[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7reu: Crystal structure of Aro4p, 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-pho... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7reu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Aro4p, 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate (DAHP) synthase from Candida auris, L-Tyr complex | ||||||
Components | 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate (DAHP) synthase | ||||||
Keywords | LYASE / BETA-ALPHA-BARREL / SYNTHASE / ALDOLASE / SYNTHETASE / shikimate pathway / structural genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | ||||||
Function / homology | Function and homology information 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Candida auris (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.79 Å | ||||||
Authors | Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Tan, K. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of Aro4p, 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate (DAHP) synthase from Candida auris, L-Tyr complex Authors: Stogios, P.J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7reu.cif.gz | 320.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7reu.ent.gz | 234.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7reu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/7reu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/7reu | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 1ofrS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 39922.281 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Candida auris (fungus) / Gene: Aro4 / Plasmid: pMCSG68SBPTEV / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): -Gold / References: UniProt: A0A2H0ZNV2 |
---|
-Non-polymers , 5 types, 67 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Chemical | ChemComp-CL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Details
Has ligand of interest | Y |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.1 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.6 Details: 1.8 M tri-ammonum citrate, 0.1 M Tris pH 8.6, 0.5 mM TCEP cryoprotectant Paratone |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 12, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.79→50 Å / Num. obs: 19301 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 64.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 25.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.726 / Mean I/σ(I) obs: 2.72 / Num. unique obs: 1057 / CC1/2: 0.83 / Rpim(I) all: 0.259 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1OFR Resolution: 2.79→42.91 Å / SU ML: 0.3108 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 24.5238 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 71.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.79→42.91 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|