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- PDB-7si4: CRYSTAL STRUCTURE OF EED WITH MRTX-2219 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7si4
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF EED WITH MRTX-2219
要素Polycomb protein EED
キーワードGENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / EED / ONCOLOGY (腫瘍学) / TRANSCRIPTION-TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ESC/E(Z) complex / spinal cord development / histone methyltransferase activity / Transcriptional Regulation by E2F6 / nucleosome binding / enzyme activator activity / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of PTEN gene transcription / Defective pyroptosis ...ESC/E(Z) complex / spinal cord development / histone methyltransferase activity / Transcriptional Regulation by E2F6 / nucleosome binding / enzyme activator activity / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of PTEN gene transcription / Defective pyroptosis / PKMTs methylate histone lysines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / 染色体 / Oxidative Stress Induced Senescence / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9JL / ギ酸 / Polycomb protein EED
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Gunn, R.J. / Burns, A.C. / Lawson, J.D. / Marx, M.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF EED WITH MRTX-2219
著者: Burns, A.C.
履歴
登録2021年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polycomb protein EED
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7074
ポリマ－46,1581
非ポリマー5493
水5,819323
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.658, 85.279, 91.236
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Polycomb protein EED / / hEED / Embryonic ectoderm development protein / WD protein associating with integrin cytoplasmic ...hEED / Embryonic ectoderm development protein / WD protein associating with integrin cytoplasmic tails 1 / WAIT-1


分子量: 46158.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EED / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75530
#2: 化合物 ChemComp-9JL / (4S)-8-{4-[(dimethylamino)methyl]-2-methylphenyl}-5-{[(5-fluoro-2,3-dihydro-1-benzofuran-4-yl)methyl]amino}imidazo[1,2-c]pyrimidine-2-carbonitrile / MRTX-2219


分子量: 456.515 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H25FN6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.38 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 3.5 M Sodium Formate, 50 mM 0.1 M Hepes pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 30316 / % possible obs: 83.4 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 37.11 Å2 / CC1/2: 0.97 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.96 Å / Num. unique obs: 728 / CC1/2: 0.37

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3JZH

3jzh


解像度: 1.9→34.28 Å / SU ML: 0.2481 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.3401
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2127 1556 5.13 %
Rwork0.1715 28760 -
obs0.1736 30316 83.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2877 0 40 323 3240
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00473012
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73834097
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0529438
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053523
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8221078
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.960.3825430.365728X-RAY DIFFRACTION23.74
1.96-2.030.3518790.34541587X-RAY DIFFRACTION51.26
2.03-2.110.36511340.30522177X-RAY DIFFRACTION71.11
2.11-2.210.28031350.27722560X-RAY DIFFRACTION82.62
2.21-2.320.28621820.22423046X-RAY DIFFRACTION98.66
2.32-2.470.24731640.20713078X-RAY DIFFRACTION99.17
2.47-2.660.24681820.18663068X-RAY DIFFRACTION98.48
2.66-2.920.23391470.18923088X-RAY DIFFRACTION97.76
2.92-3.350.23491610.16223007X-RAY DIFFRACTION95.97
3.35-4.220.15161750.13253164X-RAY DIFFRACTION99.4
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.871585557886-0.008141300355520.8874851002462.89300350483-0.3077056022183.00292043240.0114253855922-0.0423211015660.02365636144850.1574143850910.05757857080870.172282810724-0.1643889819870.0011611180869-0.04663725662860.2196764813030.009554155161310.01369366247220.23961618709-0.01288549090090.291472157893-6.21712220709-14.442867564916.9095945408
21.86304915376-0.991810537010.8499130041592.75881888586-1.687429501632.039098857580.188196704121-0.0112704997659-0.250919482748-0.492449634054-0.01972421787830.5603405798420.394683158346-0.0742654276756-0.1164088758540.371767990733-0.0201393176209-0.1160006130210.260762564791-0.02354435786090.362172133549-11.5107038765-30.34922174774.28883625941
31.37431560114-0.523229288750.4425802143032.546960447610.0371788053241.258333903320.0859500424432-0.0455216996697-0.236353610855-0.1831664500470.0540784178610.4718908661710.226374976894-0.136052997458-0.09501310887910.369423105148-0.0280887482929-0.02387275963670.3120698745110.05445234221320.38944053927-4.4266558305-36.100504337318.3144889427
40.8077445706130.3356178202170.03554917004453.07054776151-0.3988356712421.223882152620.0578628765765-0.104528670910.02595702829120.418213517975-0.0227478832156-0.3145949586650.06304067344450.0655207955268-0.01431061344540.3515808468890.0137755539783-0.01858100415380.3406540066640.03881759188730.2915529836053.78415116924-29.91858030626.0935189506
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 81 through 229 )81 - 2291 - 149
22chain 'A' and (resid 230 through 342 )230 - 342150 - 262
33chain 'A' and (resid 343 through 385 )343 - 385263 - 305
44chain 'A' and (resid 386 through 440 )386 - 440306 - 360

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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