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- PDB-7sjy: Crystal structure of Clostridium thermocellum RsgI9 S1C-NTF2 bi-domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sjy
タイトルCrystal structure of Clostridium thermocellum RsgI9 S1C-NTF2 bi-domain
要素Anti-sigma-I factor RsgI9
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / ANTI-SIGMA FACTOR / S1C PEPTIDASE / NTF2-LIKE
機能・相同性Anti-sigma factor RsgI, N-terminal / Anti-sigma factor N-terminus / RsgI N-terminal anti-sigma domain profile. / Peptidase S1C / membrane => GO:0016020 / serine-type endopeptidase activity / Peptidase S1, PA clan / 細胞膜 / Anti-sigma-I factor RsgI9
機能・相同性情報
生物種Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mahoney, B.J. / Cascio, D. / Clubb, R.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FC02-02ER63421 米国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2022
タイトル: The structure of the Clostridium thermocellum RsgI9 ectodomain provides insight into the mechanism of biomass sensing.
著者: Mahoney, B.J. / Takayesu, A. / Zhou, A. / Cascio, D. / Clubb, R.T.
履歴
登録2021年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-sigma-I factor RsgI9
B: Anti-sigma-I factor RsgI9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,37215
ポリマ－69,1752
非ポリマー1,19713
水3,459192
1
A: Anti-sigma-I factor RsgI9
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study, calculated correlation time supports monomer in solution, light scattering, major chromatographically eluted peak has molecular weight of a monomer
  • 35.1 kDa, 1 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1407
ポリマ－34,5871
非ポリマー5536
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Anti-sigma-I factor RsgI9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2328
ポリマ－34,5871
非ポリマー6457
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.630, 78.060, 81.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Anti-sigma-I factor RsgI9


分子量: 34587.289 Da / 分子数: 2 / 断片: RsgI9 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal Gly scar after TEV cleavage of tags. Expressed construct comprises amino acid residues 387-702 of the full-length Anti-sigma-I factor RsgI9.
由来: (組換発現) Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア)
遺伝子: rsgi9 / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A3DC20
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 断片: GOL / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 10% PEG-3350, 20 mM HEPES, 2 mM DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97903 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→74.77 Å / Num. obs: 48797 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.056 % / Biso Wilson estimate: 40.84 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 0.922 / Net I/σ(I): 16.51 / Num. measured all: 246720 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.054.8630.6182.617477365935940.8390.69598.2
2.05-2.115.1050.483.4217719351734710.9030.53898.7
2.11-2.175.2190.3594.5818007347434500.9490.40199.3
2.17-2.245.1490.2895.616936333932890.960.32398.5
2.24-2.314.9990.236.7816093328232190.9730.25898.1
2.31-2.394.6060.1927.6414121314930660.9750.21897.4
2.39-2.485.3250.1689.4616103304330240.9870.18799.4
2.48-2.585.3590.1411.1215729294429350.990.15699.7
2.58-2.75.2450.11312.9714722281728070.9940.12799.6
2.7-2.835.1640.09215.6713751268226630.9950.10399.3
2.83-2.985.1980.06819.8713140256025280.9970.07698.8
2.98-3.165.0620.05324.0212006241923720.9970.0698.1
3.16-3.384.7090.04427.6510392231322070.9980.0595.4
3.38-3.654.8040.03833.069848210620500.9980.04397.3
3.65-45.1410.03537.0710055198219560.9990.03998.7
4-4.475.0150.03441.128691176217330.9980.03898.4
4.47-5.164.9950.03141.487807159215630.9980.03598.2
5.16-6.324.8360.03140.076180133312780.9990.03595.9
6.32-8.944.9330.02642.254943103610020.9990.0396.7
8.94-74.775.0850.02446.4730005995900.9990.02798.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2 Å74.77 Å
Translation2 Å74.77 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B6L

5b6l


解像度: 2→74.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU R Cruickshank DPI: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.173 / SU Rfree Blow DPI: 0.148 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.151
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2341 4880 10 %RANDOM
Rwork0.2102 ---
obs0.2126 48797 98.5 %-
原子変位パラメータBiso max: 120.6 Å2 / Biso mean: 51.48 Å2 / Biso min: 25.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.6905 Å20 Å27.4027 Å2
2--2.1362 Å20 Å2
3---0.5544 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→74.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4777 0 78 192 5047
Biso mean--64.06 48.13 -
残基数----625
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1728SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes822HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4921HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion664SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3783SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4921HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6633HARMONIC20.95
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.09
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.27
LS精密化 シェル解像度: 2→2.01 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3464 98 10.04 %
Rwork0.3244 878 -
all0.3266 976 -
obs--96.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7082-0.22330.79871.65840.26551.853-0.1016-0.01740.04510.1381-0.046-0.0757-0.21640.08030.14760.0679-0.0341-0.17-0.19780.028-0.0198-32.625227.982667.4065
21.8572-0.59261.0193.0728-0.42845.1-0.0033-0.05120.15040.1944-0.215-0.82590.14880.97360.2183-0.10310.0031-0.2234-0.01220.15850.1274-5.5515.904674.275
32.3406-0.14391.4751.0487-0.16122.2581-0.06210.26130.0451-0.0877-0.0751-0.3468-0.07730.28210.1372-0.0897-0.0218-0.0513-0.13260.02970.1425-24.69336.092336.7849
40.6520.06180.49991.78410.71231.29630.0505-0.03270.0191-0.0937-0.03410.205-0.0055-0.0818-0.01640.0056-0.0004-0.1072-0.10970.00660.0367-54.436111.445234.3519
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|389 - 595}A389 - 595
2X-RAY DIFFRACTION2{A|596 - 702}A596 - 702
3X-RAY DIFFRACTION3{B|389 - 595}B389 - 595
4X-RAY DIFFRACTION4{B|596 - 702}B596 - 702

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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