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Yorodumi- PDB-7ry7: Structure of Plasmepsin X (PM10, PMX) from Plasmodium falciparum 3D7 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ry7 | |||||||||
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Title | Structure of Plasmepsin X (PM10, PMX) from Plasmodium falciparum 3D7 | |||||||||
Components | Plasmepsin X | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / SSGCID / Plasmepsin X / Plasmodium falciparum / PM10 / PMX / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | |||||||||
Function / homology | Function and homology information MHC class II antigen presentation / Neutrophil degranulation / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Aspartic endopeptidases / protein autoprocessing / transport vesicle / protein processing / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2022 Title: Structures of plasmepsin X from Plasmodium falciparum reveal a novel inactivation mechanism of the zymogen and molecular basis for binding of inhibitors in mature enzyme. Authors: Kesari, P. / Deshmukh, A. / Pahelkar, N. / Suryawanshi, A.B. / Rathore, I. / Mishra, V. / Dupuis, J.H. / Xiao, H. / Gustchina, A. / Abendroth, J. / Labaied, M. / Yada, R.Y. / Wlodawer, A. / ...Authors: Kesari, P. / Deshmukh, A. / Pahelkar, N. / Suryawanshi, A.B. / Rathore, I. / Mishra, V. / Dupuis, J.H. / Xiao, H. / Gustchina, A. / Abendroth, J. / Labaied, M. / Yada, R.Y. / Wlodawer, A. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.D. / Bhaumik, P. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ry7.cif.gz | 219.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7ry7.ent.gz | 144 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ry7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/7ry7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/7ry7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3psgS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 53018.926 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (eukaryote) Strain: isolate 3D7 / Gene: PF3D7_0808200 / Plasmid: PlfaA.17789.b.HE11 / Production host: Homo sapiens (human) / Strain (production host): HEK / References: UniProt: Q8IAS0, pepsin A | ||||
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#2: Sugar | ChemComp-NAG / | ||||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9.4 Details: RigakuReagents JCSG A7 optimization screen: 100mM Tris HCl / NaOH pH 9.4, 17.86% PEG 8000: PlfaA.17789.b.HE11.PD38363 at 11.4mg/ml: cryo: 20% EG: tray: 3908603 D3: puck qpu2-2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Apr 18, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 28381 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.95 % / Biso Wilson estimate: 57.201 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rrim(I) all: 0.053 / Χ2: 0.87 / Net I/σ(I): 15.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3PSG Resolution: 2.1→35.26 Å / SU ML: 0.3206 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.1474 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 69.97 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→35.26 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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