PDB-7sbw: Structure of OC43 spike in complex with polyclonal Fab5 (Donor 1051)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7sbw

タイトル

Structure of OC43 spike in complex with polyclonal Fab5 (Donor 1051)

要素

Human polyclonal Fab model with polyalanine backbone - Heavy chain
Spike proteinスパイクタンパク質

キーワード

VIRAL PROTEIN/Immune System (ウイルス性) /

HCoV (オルトコロナウイルス亜科) / spike /

OC43 (ヒトコロナウイルスOC43) /

polyclonal antibody (ポリクローナル抗体) / EMPEM /

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) /

VIRAL PROTEIN-Immune System complex (ウイルス性)

機能・相同性

機能・相同性情報

endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane /

エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane /

生体膜
類似検索 - 分子機能

Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, HCoV-OC43-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. /

Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. /

Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human coronavirus OC43 (ヒトコロナウイルス OC43)

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 /

単粒子再構成法 /

クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Bangaru, S. / Antanasijevic, A. / Ward, A.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structural mapping of antibody landscapes to human betacoronavirus spike proteins.
著者: Sandhya Bangaru / Aleksandar Antanasijevic / Nurgun Kose / Leigh M Sewall / Abigail M Jackson / Naveenchandra Suryadevara / Xiaoyan Zhan / Jonathan L Torres / Jeffrey Copps / Alba Torrents de ...
要旨: Preexisting immunity against seasonal coronaviruses (CoVs) represents an important variable in predicting antibody responses and disease severity to severe acute respiratory syndrome CoV-2 (SARS-CoV- ...

履歴

登録	2021年9月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7sbw.cif.gz	739.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7sbw.ent.gz	623.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7sbw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/7sbw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/7sbw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	24990MC 24968C 24969C 24970C 24989C 24991C 24992C 24993C 24994C 24995C 24996C 24997C 24998C 24999C 25000C 25001C 25002C 25003C 25004C 25005C 25006C 25009C 25010C 25011C 25012C 25013C 25014C 25015C 25016C 25017C 25018C 25019C 25020C 25021C 7sb3C 7sb4C 7sb5C 7sbvC 7sbxC 7sbyC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Human polyclonal Fab model with polyalanine backbone - Heavy chain

L: Human polyclonal Fab model with polyalanine backbone - Heavy chain

J: Spike protein

A: Spike protein

B: Spike protein

ヘテロ分子

492 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

-
抗体 / タンパク質 / 非ポリマー , 3種, 8分子 HLJAB

#1: 抗体	Human polyclonal Fab model with polyalanine backbone - Heavy chain 分子量: 10145.497 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質	Spike protein / スパイクタンパク質分子量: 151119.891 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human coronavirus OC43 (ヒトコロナウイルス OC43) 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A7U1BGV5
#6: 化合物	ChemComp-8Z9 / Sapienic acid / (Z)-6-ヘキサデセン酸 / サピエン酸分子量: 254.408 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₀O₂

-
糖 , 3種, 43分子

#3: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Structure of OC43 spike in complex with polyclonal Fab5 (Donor 1051)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT

分子量

実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Human coronavirus OC43 (ヒトコロナウイルス OC43)

由来(組換発現)

生物種:

Homo sapiens (ヒト) / 細胞: 293F cells

緩衝液

pH: 7.4 / 詳細: TBS 1X

緩衝液成分

ID	濃度	式	Buffer-ID
1	50 mM	Tris-Cl	1
2	150 mM	NaCl塩化ナトリウム	1

試料

濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 29000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	平均露光時間: 9.25 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å² / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 2575
画像スキャン	動画フレーム数/画像: 37

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC		粒子像選択
2	Leginon		画像取得
4	Gctf	1.06	CTF補正
10	RELION	3	初期オイラー角割当
11	RELION	3	最終オイラー角割当
12	RELION	3	分類
13	RELION		３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 25083 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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