+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7sbx | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of OC43 spike in complex with polyclonal Fab6 (Donor 1051) | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
機能・相同性 | ![]() endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Bangaru, S. / Antanasijevic, A. / Ward, A. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural mapping of antibody landscapes to human betacoronavirus spike proteins. 著者: Sandhya Bangaru / Aleksandar Antanasijevic / Nurgun Kose / Leigh M Sewall / Abigail M Jackson / Naveenchandra Suryadevara / Xiaoyan Zhan / Jonathan L Torres / Jeffrey Copps / Alba Torrents de ...著者: Sandhya Bangaru / Aleksandar Antanasijevic / Nurgun Kose / Leigh M Sewall / Abigail M Jackson / Naveenchandra Suryadevara / Xiaoyan Zhan / Jonathan L Torres / Jeffrey Copps / Alba Torrents de la Peña / James E Crowe / Andrew B Ward / ![]() 要旨: Preexisting immunity against seasonal coronaviruses (CoVs) represents an important variable in predicting antibody responses and disease severity to severe acute respiratory syndrome CoV-2 (SARS-CoV- ...Preexisting immunity against seasonal coronaviruses (CoVs) represents an important variable in predicting antibody responses and disease severity to severe acute respiratory syndrome CoV-2 (SARS-CoV-2) infections. We used electron microscopy-based polyclonal epitope mapping (EMPEM) to characterize the antibody specificities against β-CoV spike proteins in prepandemic (PP) sera or SARS-CoV-2 convalescent (SC) sera. We observed that most PP sera had antibodies specific to seasonal human CoVs (HCoVs) OC43 and HKU1 spike proteins while the SC sera showed reactivity across all human β-CoVs. Detailed molecular mapping of spike-antibody complexes revealed epitopes that were differentially targeted by preexisting antibodies and SC serum antibodies. Our studies provide an antigenic landscape to β-HCoV spikes in the general population serving as a basis for cross-reactive epitope analyses in SARS-CoV-2-infected individuals. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 728.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 612.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 24991MC ![]() 7sb3C ![]() 7sb4C ![]() 7sb5C ![]() 7sbvC ![]() 7sbwC ![]() 7sbyC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-タンパク質 / 抗体 / 非ポリマー , 3種, 8分子 JABHL![](data/chem/img/8Z9.gif)
![](data/chem/img/8Z9.gif)
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 151119.891 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 10485.917 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #6: 化合物 | ![]() |
---|
-糖 , 3種, 41分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ![]() #4: 多糖 | ![]() #5: 糖 | ChemComp-NAG / ![]() |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Structure of OC43 spike in complex with polyclonal Fab6 (Donor 1051) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: TBS 1X | ||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||
試料 | 濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() | ||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | ||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 9.25 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 2575 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 37 |
-
解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 54733 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT |