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- PDB-7sfq: EmrE S64V Mutant Bound to tetra(4-fluorophenyl)phosphonium at pH 8.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sfq
タイトルEmrE S64V Mutant Bound to tetra(4-fluorophenyl)phosphonium at pH 8.0
要素Multidrug transporter EmrE
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Multidrug resistance protein / SMR Transporter / Efflux protein / Proton-coupled
機能・相同性
機能・相同性情報


EmrE multidrug transporter complex / choline transmembrane transporter activity / glycine betaine transport / amino-acid betaine transmembrane transporter activity / choline transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / xenobiotic transport / antiporter activity / response to osmotic stress / xenobiotic transmembrane transporter activity ...EmrE multidrug transporter complex / choline transmembrane transporter activity / glycine betaine transport / amino-acid betaine transmembrane transporter activity / choline transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / xenobiotic transport / antiporter activity / response to osmotic stress / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / xenobiotic metabolic process / transmembrane transport / cellular response to xenobiotic stimulus / response to xenobiotic stimulus / DNA damage response / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Small drug/metabolite transporter protein family / Small multidrug resistance protein / Small Multidrug Resistance protein
類似検索 - ドメイン・相同性
tetrakis(4-fluorophenyl)phosphanium / Multidrug transporter EmrE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法個体NMR / molecular dynamics
データ登録者Shcherbakov, A.A. / Spreacker, P.J. / Dregni, A.J. / Henzler-Wildman, K.A. / Hong, M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Other private3130800 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM095839 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM088204 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: High-pH structure of EmrE reveals the mechanism of proton-coupled substrate transport.
著者: Shcherbakov, A.A. / Spreacker, P.J. / Dregni, A.J. / Henzler-Wildman, K.A. / Hong, M.
履歴
登録2021年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug transporter EmrE
B: Multidrug transporter EmrE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3623
ポリマ－23,9512
非ポリマー4111
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: fluorescence resonance energy transfer, Experiments have been published in previous studies: FRET, cross-linking.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2920 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area13390 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 82structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Multidrug transporter EmrE / Efflux-multidrug resistance protein EmrE / Ethidium resistance protein / Methyl viologen resistance protein C


分子量: 11975.331 Da / 分子数: 2 / 変異: S64V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: emrE / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P23895
#2: 化合物 ChemComp-VCJ / tetrakis(4-fluorophenyl)phosphanium


分子量: 411.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H16F4P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D solid-state hNH
121isotropic13D solid-state hCANH
131isotropic13D solid-state hCONH
141isotropic13D solid-state hCA(CO)NH
151isotropic13D solid-state hCO(CA)NH
191isotropic13D solid-state h(CA)CB(CACO)NH
181isotropic13D solid-state hN(CACO)NH
171isotropic13D solid-state H(NCACO)NH
1101isotropic13D solid-state h(CA)CB(CA)NH
161isotropic12D hNH-resolved 1H-19F REDOR
1111isotropic12D FF Exchange
1121isotropic12D water-edited solid-state hNH

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試料調製

詳細タイプ: liposome
内容: 0.27 mg/uL [U-13C; U-15N; U-2H] Multidrug Resistance Protein E (EmrE), Complex with tetra(4-fluorophenyl)phosphonium, 9.5 ug/uL F4TPP, 0.44 mg/uL [U-99% 2H] d54-DMPC, bilayers
詳細: Uniformly C,D,N-labelled S64V EmrE, with F4-TPP in d54-DMPC bilayers at 1:25 P:L ratio at pH 8.0
Label: Sample_1 / 溶媒系: bilayers
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.27 mg/uLMultidrug Resistance Protein E (EmrE), Complex with tetra(4-fluorophenyl)phosphonium[U-13C; U-15N; U-2H]1
9.5 ug/uLF4TPPnatural abundance1
0.44 mg/uLd54-DMPC[U-99% 2H]1
試料状態イオン強度: 0.07 M / Label: Conditions_1 / pH: 8.0 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 285 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
HADDOCKWebserver 2.4Alexandre Bonvin and members of the computational structural biology group, Utrecht Universitystructure calculation
GROMACS2019.1UNIVERSITY OF GRONINGEN ROYAL INSTITUTE OF TECHNOLOGY UPPSALA UNIVERSITY精密化
TopSpin2.1-4.0Bruker Biospincollection
TopSpin2.1-4.0Bruker Biospin解析
NMRFAM-SPARKY1.414, 1.470NMRFAMchemical shift assignment
NMRFAM-SPARKY1.414, 1.470NMRFAMpeak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 2
詳細: The authors state that the starting model for structure calculation was 7JK8. The ligand VCJ was removed from the 7JK8 structure and re-docked using HADDOCK, under new constraints measured in ...詳細: The authors state that the starting model for structure calculation was 7JK8. The ligand VCJ was removed from the 7JK8 structure and re-docked using HADDOCK, under new constraints measured in the present study. The docked structures best agreeing with experiment were further refined by all-atom MD simulations in explicit lipid bilayers to generate the ensemble deposited for this study.
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 82 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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