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- PDB-7sg6: Structure of PfCSP peptide 21 with antibody CIS43_Var10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sg6
タイトルStructure of PfCSP peptide 21 with antibody CIS43_Var10
要素
  • CIS43_Var10 Fab Heavy chain
  • CIS43_Var10 Fab Light chain
  • PfCSP peptide 21
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Antibody (抗体) / Plasmodium falciparum
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Tripathi, P. / Kwong, P.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: J Exp Med / 年: 2022
タイトル: Highly protective antimalarial antibodies via precision library generation and yeast display screening.
著者: Bailey B Banach / Prabhanshu Tripathi / Lais Da Silva Pereira / Jason Gorman / Thuy Duong Nguyen / Marlon Dillon / Ahmed S Fahad / Patience K Kiyuka / Bharat Madan / Jacy R Wolfe / Brian ...著者: Bailey B Banach / Prabhanshu Tripathi / Lais Da Silva Pereira / Jason Gorman / Thuy Duong Nguyen / Marlon Dillon / Ahmed S Fahad / Patience K Kiyuka / Bharat Madan / Jacy R Wolfe / Brian Bonilla / Barbara Flynn / Joseph R Francica / Nicholas K Hurlburt / Neville K Kisalu / Tracy Liu / Li Ou / Reda Rawi / Arne Schön / Chen-Hsiang Shen / I-Ting Teng / Baoshan Zhang / Marie Pancera / Azza H Idris / Robert A Seder / Peter D Kwong / Brandon J DeKosky /
要旨: The monoclonal antibody CIS43 targets the Plasmodium falciparum circumsporozoite protein (PfCSP) and prevents malaria infection in humans for up to 9 mo following a single intravenous administration. ...The monoclonal antibody CIS43 targets the Plasmodium falciparum circumsporozoite protein (PfCSP) and prevents malaria infection in humans for up to 9 mo following a single intravenous administration. To enhance the potency and clinical utility of CIS43, we used iterative site-saturation mutagenesis and DNA shuffling to screen precise gene-variant yeast display libraries for improved PfCSP antigen recognition. We identified several mutations that improved recognition, predominately in framework regions, and combined these to produce a panel of antibody variants. The most improved antibody, CIS43_Var10, had three mutations and showed approximately sixfold enhanced protective potency in vivo compared to CIS43. Co-crystal and cryo-electron microscopy structures of CIS43_Var10 with the peptide epitope or with PfCSP, respectively, revealed functional roles for each of these mutations. The unbiased site-directed mutagenesis and screening pipeline described here represent a powerful approach to enhance protective potency and to enable broader clinical use of antimalarial antibodies.
履歴
登録2021年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: CIS43_Var10 Fab Heavy chain
L: CIS43_Var10 Fab Light chain
A: PfCSP peptide 21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0974
ポリマ－50,0053
非ポリマー921
水5,459303
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5460 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area19250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.790, 61.570, 74.984
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.930, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 CIS43_Var10 Fab Heavy chain


分子量: 24281.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 CIS43_Var10 Fab Light chain


分子量: 24160.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド PfCSP peptide 21


分子量: 1562.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15% ISOPROPANOL, 0.2M AMMONIUM CITRATE pH 3.5, 25% PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→44.96 Å / Num. obs: 58909 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 1.55→1.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.846 / Num. unique obs: 5896 / CC1/2: 0.56

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6B5M

6b5m


解像度: 1.55→44.96 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211 2929 4.98 %
Rwork0.1843 55895 -
obs0.1857 58824 98.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 49.22 Å2 / Biso mean: 16.408 Å2 / Biso min: 5.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→44.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3447 0 14 303 3764
Biso mean--19.49 22.16 -
残基数----452
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.55-1.580.27691190.2419268199
1.58-1.60.2721090.233270399
1.6-1.630.27931430.2286262699
1.63-1.660.27161230.2277269599
1.66-1.70.25031240.2228268599
1.7-1.730.26281440.2064263799
1.73-1.770.25471380.2028261398
1.77-1.820.21461510.1996260697
1.82-1.870.24171760.1919258796
1.87-1.920.21711570.18261799
1.92-1.980.2161320.1775265499
1.98-2.060.20681440.1804267299
2.06-2.140.22721360.1735269199
2.14-2.240.18371310.1721269699
2.24-2.350.19611350.1822267899
2.35-2.50.21811380.1983262598
2.5-2.690.23321330.1946262297
2.69-2.960.22381410.1926270099
2.96-3.390.21711500.1811265899
3.39-4.280.181610.1587271999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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