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万見
- PDB-7s88: Open apo-state cryo-EM structure of human TRPV6 in glyco-diosgeni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s88
タイトルOpen apo-state cryo-EM structure of human TRPV6 in glyco-diosgenin detergent
要素Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Transient Receptor Potential V Family Member 6 / TRP / channel / apo / open / human (ヒト) / TRPV6
機能・相同性
機能・相同性情報


parathyroid hormone secretion / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / TRPチャネル / calcium ion import across plasma membrane / calcium ion homeostasis / calcium channel complex / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / response to calcium ion / calcium ion transport ...parathyroid hormone secretion / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / TRPチャネル / calcium ion import across plasma membrane / calcium ion homeostasis / calcium channel complex / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / response to calcium ion / calcium ion transport / calmodulin binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5/6 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily ...Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5/6 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Chem-POV / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Neuberger, A. / Nadezhdin, K.D. / Sobolevsky, A.I.
資金援助 ドイツ, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA206573 ドイツ
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01 NS083660 ドイツ
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01 NS107253 ドイツ
National Science Foundation (NSF, United States)1818086 ドイツ
German Research Foundation (DFG)464295817 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural mechanisms of TRPV6 inhibition by ruthenium red and econazole.
著者: Arthur Neuberger / Kirill D Nadezhdin / Alexander I Sobolevsky /
要旨: TRPV6 is a calcium-selective ion channel implicated in epithelial Ca uptake. TRPV6 inhibitors are needed for the treatment of a broad range of diseases associated with disturbed calcium homeostasis, ...TRPV6 is a calcium-selective ion channel implicated in epithelial Ca uptake. TRPV6 inhibitors are needed for the treatment of a broad range of diseases associated with disturbed calcium homeostasis, including cancers. Here we combine cryo-EM, calcium imaging, and mutagenesis to explore molecular bases of human TRPV6 inhibition by the antifungal drug econazole and the universal ion channel blocker ruthenium red (RR). Econazole binds to an allosteric site at the channel's periphery, where it replaces a lipid. In contrast, RR inhibits TRPV6 by binding in the middle of the ion channel's selectivity filter and plugging its pore like a bottle cork. Despite different binding site locations, both inhibitors induce similar conformational changes in the channel resulting in closure of the gate formed by S6 helices bundle crossing. The uncovered molecular mechanisms of TRPV6 inhibition can guide the design of a new generation of clinically useful inhibitors.
履歴
登録2021年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24890
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6
B: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6
C: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6
D: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)359,63169
ポリマ－313,6854
非ポリマー45,94665
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6 / TrpV6 / CaT-like / CaT-L / Calcium transport protein 1 / CaT1 / Epithelial calcium channel 2 / ECaC2


分子量: 78421.328 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRPV6, ECAC2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H1D0

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非ポリマー , 5種, 209分子

#2: 化合物
ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#3: 化合物
ChemComp-PCW / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / (Z,Z)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-7-[(1-OXO-9-OCTADECENYL)OXY]-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-18-EN-1-AMINIUM-4-OXIDE / O-(1-O,2-O-ジオレオイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 787.121 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H85NO8P / コメント: DOPC, リン脂質*YM
#4: 化合物...
ChemComp-POV / (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / POPC / POホスファチジルコリン


分子量: 760.076 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: sample 1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
220 mMtris(hydroxymethyl)aminomethane1
31 mMbeta-Mercaptoethanol2-メルカプトエタノール1
40.01 %glyco-diosgenin1
50.001 %cholesteryl hemisuccinate1
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: human TRPV6 in glyco-diosgenin detergent
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: -2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1000 nm / Cs: 2.7 mm
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 58 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7904
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
2EPU画像取得
4RELION3.1CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION3.1初期オイラー角割当
11cryoSPARC3.1初期オイラー角割当
12RELION3.1最終オイラー角割当
13RELION3.1分類
14cryoSPARC3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 3117068
3次元再構成解像度: 2.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 276688 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 7K4A

7k4a


Accession code: 7K4A / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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