0.06890.54170.19260.352940.703764.36313.137
2017.35448.72822.05686.50861.308228.8603-0.0489-0.3443-1.3704-0.34430.10141.1471-1.37041.1471-0.05240.36110.2066-0.17270.6079-0.03540.415742.749173.399216.4027
210.22031.7947-9.02318.2918-3.286725.96940.1863-1.26580.8727-1.26580.1199-0.03180.8727-0.0318-0.30610.66760.02450.06960.5618-0.08330.557238.091182.071417.4098
2213.0678-1.8504-6.84555.813411.641600.2866-0.7655-0.3585-0.7655-0.05040.6234-0.35850.6234-0.23620.4571-0.114-0.01950.8310.12170.367633.05270.2646.0035
2312.4631-1.5076.281405.441600.2421-0.0267-1.1669-0.0267-0.2428-1.546-1.1669-1.5460.00070.71340.03210.04250.8848-0.09420.385624.31172.76872.5044
241.49410.0042-0.83674.0021.87515.0693-0.230.2503-0.01210.25030.17490.1784-0.01210.17840.05510.808-0.0386-0.05870.76520.03990.308830.300165.81114.2539
2517.4296-2.77229.34011.4731.216800.3110.78281.30470.7828-0.0372-0.91321.3047-0.9132-0.27380.7401-0.2824-0.0140.9011-0.06410.515716.526352.8923-3.7017
2612.4025-7.2352.768420.83657.215115.9953-0.4617-0.0374-0.3047-0.03740.5679-1.1798-0.3047-1.1798-0.10620.45270.06840.05120.9539-0.01670.34938.818565.3091-8.4265
275.95334.2283.297210.623511.528415.1212-0.5657-0.3765-0.8212-0.3765-0.142-1.519-0.8212-1.5190.70760.62190.0326-0.04880.6573-0.05980.540636.674771.590310.3409
2800.1216-7.09381.39590.33552.10240.0663-0.1958-0.3335-0.19580.88910.6189-0.33350.6189-0.95540.43250.0074-0.01370.9723-0.11590.440134.020176.052329.8879
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|19 - A|82 }A19 - 82
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|83 - A|129 }A83 - 129
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|130 - A|194 }A130 - 194
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|195 - A|293 }A195 - 293
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|294 - A|387 }A294 - 387
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|388 - A|574 }A388 - 574
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|575 - A|615 }A575 - 615
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|19 - B|129 }B19 - 129
9X-RAY DIFFRACTION9{ B|130 - B|574 }B130 - 574
10X-RAY DIFFRACTION10{ B|575 - B|615 }B575 - 615
11X-RAY DIFFRACTION11{ C|333 - C|353 }C333 - 353
12X-RAY DIFFRACTION12{ C|354 - C|375 }C354 - 375
13X-RAY DIFFRACTION13{ C|376 - C|393 }C376 - 393
14X-RAY DIFFRACTION14{ C|394 - C|409 }C394 - 409
15X-RAY DIFFRACTION15{ C|410 - C|421 }C410 - 421
16X-RAY DIFFRACTION16{ C|422 - C|469 }C422 - 469
17X-RAY DIFFRACTION17{ C|470 - C|494 }C470 - 494
18X-RAY DIFFRACTION18{ C|495 - C|526 }C495 - 526
19X-RAY DIFFRACTION19{ D|333 - D|353 }D333 - 353
20X-RAY DIFFRACTION20{ D|354 - D|375 }D354 - 375
21X-RAY DIFFRACTION21{ D|376 - D|393 }D376 - 393
22X-RAY DIFFRACTION22{ D|394 - D|409 }D394 - 409
23X-RAY DIFFRACTION23{ D|410 - D|421 }D410 - 421
24X-RAY DIFFRACTION24{ D|422 - D|469 }D422 - 469
25X-RAY DIFFRACTION25{ D|470 - D|494 }D470 - 494
26X-RAY DIFFRACTION26{ D|495 - D|506 }D495 - 506
27X-RAY DIFFRACTION27{ D|507 - D|516 }D507 - 516
28X-RAY DIFFRACTION28{ D|517 - D|526 }D517 - 526

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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